先是万历十八年（1590），吕坤为山西按察使时，曾撰一书名为《闺范图说》。太监陈矩见之，将其购入宫中，进呈神宗。神宗将此书赐给郑贵妃。郑贵妃在书中加入十二人，且为作序，还指使其伯父郑承恩重刻。万历二十六年五月，吕坤为刑部侍郎时，上《天下安危疏》，请神宗节省费用，停止横征暴敛，以安定天下。于是吏科给事中戴士衡上疏，劾吕坤所撰《闺范图说》、又上《安危疏》，是“包藏祸心”，结纳宫廷，逢迎郑贵妃。吕坤疏辨，神宗不问。

不久，又有人为吕坤的《闺范图说》写一跋文，名为《忧危竑议》，在京师广为流传。大意说：吕坤撰《闺范图说》，独取汉明德马后，因马后系由贵人进中宫。吕坤显以此取媚郑贵妃。而郑贵妃令郑承恩重刊此书，目的是为了立己之子朱常洵为皇太子。又说：吕坤疏言天下忧危，无事不言，惟独不及立皇太子事，用意不言自明。又诬吕坤与郑承恩等相勾结，同盟结纳，羽翼郑贵妃子朱常洵。在戴士衡上疏之前，全椒知县樊玉衡曾上疏请立皇长子为皇太子，并指斥郑贵妃。郑承恩为此大惧，并怀疑《忧危竑议》出于樊、戴二人之手，遂奏报神宗。神宗大怒，郑贵妃也为此泣诉不已。神宗为掩盖朝廷内部斗争，下令逮捕樊、戴，经严刑拷掠，分别摘戍广东雷州和廉州。而吕坤时已因病致仕回家，置之不问。

至万历三十一年十一月，在立皇长子朱常洛为皇太子之后，又出现一文书，名为《续忧危竑议》，计三百余言。在寓门外为内阁大臣朱赓见到。此书假托“郑福成”为问答。所谓“郑福成”，意即郑贵妃之子福王朱常洵当成。书中说：皇上立皇长子为皇太子实出于不得已，他日必当更易。用朱赓为内阁大臣，是因“赓”与“更”同音，寓更易之意。时人以此书“词极诡妄”，故皆称其为“妖书”。神宗得报大怒，立即令厂卫大捕奸人，“务得造书主名”，遂兴大狱，都城人人自危。郭正域等廷臣，有的被捕下狱，严刑毒打，惨不忍闻；有的被革职为民、勒令回家。有的连家属也受到株连。后东厂捕得“妖人”（白敫）生光，经一番拷讯之后，神宗令将（白敫）生光定为死罪，于万历三十二年四月二十二日处斩。长达数年，震惊朝廷内外的“妖书”之狱至此结束。但“妖书”的作者究竟是谁始终是个谜，朝廷内部的争斗更没有因此而停止。

丰臣秀吉于万历二十六年（1598）七月二十二日死，日军军心大乱，日将行长、清正皆欲逃归。清正且发舟先走。为防止日军逃遁，明军水师提督陈璘派战船数百艘，分布于忠清、全罗、庆尚等重要海口。

万历二十六年（1598）十一月十七日，当日军弃蔚山逃遁时，陈璘立即遣其副将邓子龙偕同朝鲜将领李舜民进行阻击。邓子龙素慷慨，所在立战功，是时他已年过七十，仍不减当年勇，率战船三百艘为前锋，追至釜山南海，带壮士三百人跳入朝鲜战船，直前奋击，日军死伤无数。后因不幸战船中火，遂与李舜臣一直英勇杀敌，壮烈牺牲。会副将陈蚕、季金等率军至，前后夹击，日军无斗志，明军焚其舟，日军于是大败。其得脱登陆者，又为明军陆兵所歼。时明将刘綎方攻日军行长，夺曳桥寨，陈璘以水师会击，再焚日军战船百余艘。行长部下石曼子疑水师来援，被陈璘击败，其余日军纷纷扬帆之逃跑。此次釜山南海大战，明军共击沉日船九百余艘，歼灭日部分主力水军。

日军残部退至山，十二月渡海匿乙山。岩深道险，明军将士不能进入。陈璘派兵夜查，围攻崖洞。至天亮发炮攻击。日军奔后山。明军殊死奋战，日军逃走，陈璘督兵追击，日军无一逃脱。倭援朝战争至此结束。明军入朝作战，历时七载，“丧师数十万，糜饷数百万才元”。人力、物力损失巨大，但最终打败日军，受到了朝鲜人民世世代代的称赞，还为明军将领邓子龙等人立碑建祠，缅怀他们的英雄业绩。