更新时间:2024-09-05 14:17
AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有著广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Kollman课题组,最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的,计算其力场参数的数据均来自实验值,後来随著AMBER力场的广泛应用,包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富,逐渐开发出了一个可以用於生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲,AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算,其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。
应用
很多主流计算软件包应用了AMBER力场,其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外,还有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
Leap:用于准备分子系坐标和参数文件,有两个应用程序:
xleap:X-windows版本的leap,带GUI图形界面。
tleap:文本界面的Leap
Antechamber:用于生成少见小分子力学参数文件。
Sander:MD数据产生程序,即MD模拟程序,被称为AMBER的大脑程序。
Ptraj:MD模拟轨迹分析程序。