时间是幕末时期。对日本的未来担忧，怀着各自信念勇往直前的志士们点燃灵魂的时代。

长州的风云人物高杉晋作，和他的搭档桂小五郎一起潜入了德川庆喜率领的幕府海军船上。他们的目标是拥有“操纵时间的力量”的传说中的神秘宝物“时辰仪”。听闻其他幕府要将这个力量取为己有，高杉说到“这样做法真是无聊！”，并企图破坏时辰仪。

高杉一度获取了时辰仪，但马上又被不知何方神圣的人夺去，为此追赶至庆喜的京城。然而，他在那里看到的是以异样的姿态君临的“巨城须佐之男”。街道与自己所知道的截然不同，高杉也对民众的样子感到困惑。那是假面将军无限斋统治下的“另一个幕末”。

真相想守护的东西，即使超越了时间也不会改变——