2005年7月，在百合姊妹停刊后，comic百合姬作为comic ZERO-SUM的增刊号创刊。当时Comic 百合姬移植了百合姊妹的大部分未完结漫画与漫画家，因此被认为实际上是百合姊妹的后继杂志。当时以季刊的形式出版。

2007年6月，姐妹杂志Comic 百合姬S创刊。

2008年1月，2008年3月号（Vol.11）开始独立出版。

2010年11月，2010年1月号（Vol.22）开始，与Comic 百合姬S合刊并开始隔月发行。