DNA结合位点与其它结合位点的区别在于：（1）它们是DNA序列（如一个基因组）中的一部分；（2）它们被DNA结合蛋白所绑定。DNA结合位点常常与一类被称为转录因子的特殊蛋白相联系起来，并因此联系到转录调控。针对特定的一个转录因子的DNA结合位点总和常被命名为该转录因子的顺反组。DNA结合位点也包括了其它蛋白的靶点，如限制性核酸内切酶、位点特异性重组酶（见位点专一重组）及甲基转移酶类。