FC东京的前身是东京瓦斯足球部，成立于1935年。球队的实力一直较弱，直至巴西外援前锋阿马拉尔加入，并在1995年大熊清出任主教练后，其实力才开始增强。1997年在日本职业足球联赛中得到亚军，1998年更击败川崎前锋勇夺冠军，但因当时没有设立升降制而未能升级。

1998年10月1日，东京瓦斯、东京电力，am/pm、东京电视台及TSUTAYA共同出资成立东京足球俱乐部有限公司（东京フットボールクラブ株式会社）并在1999年将俱乐部总部设于东京，1999赛季球队取得J2联赛亚军得以升级加入日本职业足球甲级联赛（J1联赛）。2000年，东京队在首个J1联赛赛季虽取得开赛4连胜但最终仅获得第7名。东京队不像联赛其他球队般以动物作为象征，其名字除地名以外只有FC二个字母，即Football Club的缩写。