飞行员只要向飞行管理计算机输入飞机的起飞机场、目的地机场、负荷、油量、经济指数并规定飞行航路，FMCS就能根据IRS和无线电导航设备的信号准确地计算出飞机最合理的飞行航路及速度，根据计算发出指令到AFCS的自动驾驶仪或飞行指引系统，引导飞机从起飞机场到目的地机场.

同样，飞行员只要通过FMCS的控制显示组件（CDU）输入飞机的起飞全重以及性能要求，FMCS就能计算从起飞机场到目的地机场飞行的最经济速度和巡航高度，也能连续计算推力限期值.送出指令到自动驾驶和自动油门系统.

FMCS是用当时飞机所在的位置，飞机性能参数，目的地机场的经纬度和可用跑道，各航路点，无线电导航台以及等待航线，进近程序等信号或数据进行综合分析运算，以确定飞机的航向，速度以及爬高，下降角度和升降速度，阶梯爬高和下降等指令，来计划飞机飞行的水平相垂直剖面.