1945年3月26日，丰田副武海军上将取消了该计划，理由是“使用细菌武器将导致与全人类的对抗”，亦有说法称此计划是被陆军大将梅津美治郎以过于不人道为理由终止。取而代之的计划是轰炸旧金山、巴拿马、华盛顿或纽约等城市。其中出动艇载机炸毁巴拿马运河的计划最终被采用，这将使美国海军数月内无法通过该运河输送兵力。

但是，到巴拿马运河来回长达17,000英里的航程使每艘潜艇起码需要达载1600吨的燃料，战争末期的吴县军港根本搜刮不到这么多柴油。伊-401号因此被派到中国的大连运送燃料。4月12日，这艘倒霉的潜艇在濑户内海碰上一枚B-29布下的水雷，受轻伤返回修理。伊-400号代替它再次出动，总算运回了需要的油料。

到1945年6月上旬，计划中的所有四艘潜艇都已加满燃料，装足武器，更换了新型的通气管装置，并装上了迷惑美军的假烟囱。他们离开吴县军港，向北穿过对马海峡，通过日本海到达本州西海岸。在那里的训练受到B-29所布水雷的妨碍，美国潜艇在该海域的活动也非常活跃，因为缺乏汽油，艇载机的训练受到很大影响，只设法出动艇载机对巴拿马运河的模型进行了模拟攻击。

当这些潜水母舰终于准备出发前，战况已进一步恶化。超过3000艘战舰和运输舰组成的盟军舰队开始执行为进攻日本本土做准备的“奥林匹克”行动。这迫使东京的将军们重新考虑攻击巴拿马的计划，因为攻击遥远的巴拿马已经成为一次无关紧要的牵制行动。经过激烈的争论，攻击目标被改为在乌利提环礁的美国舰队。

1945年7月4日，伊-13号奉命前往本州北部的大凑海军基地，装上两架新型彩云式舰载侦察机，接着该艇将前往南方已经孤立的要塞特鲁克岛。伊-14号于7月14日出发；23日，日本海军的宝贝蛋——伊-400号和伊-401号离开大凑，他们将在三周内分别前往乌利提环礁东南海域的集合地点汇合。

1945年7月16日，伊-13号在本州以东海域被美国护卫驱逐舰“劳伦斯·泰勒”号（Lawrence C. Taylor (DE-415)）和护航航空母舰“安齐奥”号（U.S.S. Anzio (CVE-57)）上起飞的飞机击沉。另外三艘也不是一帆风顺。伊-401号遇到了强烈的风暴，伊-400号则发生了一次电子设备故障引起的火灾。

1945年8月4日，伊-14号在特鲁克进港，卸下了两架中岛“彩云”。这种海军最先进的侦察机航程可达2400英里，他们将为伊-400和伊-401号预订于8月17日进行的空袭作预先侦察。其间，在东京的第六舰队长官正计划着将同时进行的自杀性鱼雷攻击。

此时，曾经是联合舰队最重要的堡垒的特鲁克要塞，已经成为美国训练新飞行员的实战基地，新飞行员们驾驶B-29战略轰炸机从关岛起飞，几乎每天都来轰炸这个小岛。不断的轰炸早已消灭了该岛上所有的远程侦察机，但仍然有一小部分攻击机可用。

1945年8月15日，裕仁天皇广播了投降诏书，已经到达攻击位置的三艘潜艇对这个消息很震惊，也引发了激烈的讨论。最后战队司令决定遵从东京的命令：将潜艇升至海面，挂起黑旗，销毁了所有资料，发射了所有的鱼雷，把全部的艇载机也抛进了大海。

1945年8月28日，在本州以东海面，美国海军接受了伊-400号伊-401号 伊-402号潜艇的投降。此后，伊-400号伊-401号 伊-402号艇被拖往美国本土进行进一步研究，其中伊-400号被拖至瓦胡岛外海自沉，伊-401号在夏威夷近海海没处分，伊-402号在五岛海域海没处分。

伊400

1943年1月18日 呉工厂开工

1944年1月18日 下水

1944年12月30日 竣工

1945年8月29日 作战行动中迎接战争结束，在金华山海域遭美军驱逐舰俘虏

1945年9月15日 除籍，由美军接收

1946年1月 夏威夷回航接受调查

1946年6月4日 在夏威夷近海海没处分

2013年8月，美国夏威夷大学在夏威夷瓦胡岛附近海域发现了日本二战潜艇伊-400号残骸。伊-400型是核潜艇出现前，世界上吨位最大的潜艇，可以搭载三架水上攻击机。从视频中看，该艇残骸状态良好，可以看到舰首巨大的弹射器。

伊401

1943年4月26日 在佐世保工厂开工

1944年3月11日 下水

1945年1月8日 竣工

1945年8月29日 作战行动中迎接战争结束，在三陆海域遭美军潜水舰俘虏

1945年9月15日 除籍，被美军接收

1946年1月 返航夏威夷接受调查

1946年5月31日在夏威夷近海海没处分

伊402

1943年10月20日 在佐世保工厂开工

1944年9月5日 下水

1945年7月24日 竣工

8月15日 在呉港迎接战争结束

11月15日 除籍

1946年4月1日 在五岛海域海没处分

伊404

1943年8月11日 在呉工厂开工

1944年7月7日 下水

1945年6月4日 95%完成时工事中止。

7月24日 在仓桥岛海域以航空鱼雷自沉处分

1946年12月9日 打捞作业，翌年解体处分

伊405

1944年9月27日 在川崎重工泉州工场开工，开工不久工事中止被解体

伊-400级的主舰体采用横向双筒结构，很像一副眼镜，这是为保障艇内弹药库和巨大燃料箱的安全而专门设计的。设置在船尾的乘员舱室恢复为单筒，这种双筒设计使其具有较好的稳定性。艇首有两个鱼雷舱室，每舱有纵列的四具21英寸口径鱼雷发射管，共备雷二十条。伊-400级的下潜时间为56秒，吃水为23英尺。设计潜深400英尺，试航中潜到了328英尺。

伊-400型的舰桥和指挥塔并不在潜艇正中，而偏离中线7英尺，为保持全艇得平衡，机库位置相应向反方向偏移2英尺。因为这种不对称的设计，在遇到紧急情况或发射鱼雷时，伊-400级在水下的操作较不稳定。

搭载于伊-400级潜艇上的“晴岚”水上战斗/轰炸机长35英尺，翼展40英尺，航程654英里，有效载荷1800磅。如果丢弃浮筒，“晴岚”还可以搭载附加油箱和炸弹，执行“敢死”任务。“晴岚”由爱知公司制造，平时装载于艇上的耐压机库中，浮筒被拆开放置，机翼和尾翼可折叠。一支训练有素的队伍可以在七分钟内装备好一架“晴岚”。

伊-400级起初设计艇员为145人，后来增加为213人，一名日本军官介绍实际作战中搭载220人。经过训练的艇员可在45分钟内完成“晴岚”的装配、加油、挂弹和弹射。伊-400级的巨大航程使其可以攻击远在旧金山、巴拿马、华盛顿或纽约的目标。

机库的下方有一间舱室，可用以进行艇载机的维修和检查，隔壁的弹药室存放有四条空投鱼雷，十五枚炸弹，以及大量的机枪弹药，这些舱室的上方都有厚实的装甲保护。两个机舱各安装一台1900马力的柴油发动机。

每条轴连接一台1200马力的发电机，提供潜艇下潜用的电力。实际运行中，潜艇达到了水上18.7节，水下6.5节的最高速度。

伊400级装有日本的早期预警雷达和雷达信号探测器，为了弥补雷达性能的不足，舰桥上还安有特大型的双筒潜望镜。为了支持长达四个月的远洋作战，食物和补给品被塞进潜艇的每一个角落，狭窄的过道上也摆着食品箱，人只能弯着腰走在上面。

伊-400级长122米，水上排水量3550吨，水下排水量6560吨，是二战期间建造的最大潜艇。设计最高航速水上20节，水下7节，航程33,000海里/16节，可持续作战四个月以上，作战半径可达到世界上任何一个角落。武器包括艇尾的1门5.5英寸（140mm）50倍身管长甲板炮，艇首8具鱼雷发射管，指挥塔上1门25mm防空炮，机库上方3座三联装25mm防空炮，此外还有3架爱知造M6A1“晴岚”水上战斗/轰炸机。“晴岚”是专门为搭载于潜艇上而开发的机种，可携带800公斤炸弹或17.71英寸（450mm）直径的空投鱼雷。伊-400型的主甲板上有一座115英尺长，直径12英尺的机库，可容纳三架折叠的“晴岚”。机库口延伸出一条85英尺长的弹射滑索，平时飞机被折叠起来放入机库，作战时依次拖到弹射器上展开机翼，加油装弹并弹射起飞。完成任务后降落在母舰附近的水面，由可折叠的起重机吊回舰上。另外，伊-400型还装有柴油机通气管工作装置、警戒雷达和雷达讯号接收机。