在1666年，洛克认识了沙夫茨伯里伯爵（Anthony Ashley-Cooper），伯爵当时正为肝脏感染疾病所苦，在接受洛克的悉心治疗后相当感激，于是说服洛克成为他的助手。

找到新工作的洛克于是在1667年搬进了沙夫茨伯里伯爵于伦敦的住所，兼任他的个人医师。在伦敦，洛克在知名医师托马斯·西德纳姆（Thomas Sydenham）的指导下继续研读医学，西德莱姆对于洛克在自然哲学上的概念产生极大影响，这种影响可以在后来洛克所著的《人类理解论》一书里发现。

随着沙夫茨伯里伯爵的肝脏病情逐渐恶化，洛克所学习到的医学知识也备受考验。洛克负责协调其他几名医师一同参与治疗，并且说服沙夫茨伯里伯爵接受一次开刀手术（开刀在当时本身就是可能致命的）以移除肝脏内的囊肿。手术进行得非常成功，伯爵的身体也逐渐康复了，伯爵感激地称赞是洛克救了他一命。

在担任沙夫茨伯里伯爵医师的时期，洛克开始撰写一些在后来被出版为《人类理解论》一书的草稿，其中有两份草稿依然保存至今。也是在这个时期洛克担任了伯爵所创建的贸易与种植园事务委员会的秘书，提供伯爵有关国际贸易和经济上的意见。

沙夫茨伯里伯爵身为辉格党的创立者之一，对于洛克的政治思想有极大影响。伯爵于1672年被指派为英国大法官（Lord Chancellor），洛克也随之参与各种政治活动。

1675年，伯爵在政坛失势后，洛克前往法国旅行。

在1679年当伯爵的政治情势稍微好转时，洛克又回到了英格兰。也是在这个时期，很可能是出于伯爵的鼓励，洛克开始撰写知名的《政府论》一书。在书中洛克替后来1688年的光荣革命提出辩护，但也批评了托马斯·霍布斯等人的独裁主义政治哲学。虽然洛克是与较具权势的辉格党共事，他所提出的自然权利以及政府理论在当时可说是相当激进而革命性的。

然而到了1683年，由于被怀疑涉嫌一件刺杀查理二世国王的阴谋（虽然根本没多少证据能证明他直接参与了谋刺案），洛克逃亡至荷兰。在荷兰，洛克终于有时间继续开始撰写许多著作，花了许多时间重新校对他的《人类理解论》以及《论宽容》的草稿，直到光荣革命结束为止洛克都一直待在荷兰。

1689年，洛克跟随奥兰治亲王威廉的妻子玛丽一同返回英格兰。在抵达英国后不久洛克开始将大量的草稿出版成书，包括了《人类理解论》《政府论》以及《论宽容》都在这段时期接连出版。

洛克的密友玛莎姆女士（Masham）邀请洛克前往她在艾塞克斯郡的乡下住所定居。虽然当时洛克的身体状况已经因为哮喘病发作而饱受折磨，他仍成为了辉格党的英雄人物。在这段期间洛克也经常与艾萨克·牛顿等人讨论各种议题。

从1691年开始洛克一直住在玛莎姆女士的家中。

1704年10月28日，在健康状况不断恶化的情况下，洛克病世。被埋在艾赛克斯郡东部的High Laver小镇的一个教堂墓区。洛克终身未婚，也没有留下任何子女。

虽然洛克一生中经历了王政复辟、伦敦大火、伦敦大瘟疫等许多历史事件，他仍没来得及在有生之年看到他的理念被实践。君主立宪制和议会民主制的发展在洛克的时代都还处于早期阶段。

洛克对于哲学和政治哲学界产生极大影响，尤其是自由主义的发展。

现代的自由意志主义者也将洛克视为其理论的奠基者之一。

洛克对伏尔泰有极大影响，而他在自由和社会契约上的理论也影响了后来的亚历山大·汉密尔顿、詹姆斯·麦迪逊、托玛斯·杰斐逊以及其他许多的美国开国元勋。

洛克的理论激励了后来的美国革命与法国大革命。

洛克在知识论上也有极大贡献，他提出了“主观性”——或称之为“自我”的定义，Charles Taylor等历史学家认为洛克的《人类理解论》一书是现代哲学中有关自我的概念的奠基者。

在《政府论》中洛克主张公民社会是为了对财产权利提供保护才产生的。洛克所谓的财产是以拉丁文的proprius一词为基础，代表了一个人所拥有的东西——包括了拥有他自己。也因此，洛克所谓的“财产”包括了拥有“生命、自由、和财产”的权利。政治社会创立的目标便是为了提供财产权利更好的保护，因为财产能够代表其成员私人的（非政治性的）利益，但却无法代表一些只有与共同体里其他人结合才能实现的利益。

从这个理论延伸，每个人必然都在社会以外（例如在自然状态下）拥有一些财产，因此政府并不是财产权利的唯一来源，也不能够随意挪用个人的财产。如果政府存在的目标是为了保护财产权利，财产必然是先于政府存在并且完全独立的。洛克的对手罗伯特·费尔默爵士主张如果自然状态真的存在（他否认其存在），那么所有东西必然是属于公共所有的，私人财产不可能存在。托马斯·霍布斯对此也抱持类似的看法。洛克因此提出了一套解释财产如何在没有政府的情况下存在的解释：

首先，洛克主张每个个人都“拥有”他自己，所以每个人在自然状态下都是同样自由而平等的。因此，每个人也必然拥有他劳动所得的产品，要否认这点便等同于将他视为奴隶。也因此每个人都有权在自然赋予的资源上混合他自己的劳动：一颗长在树上的苹果对所有人都没有用处，只有当某个人将其采收后它才有可能被食用，而苹果便成为了那个采收的人的财产。洛克同时提出另一种论点，他主张我们必须允许苹果被采收为私人财产，否则无论世界上的资源有多么丰富，所有人类都只有饿死一途。一个人也必须被允许进食，因此他有权利食用经过他劳动所得的果实（同时他也有权拒绝其他人食用他的果实）。当苹果被他吃下的，他也必然是这颗苹果的所有人，无论是在他咀嚼时、当他啃咬时、当他将苹果送至嘴边时，只要他在这棵苹果上混合了他的劳动（透过采收它的动作）。

不过这还没有说明为何一个个人应该被允许在自然赋予的资源上混合劳动。由于人必须进食，采收苹果也是必要的，但这还不足以解释为何人们必须尊重其他人的财产。因此洛克假设在自然状态下资源是相当丰富的：只要其他人还有机会取得“同样多”和“同样好”的资源，一个人便有权利拿走一部分自然资源，而由于自然资源是相当丰富的，一个人可以在拿走所有他自己会用到的资源的同时，也不会侵犯到其他人的资源。除此之外，一个人不可以拿走超过他能使用到的数量，以免资源被糟蹋。洛克也因此提出了两个取得财产的条件：“同样多和同样好”的条件以及避免“浪费糟蹋”的条件。

透过这一连串理论，洛克主张一个完整的经济体制的确可以在没有政府的自然状态下存在。私人财产因此是先于政府而存在的，社会也是为了保护私人财产才形成的。

劳动创造财产，但财产的累积也有其限制。依据洛克的说法，没有被使用的财产是一种浪费，也是对于自然的侵犯。不过，随着“长久产品”的引进，人便可以卖出他们手上过多的会腐烂的产品以交换长久产品，如此一来便不会违反自然法了。由于黄金、银块、和其他各种贵金属及宝石并不会腐烂，除了美观价值以外，它们对于人的生存是没有用处的。也因此一个人可以自由地累积它们，或者以它们进行贸易换取食物。透过人与人之间的自愿同意，它们便成为了货币（一个人可以用黄金换取苹果、而另一个人则可以用黄金换取小麦）。透过货币的买卖，一个人便能够避免对资源的浪费，例如在果实腐烂之前便将它们变卖以让他人食用。但是货币机制的使用也使得对物品的过多占有。洛克最终对于采用货币机制采取了一种至少在表面上看来不太连贯的态度。

与托马斯·霍布斯不同的是，洛克相信人的本质是带有理性和宽容的。但与霍布斯相同的是，洛克认为自私是人性的本质，这也是他在货币理论上的基础。

洛克认为在自然状态下所有人都是平等而独立的，没有人有权利侵犯其他人的“生命、自由、或财产”。

洛克也主张应该对政府权力实行监督与制衡，并且认为当政府背叛了人民时，革命不但是一种权利，也是一种义务。

这些理论对于美国宪法及其独立宣言都有极大影响。

洛克经常被视为是自由主义的代表人物，也是美国革命的先驱。

不过，毁谤者批评洛克曾通过一家英国公司投资了在新大陆的奴隶交易，也批评他在担任沙夫茨伯里伯爵秘书期间曾参与了卡罗来纳宪法（Fundamental Constitutions of Carolina）的起草，那份宪法在新大陆的卡罗来纳州建立了一套封建的贵族制度、并且给了奴隶主对奴隶的绝对控制权。一些人认为洛克提出的圈地财产的理论正当化了对于美洲原住民的土地侵占。毁谤者举出洛克在著作里的反贵族和反奴隶理论，质疑他言行不一。然而，大多数美国学者都驳斥了这些毁谤者的批评，指出洛克并没有实际参与卡罗来纳宪法的起草，并且也否认了这些毁谤者对洛克著作的解释。

洛克是不列颠经验主义的开创者，虽然他本人并没有完全贯彻这种哲学思想。洛克认为人类所有的思想和观念都来自或反映了人类的感官经验。洛克将“自我”定义为“会以意识思考的东西（无论其本体，无论其是由何种精神、物质所单独构成或混合而成，皆是如此），这种东西是可以进行感觉的，会感觉到快乐或痛苦、幸福或不幸，而其意识延伸的程度，便是其自我所关心的程度。”但洛克并没有忽略“本体”的重要性，他写道：“肉体是构成人的一部分。”

因此洛克认为“自我”是一种在体内的自我察觉、以及自我意识的反射。在《人类理解论》中洛克解释了这种意识灵魂的发展过程，他批评了圣奥古斯丁派所提出的人生下来皆带有原罪的理论，也批评了笛卡尔提出的人生下来皆带有基本逻辑知识的理论。洛克认为人的心灵开始时就像一块“白板”，而向它提供精神内容的是经验（即他所谓的观念）。观念分为两种：感觉的观念和反思（reflection）的观念。

感觉来源于感官感受外部世界，而反思则来自于心灵观察本身。与理性主义者不同的是，洛克强调这两种观念是知识的唯一来源。洛克还将观念划分为简单观念和复杂观念，不过并没有提供合适的区分标准。我们唯一能感知的是简单观念，而我们自己从许多简单观念中能够形成一个复杂观念。洛克在《教育漫话》一书就是他对于如何教育这种空白心灵的大纲；他相信教育才是构成人最重要的部分，或者更根本的说，心灵开始时都只是一个“空橱柜”，他还说：“我想我会说在我们所遇到的人之中，其中有九成的人的好坏或是能力高低，都是取决于他们所受到的教育。”

洛克也主张“在我们婴儿时期所受到的任何琐碎印象，都会对我们以后有相当重大而持久的影响。”他主张在一个人年轻时所形成的联想（观念的联合）比那些后来才形成的更为重要，因为它们是自我的根源——它们是第一波留在“白板”上的印象。在《人类理解论》中，洛克引入了这些概念，还提出了一个例子：例如我们不应该让一个“愚蠢的女仆”告诉小孩在晚上时会有“小妖精和鬼怪”出没，否则“夜晚便会永远和这些可怕的念头结合在一起，他从此再也摆脱不掉这些想法了。”

洛克的联想理论大大影响了后来的联想心理学，对18世纪的思想也产生了极大的影响——尤其是对于教育理论。几乎所有的教育家都会警告父母不该让小孩们发展出负面的联想。这也推动大卫·哈特利在《人之观察》（Observations on Man，1748年）一书中尝试去发现联想理论的生物学机制，从而导致了心理学和其他新学科的发展。

已发表的著作

(1689) 《论宽容》—A Letter Concerning Toleration(1690) 《论宽容第二篇》—A Second Letter Concerning Toleration(1692) 《论宽容第三篇》—A Third Letter for Toleration(1689) 《政府论》—Two Treatises of Government(1690) 《人类理解论》—An Essay Concerning Human Understanding(1693) 《教育漫话》—Some Thoughts Concerning Education(1695) 《圣经中体现出来的基督教的合理性》—The Reasonableness of Christianity, as Delivered in the Scriptures(1695) 《为基督教合理性辩护》—A Vindication of the Reasonableness of Christianity

未发表的著作

(1660) First Tract of Government (或 the English Tract)(c.1662) Second Tract of Government (或 the Latin Tract)(1664) Questions Concerning the Law of Nature (拉丁文写成，后被翻译为英文).(1667) Essay Concerning Toleration(1706) Of the Conduct of the Understanding(1707) A Paraphrase and Notes on the Epistles of St. Paul

洛克的著作中反映出了他的清教徒背景以及身为辉格党员的一些政治立场。虽然洛克经常被视为是现代政治自由概念的奠基者，他在书中提出的一些观点也难免与现代的主流观点有些差别。

洛克的第一本主要著作是《论宽容》。洛克对研究当时英国的于宗教宽容程度相当感兴趣，他在死前写下了许多主张宗教宽容的论文。非国教徒的新教徒背景长大的洛克对于不同的神学观点相当敏感。不过后来洛克改变了立场，因为他对许多非国教徒的教派的行径感到反感，转而成为了英国国教会的坚定支持者。洛克采取了较为宽容的宗教立场，但仍认为拥有一个国教可以促进社会的和谐。

而洛克最知名的两本著作则分别是《人类理解论》和《政府论》。《人类理解论》早在1671年便开始撰写，有如洛克描述的，在接下来18年里断断续续撰写才完成了整本书，最后于1689年出版。虽然洛克开始撰写《政府论》的时间仍有待争议，很明显的是书中大部分的内容都是在1679-1682年期间撰写的。因此《政府论》一书最初不太可能是为了1688年的光荣革命才撰写的，虽然在光荣革命之后洛克的确曾大幅修订全书以替革命辩护。

《论宽容》

洛克最初是以不具名的方式在阿姆斯特丹发表了拉丁文的《论宽容》一书，虽然这本书很快便被翻译为英文出版。洛克区分了一个教会与民间政府的差异，包括两者在目标上的差异、以及在实践的手段上的差异。政府是为了维持和平才存在的，并且必须保有武力才能达成这个目标；而教会则是自愿构成的群体，为了提供灵魂救赎才存在的，而且必须使用说服的手段传教。个人并不能被从他们自己的灵魂上分开，也因此政府并没有提供他们救赎的责任，武力也不可能达成救赎的目标，即使能够达成，以这种压迫方法传教的宗教也并不一定是真正良善的宗教。因此，即使当政府倾向于支持某个特定的教会时，政府不能为此而干扰民间的和平。

不过，政府可以出自政治上的目标而管制宗教，例如禁止在公共场合宰杀动物以维持环境的卫生，即使是当这些政策妨碍了某些宗教传统时亦然。而那些不愿接受洛克提出的宽容原则的宗教教派必然会企图改变政府，也因此政府有权以维持和平为由加以镇压。由于没有了对上帝的恐惧便没有了信守承诺的理由，而社会的和平也需要人们愿意保持承诺，因此政府可以在这种情况下主动推广一部分的宗教发展。

《人类理解论》

主条目：人类理解论

在《人类理解论》一书中，洛克批评了宣称人生下来便带有内在思想的哲学理论，他主张人所经历过的感觉和经验才是形塑思想的主要来源。由于他在这方面的理论，洛克可以被归类为经验主义者，而非他的批评者莱布尼茨等人所信奉的理性主义。《人类理解论》的第二卷提出了洛克对于思想的理论，他区分出了被动取得的'“简单思想”——例如“红色”、“甜美”、“圆形”等等，与主动架构起来的“复杂思想”——例如数字、因果关系、抽象、实体观念、本体、以及差异性概念。洛克也区分了物体既有的“主要特质”——例如形状、动作、和长宽高，以及“次要特质”——亦即“在我们体内产生不同感觉的能力”（II.viii.10），例如让我们感觉到“红色”或“甜美”的能力。洛克主张次要特质是取决于主要特质的。在第二卷中洛克也讨论到了人的本体以及人的思想，他在这里所提出的理论直到今天都还有所争议。第三卷主要讨论语言，第四卷则讨论知识，包括了直觉知识、数学、道德哲学、自然哲学（“科学”）、以及信仰和舆论。

《政府论》

1689年到1690年写成的两篇《政府论》是洛克最重要的政治论文。《政府论》的第一篇是对罗伯特·费尼默爵士（Robert Filmer）的《先祖论即论国王之自然权》的反驳。洛克极力并有效地驳斥了费尼默的君权神授的主张。洛克主张政府的权威只能建立在被统治者拥有的基础之上，并且支持社会契约论。不过他也强调社会契约论是可以废除的。在第二篇中洛克则试图替光荣革命辩护（但根据拉斯莱特的考证，政府论发表之时，光荣革命尚未发生，因此这部著作是在呼唤一场革命而不是为已经发生的革命辩护），提出了一套正当政府的理论，并且主张当政府违反这个理论时，人们就有权推翻其政权。洛克还巧妙地暗示读者当时英国的詹姆斯二世已经违反了这个理论。

洛克提出了一套与托马斯·霍布斯的“自然状态”不同的理论，他主张每个人都拥有自然权利，而他们的责任则是保护他们自己的权利、并且尊重其他人的同等权利。透过洛克称为“理性”的自然法的概念，人们就能理解为何他们必须尊重其他人的权利，包括了尊重他人经过劳动而获得的财产的权利。由于在实践上自然法经常被忽略，因此政府的保护是必要的，然而政府的统治也必须经过被统治者的同意，这样的统治也只有在一个全体的法律体制下才能表现出来。因此所有的政府都只是人民所委托的代理人，当代理人背叛了人民时，政府就应该被解散。当立定的法律被违反、或是代理人滥用权力时，一个政府便是背叛了其人民。当政府被宣告解散后，人民便有权再建立一个新的政府，以对抗旧政府的不正当权威，这种情况又可以称为“革命”。

“停下你的脚步啊，路人！躺在这里的就是约翰·洛克。如果你想问他是怎么样的一个人？他会说他是一个以自己的小财产过着满足生活的人。身为一个学者，他以追求真相为他学习的唯一目标，你可以在他的著作里发现这点，任何有关他的事物都写在他的著作里了，也都比本墓志铭对他的赞美还要真实。确实，他的美德，并不足以让他自己提出来炫耀、也不足以拿来给你做为典范。让他犯下的邪恶随着尘土掩埋吧。如果你要寻求作人的典范，去从圣经里找寻吧；如果你要寻找邪恶的典范，希望你不会找到它；如果你要寻找死人（如果这能够帮助你的话），你在这里就可以找到一个，也可以在任何其他地方找到啊。”