多态性是指一个基因座位上存在多个等位基因。 MHC是人类基因组中最多态的基因簇。对于生物体内如此多样的MHC的解释有很多，其中一个较为流行的就是认为，遗传多样性是病原体驱动（pathogen-driven）的自然选择过程的结果。就某一个体基因座位而言，最多只能有两个等位基因，分别来自父母方的同源染色体上。因而， MHC 多态性指的是一个群体概念，即群体中不同个体在等位基因拥有状态上存在的差别。多态性可导致群体不同个体用语的等位基因的差异。 HLA 是人体中多态性最丰富的基因系统，共有基因座31个，其等位基因的数目有2320个之多（截止2006年7月），且均为共显性基因，若按随机组合，人群中的基因型可达 10 12 种。因此，人群中除同卵双生外，无关个体间 HLA 型别完全相同的可能性极小。 HLA 多态性主要表现在经典的 I 、 II 类基因，这与 I 、 II 类基因产物参与提呈抗原肽有关。 MHC 多态性使得种群能对各种病原体产生合适的免疫应答，应付多变的环境条件，以维持群体的稳定性。