随着最终幻想在游戏界的走红，功成名就的坂口博信并没有减缓其探索未知领域，他开始大刀阔斧地着手筹备拍摄《FF》系列的同名电影和向网络游戏进军。坂口本人一直都是狂热的电影爱好者，《FF》第一作的创作灵感有很大部分来自于詹姆斯.卡梅隆导演的科幻影片《未来战士》（《The Terminator》），他一直渴望有机会能够把自己另一方面的才能通过电影胶片传达给更多的世人，2000年，史克威尔与哥伦比亚影业公司合作的《最终幻想-灵魂深处》成为了SQUARE会社经营史上最大的一次风险投资，这个总耗资超过1.5亿美元的庞大计划历时总共四年，先后投入的人力150人以上，为了保证其获得成功SQUARE几乎竭尽全力，许多游戏开发计划因此中止或变更。2001年7月13日，就在各方的热烈期待下，《最终幻想—灵魂深处》正式上映。充满期待的观众们却失望的发现，《灵魂深处》情节老套拖沓且莫名其妙。该片上映三周后的总票房仅3020万美元，SQUARE当年度严重亏损了165.5亿日元。为挽救财政告急的SQUARE，索尼于10月3日以每股1330日元的价格购入1120万股SQUARE股票，索尼因此获得了19%的股份成为SQUARE的第二大控股公司。为了追究经营责任，SQUARE的经营三巨头都受到降职处分，坂口博信由副社长转任统括软件开发事务的技术总监。再到后来MMO RPG 最终幻想XI 初遇挫折，使会社蒙受巨大经济损失，对SQUARE劳苦功高的坂口博信也不得不引咎辞职解除了自己于SQUARE的所有职务。