1999年8月，在经过长时间的准备后，沉寂长达9年的ZOIDS以新的系列——“机兽新世纪ZOIDS”（日文：机獣新世纪ゾイド）再启动。9月份，每日放送开始放映ZOIDS的第一部电视动画《ZOIDS》。动画的推出极大地促进了ZOIDS的销售，以至于在第一部动画结束后立马就推出了第二部动画——《ZOIDS新世纪/ZERO》。一开始，新的ZOIDS系列大部分是旧版的复刻和重涂，但随着市场的扩大，新的ZOIDS被不断的开发出来。

2002年，时值ZOIDS 20周年纪念，TOMY推出了BLOX系统，BLOX系列的ZOIDS躯干部分都是由相同大小的方快组合而成，在躯干上通过搭配不同的装甲形成不同的机体。与传统的ZOIDS相比，BLOX系统虽然是静态模型，但由于其有更大的改造空间，同样吸引了大量的玩家。

2004年和2005年，TOMY又相继推出了FUZORS和GENESIS系列，新的系列中又出现了拉条动力和生化龙等新的产品。ZOIDS的热潮还在不断的延续。

2006年，TOMY联合寿屋推出了ZOIDS组装静态模型——ZOIDS HMM（HIGHEND MASTER MODEL）系列。HMM类的模型以精细的造型为卖点，对比传动ZOIDS来说，牺牲动力系统来换取精细的外形以及高可动性，HMM的机体以旧时代经典ZOIDS系列为主要内容。

RZ・EZ系列

2004年推出的，伴随1999年ZOIDS复活的系列。共和国一侧的机体以RZ开头，帝国一侧的机体以EZ开头，总共推出了76种（除去限定生产产品和店铺限定销售产品）。

BLOX系列

模型编号排序：BZ-001至BZ-024。BZ-DAL、BZ-MD、BZ-CD。

FZ系列

随2004年播出的动画《ZOIDS FUZORS》而推出的系列。大多只是在RZ·EZ系列产品的基础上变换了颜色或者是追加动画设定包含的新的零部件。模型编号以开头FZ，总共22种（限定生产销售产品除外）。

GZ系列

随2005年播出的动画《ZOIDS创世纪》而推出的系列。由动画中新登场的Zoid以及以往的产品变换颜色后构成。模型编号以开头GZ，总共15种（店铺限定生产销售产品除外）。

ZGe系列

轻小说《ZOIDS GENERATION》系列登场的机体限定商品化，主要是一些改色+限定套件

ZGe01苍牙+具足（会场限定版,300体,附送GK的ZOIDS GENERATION女主角ミトリ）

ZGe02朱狼（朱虎）红色限定版的RZ-073+BZ-023捆绑包，有小说中的专用武器

ZGe03+ZGe04黄戎+钝犀套装，除了原机体外还附送小说中机体的武器

ZGe05绯樱，小说中另外一台ZERO，装甲采用白色透明材料，专用C.A.U.巫女舞衣还有有商品化的消息

RCZ（REBIRTH CENTURY ZOIDS 25）

ZOIDS 25周年的时候推出的新系列ZOIDS，主要是将部分旧机体重新诠释,新机体的开发为主，故事系列背景未知。

ZW系列

随2018年播出的动画《索斯机兽：荒野纪》和2019年播出的动画《索斯机兽ZERO》而推出的系列。由动画中新登场的Zoid构成。模型编号以开头ZW，总共58种（除去限定生产产品和店铺限定销售产品）。

ZWR系列

随2019年播出的动画《索斯机兽ZERO》而推出的系列。由动画中登场的特别配置Zoid。模型编号以开头ZWR，总共8种。

ZOIDS的动画是以为基础，又是为模型的销售服务的。共推出了6部（如果把第一部算成两部总共就是7部）。

短篇动画《三匹虎传说》：随RZ-073 WHITZ WOLF、RZ-075 RAYSE TIGER、EZ-076 BRASTLE TIGER三机捆绑发售的DVD全3D动画。动画内容围绕ZAC2230年行星ZI两大军工企业ZOITEC和ZI-ARM之间关于三个古代核心的故事。

在时间序列上，除前两部外，各部动画关联性不大。而且，与TOMY设定的正史也颇有出入。当然，作为各成体系的作品，观赏性还是很强的，特别是作为主要内容的机兽战斗场面更是引人入胜。

ZOIDS在整个开发历程里并没有忽略游戏上的发展。

有ZOIDS系列参与的游戏：

原创战斗故事

原创战斗故事（Original Battle Story）是ZOIDS系列诞生之初被创作的故事，也就是ZOIDS系列的正史。

在遥远的Zi星球，生命是由金属构成的，经过上亿年的进化，出现了包括ZOIDS在内的各种生物，也进化出了智慧生命：Zi星人。Zi星人对ZOIDS进行改造，用于各种用途。

爱和恨的历史

很久以前，大约有50个部落彼此隔绝的生活在Zi行星的中央大陆上。其中，在山脉深处的中心地带住着风之部落，在大洋中住着海之部落，在地下的洞穴中住着洞穴部落。在当时荒芜的环境下生活很艰难，但也很和平。为了生存，各个部落驯养野生的ZOIDS来作为家畜。

ZAC1600年，地震和火山喷发开始平息。人类和野生ZOIDS逐渐繁荣起来。结果就造成了食物的不足。部落之间的战斗渐渐浮出水面。不久之后，整个中央大陆分成了两个派别。

一边是由海立克（风族酋长）领导的同盟力量，他只想把和平带回中央大陆。另一边是由盖洛斯（洞穴族（地底族）酋长）领导的力量，他的野心是要征服整个中央大陆。越来越多的原先被视作家畜的ZOIDS被武装起来，并被作为武器用于战争中。

有一天海立克突然离开了中央大陆。没有人知道他的去向。ZAC1955年同盟军隐瞒了海立克离开的消息，继续发动对抗盖洛斯帝国的战斗。

一年半后，当季节渐渐进入夏季的时候，一支不明身份的武装铺天盖地的攻向中央大陆。人们猜测这支进攻部队来自暗黑大陆。整整30天，同盟军和盖洛斯帝国都在持续遭到这支神秘部队的攻击。第31天，海立克突然出现在盖洛斯面前。“盖洛斯，我们应该一起反抗这些垂涎我们富饶大陆的侵略者。我已经走过千山万水。已经见识了我们的星球是多么的广大。我们只是一个小岛上的一小撮人。我们还要为了一点小小的争执而彼此战斗么？这只会令我们失去整个故乡。睁眼看看吧，盖洛斯。”

盖洛斯觉得这已经不是那个他曾经梦想打败的男人了。海立克已经改变了。中央大陆的所有部落搁置分歧，共同联合起来了。团结如一令他们能击退神秘的侵略者。和平很快的又回到了中央大陆。由于这场胜利，海立克被选为新共和国的大统领。

海立克有两个孩子，海立克二世和他的弟弟赛奈巴斯。海立克二世的母亲来自风之部落。赛奈巴斯的母亲是盖洛斯的妹妹，她有着勇猛战士家族的血统。海立克大统领希望后代走上不同的道路，一个成为政治家，另一个则是战士。他希望两个孩子在各自的领域里能力优秀，并能联合起来保卫共和国。

当海立克大统领78岁去世时，海立克二世是18岁而赛奈巴斯是16岁。共和国议会同意海立克大统领的要求将大统领的位置空缺，并任命海立克二世为摄政，赛奈巴斯为军队统帅。中央大陆上暂时保持着和平。

不幸的是和平并没有维持很久。由于不满足仅仅成为军队统帅，海立克与赛奈巴斯之间的矛盾日益激化。最终赛奈巴斯被流放，之后他建立了赛奈巴斯帝国。从此就展开了海立克共和国和赛奈巴斯帝国之间的战争史。

创世纪

在宇宙大航海的时代，人类从地球出发，已经冲出了太阳系，开始了星系间的旅行。某天，一艘名叫“环球三号”的巨型飞船从地球上的空间站出发，目的地是遥远而未知的星球。船员中有开辟新天地的宇宙移民、有希望揭开宇宙之谜的科学家，也有梦想一夜暴富的人们。这其中，还包括了一群来自银河企业财团“GS冒险”的商人，他们被称为银河冒险商人。

“环球三号”以超光速向着银河系的中心飞行，很快的，在与太阳系相反的位置上，发现了一个与太阳系类似的新的星系。这个星系以一颗与太阳类似的中型恒星为中心，六颗行星围绕其运行。在第二颗行星上，船员们发现了智慧生物存在的迹象。“环球三号”的船员们为了这个发现而兴奋不已。

然而，一个意想不到的事情发生了。“环球三号”上发生了叛乱。叛乱者是那些银河冒险商人。自从飞船离开地球，他们就和船长发生了矛盾。这些商人意图进行非法贸易，而船长认为进行非法贸易是不名誉的行为，因而极力反对。在到达新的星系后，两派人的矛盾终于爆发出来。他们在飞船上的战斗，使得飞船的操作系统严重损坏，以至于无法继续飞行了。在这个时候，银河冒险商人夺取了全部的求生艇，逃离了“环球三号”。船长和其它人被迫留在了船上，他们拼尽全力试图将“环球三号”安全降落在未知星系的第二行星上。但是，飞船还是坠毁了，船长和大部分的船员遇难，只有一小部分旅行者生还了。

第二行星上的景象与地球十分类似，是个绿色植被覆盖的星球。这里有大海，河流，草原和森林。高耸的遍布金属矿脉的岩石山是这个星球的特色。

“环球三号”坠毁在一片连绵山脉脚下的沙漠之中。很快，一群两足行走的智慧生物驱赶着机械野兽出现在我们面前，这些机械野兽很象是在地球上曾经存在过的恐龙。驱赶机械野兽的智慧生物称他们自己是Zi星人，机械野兽被称为机械生命体ZOIDS。而这颗星球，他们称为Zi星。

正当地球人和Zi星人交谈的时候，另一群Zi星人驾驶着翼龙型的ZOIDS飞了过来并发起了攻击。地面上也出现了新的ZOIDS战斗部队予以还击，一场激烈的战斗开始了。

战斗以地面上的Zi部队胜利而告终，胜利的Zi星人把地球人带到了他们的首都。

首都是一个主要以石头建立起来的城市，居民主要以农耕和打猎为生。虽然Zi星人在思维和感觉方式上和地球人有很多共同之处，但他们和地球人的身体结构还是有很大的区别。地球人调查得知，Zi星似乎和地球有着相同的生命进化过程，然而到了恐龙时代，Zi星上突然发生了生命大异变。

现在，Zi星人分为两个国家。拯救地球人的Zi星人来自于共和制度国家，他们称自己的国家为海立克共和国。另一个国家为赛奈巴斯帝国，那里采用的是贵族和奴隶的统治制度，而银河冒险商人已经加入了帝国一方。

两个国家以山脉为界互相对峙，进行了无数次的战争。由于“环球三号”的坠毁，新一轮的战争又开始了。这是一场人类的战争——那些能够将ZOIDS改造为更有威胁的战斗ZOIDS的地球人的战争。

距地球6万光年的地方，一个宏伟的时代开始了……

新战斗故事

新战斗故事（New Battle Story）伴随着ZOIDS系列在1999年以新的系列——“机兽新世纪ZOIDS”复活而诞生。它本身借鉴了原创战斗故事，但又不同于原创战斗故事。新战斗故事成为了当时推出的漫画《机兽新世纪ZOIDS》和动画《ZOIDS》的蓝本。

ZOIDS ORIGINAL

ZOIDS ORIGINAL是ZOIDS系列诞生30周年（2013年）之时Takara Tomy正式公布于官网的新系列，其故事内容发表在2010年开始出版的《ZOIDS concept art》系列画册中。它是对ZOIDS系列旧正史的重新诠释，Takara Tomy似乎也打算将其作为ZOIDS系列新的正史。

ZOIDS ORIGINAL与原创战斗故事有着诸多的不同。例如，最初出现在行星ZOIDS（日文：惑星ゾイド，ZOIDS ORIGINAL中已经不再使用行星Zi（日文：惑星Zi）这一说法）上的智慧生物不是星球上土生土长的Zoid人，而是由于连续不断地战争以及持续恶化的环境而不得不离开自己家园，乘坐着飞船ZOIC-NOA在宇宙中四处寻找新家园的地球人。

再如，ZOIDS的诞生也不是行星ZOIDS上的原始金属生命自然演化而来，而是来到了这颗星球上的地球人为了将星球的环境变得适合自己居住，将地球上物种的基因同星球上的已存在的原始金属生命相结合而诞生的。ZOIDS ORIGINAL中的ZOIDS也被重新设计，外表相比旧系列显得更加“圆润”。

当然，大致的路线还是以原创战斗故事为范本，例如接下来中央大陆分成了两派——共和国与帝国，两国的纷争使战火在中央大陆迅速蔓延开来。随后就是另一艘来自地球的飞船GⅢ（环球三号）的突然到来改变了战争等。