更新时间:2024-08-06 16:48
dNTP,deoxy-ribonucleoside triphosphate(脱氧核糖核苷三磷酸)的缩写。是包括dATP, dGTP, dTTP, dCTP,等在内的统称,N是指含氮碱基,代表变量指代A、T、G、C等中的一种。在生物DNA合成中,以及各种PCR(RT-PCR(reverse transcription PCR)、Real-time PCR)中起原料作用。
dNTP代表脱氧核糖核苷酸三磷酸。每个dNTP由磷酸基团,脱氧核糖和含氮碱基组成。有四种不同的dNTP,可分为两组:嘌呤和嘧啶。
dATP(脱氧腺苷5'-三磷酸)和dGTP(脱氧鸟嘌呤5'-三磷酸)构成嘌呤。
腺嘌呤和鸟嘌呤是嘌呤中的基质,都具有双环结构。
dTTP(脱氧胸苷5'-三磷酸)和dCTP(脱氧胞苷5'-三磷酸)构成嘧啶。
胸腺嘧啶和胞嘧啶是嘧啶中的特征,它们都具有单环结构。
DNA的双螺旋结构由dNTP组成,非常类似于聚合物中的单体单元。如果你解开DNA并想象它是一个阶梯,磷酸基团与脱氧核糖糖基团交替组成梯子的两侧,(只有“糖磷酸骨架”这个词),碱基会形成梯子的梯级。DNA的一个重要特征是两个碱基通过氢键连接形成一个梯级。这种结合将两条DNA链保持在一起。嘧啶类不能配对,嘌呤也不能配对。碱基配对只能在TA或GC之间进行。这是由Erwin Chargaff发现的。在他的实验中,他从细胞核中提取DNA并记录存在的四种核苷酸的量。他发现T的百分比总是等于A的百分比。在G和C之间发现了相同的关系。他还发现A或T的百分比加上G或C的百分比加到100%。这些发现极大地帮助了沃森,克里克,富兰克林和威尔金斯。
G和C碱基之间存在三个氢键,但A和T碱基之间仅有两个氢键。
A和T之间只有两个形式,因为腺嘌呤碱基的碳2比其附着的氢具有更少的电负性,因此不会在其上产生δ负电荷,这意味着胸腺嘧啶的碳2上的氧不能与其形成氢键。
因此,这意味着需要更多的热能来使DNA变性,这比富含AT的DNA更富含GC。
如前所述,DNA的主链由交替的磷酸和脱氧核糖基团组成。在dna的一条链上的相邻核苷酸之间形成的键是磷酸二酯键。当一个脱氧核糖的5'或3'碳原子与第一个磷酸上的氧键合时形成。这是从每个核苷酸中除去二磷酸的缩合反应。这就是为什么DNA中发现的核苷酸实际上是dNMPs(脱氧核糖核苷酸单磷酸酯)。
dNTP溶于pH为7.0的NaOH贮存液中,最初的贮存液可稀释到10mol/L,分装后存放在-20℃冰箱中。dNTP使用浓度在20~200 μmol/L之间。4种dNTP必须等浓度配合以减少错配误差。
在PCR反应中,使用低dNTP浓度,可减少非靶位置启动和延伸时的核苷酸错误掺入。一般可根据靶序列的长度和组成来决定最低dNTP浓度。例如在100μl的反应体系中,4种dNTP的浓度为20μmol/L,可基本满足合成2.6μg DNA或10pmol/L的400bp序列。