（一）拟定公路、水路交通行业的发展战略、方针政策和法规并监督执行。

（二）拟定公路、水路交通行业的发展规划、中长期计划并监督实施；负责交通行业统计和信息引导。

（三）对国家重点物资运输和紧急客货运输进行调控；组织实施国家重点公路、水路交通工程建设。

（四）指导交通行业体制改革；维护公路、水路交通行业的平等竞争秩序；引导交通运输行业优化结构、协调发展。

（五）组织公路及其设施的建设、维护、规费稽征；负责汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理。

（六）组织水运基础设施的建设、维护、规费稽征；负责水上交通安全监督、船舶及海上设施检验和防止船舶污染、航海保障、救助打捞、通信导航工作；实施船舶代理、外轮理货、航道疏浚、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理。

（七）制定交通行业科技政策、技术标准和规范；组织重大科技开发，推动行业技术进步；指导交通行业高等教育和成人教育以及职业技术教育。

（八）负责部机关的人事、劳动工资、机构编制管理工作；按规定管理部直属单位主要领导干部；指导交通行业职工队伍建设。

（九）负责政府间交通行业的涉外工作，指导利用外资工作；管理公路、水路交通与国际组织有关事宜，开展国际交通经济技术合作与交流。

（十）管理和指导港口、航运公安工作。

（十一）承办国务院交办的其他事项。

根据《国务院办公厅关于印发交通部职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔1998〕67号），交通部设10个职能司（局、厅）：

（一）办公厅

组织协调部机关工作。组织交通行业政策研究工作，起草重要报告、综合性文件；负责值班、文秘、政务信息、机要、保密、信访、档案和机关后勤行政管理工作；负责有关重要会议的组织。

（二）体改法规司

指导交通行业体制改革、结构调整、法制工作；负责行业立法的规划、组织、协调和行政复议工作。

（三）综合规划司

组织拟定公路、水路交通行业发展规划和有关计划；拟定交通行业产业政策、投融资政策；负责中央投资、中央与地方联合投资以及利用外资基础设施建设项目的前期工作和后期评价工作；负责港航设施建设使用岸线的布局规划及审查；负责交通行业统计、预测、信息引导工作。

（四）财务司

指导交通行业财务会计工作；管理专项资金、预决算、外汇、信贷以及利用外资有关的财务工作。

（五）人事劳动司

负责部机关人事、劳动工资、机构编制管理工作，按规定管理部直属单位主要领导干部以及部属单位的人事、劳动工资、劳动保护和卫生工作；管理智力引进和对外劳务合作。

（六）公路司

拟定公路建设和道路运输的行业政策、规章和技术标准；维护公路建设和道路运输行业的平等竞争秩序；监督管理重点公路建设项目的实施；负责公路规费稽征、公路养护、路政、收费公路的管理；负责道路运输、汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理；负责运价政策的拟定和汽车出入境运输管理。

（七）水运司

拟定水运基础设施建设、水路运输的行业政策、规章和技术标准；维护水路交通行业的平等竞争秩序；负责水运基础设施建设有关项目的管理；负责水运设施的维护和管理；负责水运规费稽征和国际国内水路运输、港口、船舶代理、外轮理货及其他水运服务业的管理；组织实施国家水路重点物资运输和紧急运输。

（八）科技教育司

拟定交通行业科技、教育发展政策和规划，推进科研、教育体制改革，负责交通重大科技项目的实施；管理交通行业标准和计量工作；指导交通行业高等教育、成人和职业技术教育工作。

（九）国际合作司

管理交通外事工作；负责政府间交通行业涉外工作；管理公路、水路交通与国际组织有关事宜，开展国际交通经济技术合作与交流。

（十）公安局

管理和指导港口、航运公安工作。公安局由交通部、公安部双重领导，业务工作以公安部为主。

机关党委。负责部机关和在京直属单位的党群工作。

根据《国务院办公厅关于印发交通部职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔1998〕67号），交通部机关行政编制为300名。其中：部长1名，副部长4名，司局级领导职数37名（含总工程师2名，机关党委专职副书记）。

离退休干部工作机构、后勤服务机构及编制，按有关规定另行核定。

章伯钧（1954年9月-1958年1月）

王首道（1958年2月-1964年7月）

孙大光（1964年7月-1970年6月）

杨　杰（1970年6月-1975年1月）

叶　飞（1975年1月-1979年2月）

曾　生（1979年2月-1981年3月）

彭德清（1981年3月-1982年5月）

李　清（1982年5月-1984年7月）

钱永昌（1984年7月-1991年3月）

黄镇东（1991年3月-2002年10月）

张春贤（2002年10月-2005年12月）

李盛霖（2005年12月-2008年3月）