《IRIS》讲述在急速变化的世界局势下，韩国国家安全局的特殊要员们的故事，具体讲述了谍报人员令人窒息的打斗、背叛以及爱情故事。

李秉宪扮演的国家安全局（NSS）机密要员贤俊总是因为工作而陷入到危险当中。国家安全部（NSS）要员金贤俊（李秉宪饰）和同事陈思宇（郑俊浩饰）是莫逆之交，却又同时暗恋着他们的上司崔胜熙（金泰希饰），之后贤俊和胜熙发展成了恋人的关系。同在国家安全局工作的恋人贤俊（李秉宪饰）和胜熙（金泰希饰）好不容易获得了假期，两人前往日本秋田旅游，欣赏美丽雪景。甜蜜的约会却因为要保护逃往匈牙利的朝鲜科学家洪丞龙而不得不中断。在匈牙利接到秘密任务的贤俊，因为成功暗杀朝鲜最高委员长而受到金素妍扮演的女杀手金善华的追击。在得知贤俊逃往日本时，本来是要暗杀贤俊的，但却因多次被贤俊相救而不由自主地被其所吸引，爱上了跟自己立场对立的NSS要员贤俊。后贤俊由于陈思宇（郑俊浩饰）的背叛，险些死于飞机坠毁。贤俊因为一个神秘的“声音”捡回了一条性命，也因此了解到了秘密组织“Iris”的存在，1年后，经历无数曲折的贤俊终于回到了国家安全局。在支持南北统一的民间组织“统一委员会”的成立仪式上，贤俊负责现场的安保工作，再次与反统一组织“Iris”不期而遇。