更新时间：2024-06-26 23:21
随着幻之都克芬再次沉没于大地之下，沙漠再次变会原来的绿色的土地，亚特鲁结束了在森德里亚的冒险。3年之后，23岁的亚特鲁再次踏上冒险的旅程。
在巴雷西亚和多奇相遇之后，两人向着阿弗罗加前进。来到艾迪斯，在海港的酒场，亚特鲁遇见3年前在森迪里亚认识的蒂拉，还有她的父亲拉多克。拉多克是被罗门帝国通缉的海盗，当时罗门帝国士兵发现他们并前来到酒场抓人，在混乱之中，亚特鲁和多奇也跟随他们逃走并坐上了海盗船离开艾迪斯。亚特鲁从拉多克口中得知关于迦南大漩涡的世界之后，打算跟随他们向着迦南大漩涡进发，打算用自己的双眼去确认未知的世界。
亚特鲁等人乘坐的海盗船在亚托拉斯大海被罗门帝国舰队追截。由于帝国舰队闪电般的来袭，海盗船被追至接近大漩涡这个危险海域，拉多克只能孤注一掷将船驶向大漩涡。处于混乱处境之中的海盗船，在大漩涡中失去平衡，蒂拉身边的船舷的木板也被吹了起来，在蒂拉快要被抛下大海之时，亚特鲁及时伸手抓住她并将她救起。不过换来的是，自己为了救蒂拉而被大漩涡巨大的引力吸进大海中。
亚特鲁·克里斯汀，该作唯一可操控的角色，在该作中亚特鲁坠落进迦南大漩涡中，而得此漂流到迦南诸岛上。
与很多动作冒险游戏相似，主角拥有冒险游戏必备的一些特征，玩家拥有生命值、经验值、攻击力和防御力，还有一些装备和道具等。但是游戏中玩家不会学习技能，只能通过三把不同的武器发挥不同的攻击属性。
游戏中的NPC，也是作为该作的剧情人物而登场的角色，是除了主角亚特鲁外必不可少的一些人物，他们可以推动剧情和给予主角帮助等。
游戏中分有武器、盾牌、铠甲和饰品四类装备，除饰品外每类装备只可装备一件。
消耗品，游戏中恢复的主要道具。大概分为三类，一种是恢复生命值的，一种是解除异常状态的，还有一种则是永久提升主角属性的道具。恢复生命和解除异常的可以在道具店里购买，而永久提升主角属性的只能在某些场景的箱子里找到或完成某些任务被NPC赐予。
游戏中的地图主要是坐落在迦南诸岛上的一些村庄和城镇还有遗迹等。
该作作为剧情引导的游戏，所以某些场景地图必须完成剧情才能开启。游戏前期玩家想要前往之前的村庄只能用跑的方式，而到了游戏中期玩家获得“雅露玛之羽”后就可以自由的进行传送了。
游戏中没有什么特殊的地形，但要注意一些场景会有陷阱和缺口等，如果不注意就会掉落下去。
游戏中玩家除了正常的特殊攻击外，还拥有三种不同的剑系技能和魔法。其中玩家的特殊攻击在任何武器下都可以使用，如跳斩、冲刺斩、下坠猛刺等，而剑系技能和魔法只能在特定的武器下才能使用。
该作并不存在任务系统，但在游戏中玩家可以接受NPC的委托。同时与NPC对话也可以了解该委托的目标。
游戏的画面使用传统的2D效果，但游戏中包括了大量的剧情与CG动画，这让玩家在体验游戏的同时会目不暇接的看着许许多多的故事情节，这种设计就使得游戏剧情和互动更加的饱满。另外游戏中还有许多独创的武器道具与战斗系统，《伊苏》系列作为老牌ARPG游戏能出到第六部，一定有其经久不衰的理由，相信该作一样不会让新老玩家失望的。（游民星空评）
《伊苏Ⅵ：纳比斯汀的方舟》的背景故事和剧情十分的吸引玩家，动画加战斗式的剧情让游戏整体的趣味性上升了不少，所以这是一款不会让新伊苏系列的粉丝和老粉丝失望的游戏。（游侠评）
2022年3月3日，MMORPG手游《伊苏 6 Online》进行更新，推出新职业“日本武士”。