该片的故事灵感来自于导演黄真真继母和父亲的真实情感经历。父亲过世后，继母对他仍怀有眷恋，一次继母与黄真真吃饭时，说道：“不知你爸爸来了没有”，原来继母一直认为能看到他的灵魂，也依然坚信他还在自己身边，从没离开过。那顿饭点了父亲爱吃的东西，就像他们三个人在一起一样。黄真真表示，当对一个人的爱很深时，即便人不在，但感觉一定还在。这段经历一直萦绕在她心头，拍完电影《闺蜜》后，黄真真感觉时机已经成熟，于是决定将这种感动呈现在创作中。

该片为达到真实还原的拍摄效果，转战多个城市和地区取景，并动用大量航拍、特效镜头来制作。而为了片中的雪崩场景，剧组来到海拔5596米的玉龙雪山进行实地拍摄。因为当地天气条件恶劣，工作人员每天需要克服高寒缺氧，在艰苦的环境下工作短则8小时多则10几个小时，每次拍摄前的布景都需要几个小时来准备，常常不到10米的距离要耗费半个小时来搬运器材。

黎明和王珞丹为了演出遭遇雪崩的戏码也身心俱疲。王珞丹表示，在雪山拍摄需要消耗平时十倍以上的体力。为了再现雪崩的场景，不断往上爬、摔倒、再往上爬、再摔倒，这样的经历被她称为是一次恐怖的体验。黎明也坦言，拍摄过程必须有足够的意志力才可以承受住压力，片中营救爱人的戏份，还配合了一系列大幅度的动作，需要吸入大量氧气才可以维持良好的精神状态。

该片的幕后制作团队包括曾凭《无间道》系列获得香港金像奖最佳剪辑的彭正熙；动作指导则是来自成家班的吴永伦，他因参与电影《十二生肖》的动作设计，同时荣获香港金像奖及台湾金马奖最佳动作设计；美术指导李敦纲曾获得台湾金马奖最佳美术设计提名；声音指导杜笃之曾九次问鼎台湾金马奖最佳音效、最佳录音等奖项；而造型指导林欣宜曾获得台湾金马奖最佳造型设计提名。

该片的视觉特效由曾制作《速度与激情5》、《权利的游戏》、《钢铁侠》、《2012》等好莱坞电影的团队Pixomondo打造。配乐方面，片中的原声音乐均由雷颂德创作（主题曲由林俊杰创作），导演黄真真更远赴维也纳，邀请曾参与《阿凡达》、《简·爱》、《悲惨世界》等电影配乐工作的捷克电台交响乐团坐镇，由指挥家廖原等70多位音乐家为影片进行配乐演奏。

2015年7月6日，该片在北京举行杀青发布会，并发布概念海报和杀青特辑；8月31日，发布概念预告片；9月16日，发布先导预告片和“看见”版角色海报；9月24日，与电影《不速之客》在北京举行联合发布会，并发布“秘密”版预告海报；10月9日，发布“魂断雪山”特辑；10月15日，在北京举行“灵魂归来”主题发布会，并发布“消失”版预告海报、电影主题曲《只要有你的地方》及MV；11月13、16日，在北京、南京举行超前试映会；11月16日，发布“灵魂”版预告海报和试映口碑特辑；12月8日，发布角色海报、预告海报和“三味真火”导演特辑；12月16日，发布林俊杰特辑；12月23日，发布“真假难辨”版预告海报；12月30日，发布“天机泄露”版预告海报和“注魂维也纳”特辑。2016年1月2日开始，在广州、上海、武汉等11个城市展开路演；1月4日，发布终极预告片和“灵魂闪烁”版正式海报；1月8日，发布“真系列”特辑；1月10日，在北京举行首映发布会和观众见面会；1月14日，发布“灵魂七问”特辑。

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《消失爱人》大胆地将镜头聚焦“灵魂”，通过超现实与现实的交替叙述，娓娓道来一个“与灵魂继续相爱”的故事。虽然影片主打超现实的概念，但凯峰和秋捷的爱情却带来贴近现实的感动。电影不仅延续了传统爱情片的催泪元素，还加入了悬疑元素，让剧情不仅动人也更添神秘感。影片特有的情绪表达让观众在为真爱落泪的同时，不禁感叹背后的真相更令人无奈心痛。片中凄美的爱恋令人扼腕，但是虽然爱人终会消失，两人的爱情却不曾消失，面对这浮躁时代的缺爱现状，该片堪称暖冬的“缺爱必备大片”（新华网评）。

《消失爱人》无论叙述方式，还是情感表达，相较导演之前的作品有了很大突破。该片悬念重重、凄美感人，比以往的爱情片更加悬疑催泪。在灵魂意外归来的基础上，更有反转式结尾带来强烈震撼，上演一场烧脑悬疑的生死爱情。片中黎明精准演绎各种情绪，用扎实的演技将痛失爱人的角色演绎得入木三分，王珞丹首次挑战贤妻良母，知性纯美的形象颠覆了以往的演出。林俊杰和张榕容这对“小夫妻”则成为了电影的甜蜜担当，张榕容霸气十足，而林俊杰则一副呆萌搞笑的姿态，与平日的舞台形象形成强烈反差（人民网评）。

《消失爱人》是一部融爱情、友情、亲情为一体的影片，除了刻画黎明和灵魂归来的王珞丹再续前缘外，也毫不吝啬对亲情和友情的表达，对“爱人”有了更为宽泛的的定义（新浪网评）。该片无论角色造型还是布景道具都很唯美，不足的是前半段剧情稍显拖沓，进入后半段，剧情出现反转，感情渲染有力，夫妻间的爱、父子间的爱都让人动容（重庆晚报评）。