故事发生在《奥特曼传奇》之后，打败海帕杰顿、体内还蕴含着高斯和戴拿力量的赛罗来到怪兽墓场。侵略者百特星人召集地狱四兽士：EX雷德王、贝蒙斯坦、伽汝布斯、眼Q跟赛罗进行战斗。利用新力量的赛罗轻易打败地狱四兽士，但是吸收了四地狱兽士力量的百特星人利用皮古蒙的死威胁赛罗，最后赛罗利用新的力量分身变成强力日冕赛罗和月神奇迹赛罗打败百特星人并成功救出皮古蒙，并与究极赛罗警备队一起离开怪兽墓场。

继百特星人后，恶劣宇宙人美菲拉斯星人、冷冻星人格罗扎姆、策谋宇宙人帝斯雷姆、恶霸宇宙人帝国星人、地狱星人希波利特星人组合成暗黑五人组。假扮成奥特之母的希波利特星人被赛罗识破计划失败被强力日冕赛罗打败，接着帝国星人、泰兰特、格罗扎姆、帝斯雷姆一起进攻赛罗。但被赶来的詹伯特、詹奈、红莲火焰、镜子骑士相救。赛罗在怪兽墓场打败绑架皮古蒙的美菲拉斯星人后，和自己在另一个宇宙打倒的贝利亚奥特曼的灵魂寄宿在奥特曼的宿敌黑暗宇宙大皇帝安培拉星人制造的暗黑铠甲诞生的黑暗大皇帝凯撒黑暗战斗，打倒他后贝利亚的灵魂离开了黑暗铠甲并且侵入夺取了赛罗的肉体，使黑暗赛罗诞生。黑暗赛罗以压倒性的实力轻松全灭究极赛罗警备队，随后带领部下企图统治全部宇宙。但是原本已经被吞没了的赛罗的意识被同伴们唤醒并变身成光辉赛罗，在赛罗体内贝利亚的灵魂被光辉赛罗驱逐出，黑暗赛罗也因此消失了。随后光辉赛罗倒流时间复活究极赛罗警备队，但是因为时间倒流的缘故，使贝利亚也得以复活。其目的就是为了给赛罗奥特曼一个新型创造的空间。