因为在学校模拟考试中所有的科目成绩都是前十，且在全国范围内的升学志愿者中长期排在前十名的位置，学校准许她免听所有课程。由于经常去图书室，管理图书室的老师送给琴美专用的钥匙，还让她做了名誉图书管理员，同时也负责图书室的卫生打扫。

与他人对话时总是能无厘头地跑题，会用自己的知识对各种物品进行专业解释，有时会跟人玩起接词游戏，语音带有关西腔。在朋也的帮助下学会了吐槽技能，朋也称两人为“相声搭档”。故事起初比较怕生，并害怕被欺负，喜欢躲在朋也身后，当别人有奇怪的话语或者她不能理解的行为时，会问“欺负人？”，在一些场合意外地合拍。

十分珍爱书籍，看书不需要查看分类标签，仅凭封面就知道它们应该摆在哪个书架。在做便当方面很拿手，会为此专门购买与烹饪有关书籍，喜欢将自己所做的任何食物以“一人一半”的形式分享给朋也。

对小提琴情有独钟，可演奏时拉出来的声音却堪称“魔音”，然而自己不仅浑然不觉，还十分陶醉于其中。在读书和拉小提琴时可以完全无视外界环境的变化和干扰，唯一破解方法是让朋也叫她“小琴美”。

小时候经常在庭院中和父母聊天，喜欢阳光、泥土和青草等大自然的气息，最喜欢光着脚丫踩在草坪上的感觉。偏爱小熊之类的毛绒玩偶，儿时一直希望能够从父母那里收到类似的礼物。

（注：以下为原作游戏中学园篇琴美线内容。在动画中，琴美与朋也在光坂高校重逢后为普通朋友关系。）

琴美的父母一之濑鸿太郎和一之濑水惠是杰出的理论物理学者，而琴美也继承了两人的智慧，从小便拥有出众的头脑。一之濑家庭曾频频在媒体露面，琴美因此受到世人注目。为了减轻琴美的心理负担，父母将她安排在了较为安静的生活环境中，很少与外界交流。

儿时的朋也偶然间来到了琴美家的庭院，主动与练习着小提琴的琴美搭话，两人很快成为了好朋友。此后，朋也经常到庭院里与琴美一起读书、玩耍，久而久之，琴美对朋也拥有了喜爱的情感。

生日来临，琴美第一次向父母提出要礼物，而一之濑夫妇有急事需要去往国外，不能再陪同琴美过生日，伤心的琴美认为父母欺骗了她，哭诉着“讨厌”他们，想要以这种方式留住父母，两人只能无奈地安慰琴美后承诺一定将她想要的毛绒小熊寄达。

一之濑夫妇在旅途中不幸遭遇了坠机事故，临终前扔下了行李箱内的其它物品，只将琴美想要的玩具熊塞入，并留下一封亲笔信。一位男士在事故发生后告知琴美这一噩耗，并请求到家中寻找重要论文的底稿，一时无法面对现实的琴美拒绝了他的请求，并切断了与外界所有的联系。而原本承诺将自己的朋友带来参与生日聚会的朋也，因为被朋友拒绝而没有如约到达琴美家中，只剩下琴美悲痛地向神乞求着父母的回归。

琴美将那些寻找她的大人们视为“坏蛋”，并认为他们所说的“重要的东西”是害死父母的罪魁祸首，在父亲的书房里，琴美冲动之下烧毁了书桌上的信封。半夜，朋也赶到琴美家中，面对的是在火海中因烧毁信封而哭泣的琴美，朋也便立刻扑灭了烈火。但在事故结束后，当朋也再次拜访庭院时，却再也没能见到琴美，也随着成长渐渐模糊了一切记忆。

琴美认为自己烧掉了父母重要的研究资料，为了“赎罪”，决心继承父母的研究事业，开始拼命地学习，渐渐明白了父母所研究内容的重要意义。为了能看懂父亲所著的书和论文，接触了更多专业知识，沉浸在了书籍的海洋中。

从此以后，琴美经常前往书店，阅读大量物理专业的书籍，收集着与父母相关的点点滴滴，但因为无法将所有书籍购买，于是有了用剪刀剪下书页收集的习惯。在家中，没有任何亲人在事故之后选择陪伴琴美，琴美只能一个人生活下去。因为不想离开从小生活的庭院，在进入高中时，选择了离家最近的光坂高校就读。

由于成绩异常优秀，琴美不需要在教室上课，同时也成为了享受免费去美国留学的候选人。整天待在图书室中学习，不参与任何社团活动，因此没有朋友，一直生活在自己的世界，但也渴望着有他人的陪伴。

高中三年级时，朋也在一次偶然中来到了琴美所在的图书室。琴美很快认出了眼前的男生是自己童年的玩伴，但没想到朋也已经不再记得自己。尽管如此，琴美依旧和朋也重新建立了友谊，开始为每天来图书室的朋也准备各式各样的便当，在和朋也的交流中逐渐敞开了自己封闭的内心。朋也经常从琴美身上找到熟悉的感觉，但始终无法唤起具体的记忆，而琴美不喜欢被问及关于家庭的事情，总是对此保持沉默。

面对琴美的孤僻，朋也推荐她加入渚所在的演剧部，并打算帮琴美结交朋友，由此也结识了藤林姐妹和春原阳平。之后，朋也让众人在演剧部的活动室里汇聚，琴美也很快在大家热情的接纳下融入到了集体当中。

在某个社团活动日里，琴美被合唱部的小提琴声吸引，被允许使用小提琴后却用电锯般的声音让众人受到惊吓，但琴美自己却陶醉其中。琴美借用了合唱部小提琴，努力学习演奏，却一直毫无长进，但依旧希望自己的琴声被更多的人聆听，杏便打算为琴美开一个个人音乐会。在众人的帮助下，琴美成功登台表演，尽管不少“爆音”依旧吓坏了观众，但技术上已经有了很大的进步。

假期到来，琴美与朋也一起出门游玩，朋也在归途中碰到了曾经屡次向琴美搭讪，又被琴美称为“坏人”的中年男士，也就是在琴美童年时告知她父母事故的人，他表示自己是一之濑夫妇的同事，模糊地为朋也介绍了琴美的家庭背景，但未告诉朋也事故的具体经过。

某日，椋因交通堵塞而迟到，告诉大家大街上发生了交通事故，对这类话题极度敏感的琴美突然大哭而蜷缩在地。被送往保健室苏醒后，琴美选择自己一个人回家，拒绝了与众人见面。朋也从琴美的班主任那里得到了她的住址，也被告知了琴美即将要去美国留学。

无法理解琴美决定的朋也一路寻找到琴美的家，面对的是荒废已久的庭院。推开没有被锁住的门，看到琴美一动不动地坐在地板上，被剪下的书页散落在四周，旧报纸的大标题写着一之濑夫妇的坠机事故，朋也终于意识到自己曾经和琴美见过面，琴美这时才将童年的遭遇和与朋也的邂逅婉婉道来。无法传达心情的朋也只能告诉琴美希望她能够重返校园，她却因不想再碰到触动记忆的事情而拒绝。

面对迟迟不肯回到学校的琴美，朋也决定再次前往琴美家做自己力所能及的事，他花了数日整理庭院，清除了所有杂草。期间，渚和藤林姐妹在仁科理惠的帮助下寻找到了小提琴的主人，对方愿意把它转让给琴美，但又发生了意外被损坏，而修理日期过长，只得以小提琴的礼物券作为琴美的生日礼物。

庭院恢复原样后，朋也在庭院的白桌上进入了梦境，回想起了儿时和琴美邂逅的一切。醒来后，久不出门的琴美终于出现在了朋也面前，她深情地向朋也传达了这些年来对他的记忆和思念。如今的她依旧沉浸在对父母的自责中，并认为自己失去了太多美好的事物，而不论如何都不想再失去朋也的陪伴。朋也向琴美承诺着，要把她带去光明的世界，夕阳下，两人相互表达了永远守护着对方的心意。

生日到来，朋也将琴美带回校园，众人亲切的祝福让琴美终于从黑暗的世界走出。在老师的安排下，琴美与之前想要联系她的男士见面，收到一个锈迹斑斑的旅行箱。缓缓打开箱子后，琴美发现里面装着的是她喜爱的熊布偶，并夹着“If you find this suitcase,please take it to our daughter（如果你找到这只箱子的话，请设法转交给我们的女儿）”的纸条。当初，这只箱子在飞机坠落后开始了海上的漂流，被冲上了遥远国家的海岸，有人发现并打开了它，又把箱子托付给他人，就这样，它在各国传递起来，最终来到了琴美手中。

实际上，琴美当初烧掉的并不是论文的底稿，而是毛绒玩具的目录表。而箱子里的信封，是一之濑夫妇亲笔写下的对她生日及成长的祝福，也是留给琴美的最后的话语，这封信件便是他们花费一生才完成的、最优秀的“论文”。琴美泪流满面地抱着小熊，向远在天堂的父母诉说着自己的心声，从曾经一个孤独的女孩，到拥有朋也的陪伴与众多的朋友，如今的琴美感到十分幸福。

三个月后，夏日的阳光下，琴美身着白色的连衣裙在庭院中迎接众人的到来，收获了终于修理成功的小提琴，并热情地邀请朋友们来到自己的庭院做客。

在经历各种曲折和考验后的琴美和朋也，最终以恋人的形式走到一起，加上朋友们的陪伴，从此过上了幸福安宁的生活。