1941年8月，改称“满洲七三一部队”。抓捕和监禁的对象，主要是中国红军、八路军、抗日联军、反伪满主张抗日的中国记者、学者、工人、学生及无辜百姓，也有苏联红军情报官以及蒙古人、朝鲜人，甚至连孕妇及新生儿等都成为该部队各种惨无人道之实验的牺牲品(日语称为“马鲁他”。即木头之意)。为使这些试验品适合需要，被捕者进监后停止刑讯与劳役，每日供给较好的营养品、甚至维他命药剂，并有充足的睡眠，以恢复其体质。除在他们身上通过培植鼠疫、霍乱、伤寒等细菌进行细菌战试验外，还利用他们进行冻伤试验、毒气试验、倒吊、高速旋转等试验。尤以活体解剖、摘取活人内脏器官和大脑最为残酷，令人发脂。凡被关进这座监狱的“犯人”，无一生还者。据远东军事法庭的审判记录，从1939年至1945年期间，在该狱惨遭杀害的达3000多人。