1962年10月，万书波出生。

1978年9月—1982年7月，就读于莱阳农学院农学系，毕业后获得学士学位。

1982年7月—2004年7月，历任山东省花生研究所栽培生理研究室副主任、科研办公室主任、所长助理、副研究员、副所长、副研究员、所长、研究员、所党委书记。

2004年7月—2013年6月，任山东省农业科学院副院长。

2013年6月起，任山东省农业科学院院长、党委副书记。

2021年，当选为国际欧亚科学院院士。

政协山东省第十三届委员会委员

万书波进行了花生连作障碍机理及解除措施研究，发现根系分泌物积累、土壤和根际微生物种群失衡等是连作障碍的主要成因，创建了以“冬闲种植越冬作物、施用生物制剂（肥）”等为内容的连作花生高产栽培技术；系统研究了花生单粒精播理论与技术，提出了单粒精播花生节本降耗栽培新途径，创建了以单粒精播为核心内容的高效栽培技术体系；探明了限制花生产量提高的生理生态因素，创建了以“精量施肥、适期早控”为核心的春花生覆膜高产栽培技术和以“选择适宜种植模式、麦油一体化施肥”为核心的两熟制花生高产栽培技术；阐明了中国不同产区花生品质特征、生态效应及品质空间分异规律，首次制定了中国花生品质区划，创建高油高蛋白栽培花生高产高效生产技术体系；明确了影响中国花生优质安全的因素、黄曲霉毒素污染与水分的关系以及种皮黄曲霉抗性机理，建立了标准化优质栽培技术体系；此外开展了盐碱地、丘陵旱地中低产田花生栽培理论与技术研究，建立了相应的栽培技术措施。