清乾隆十一年以前，万全堂为乐家独资经营。随着历史变迁，到清同治十二年，发展为九户（九股）合资经营的药店。在经营过程中，药店不断克服合股经营的弊病，一切按股东会签订的《合同》办事，堵塞漏洞，使万全堂走上了中兴之路。1921年和1931年，先后在山西临汾和新绛各开一个分店。

万全堂的另一特点就是从经理、帐房到伙计都是山西人。店主根据店员的劳动技术、工作年限议定酬劳，按月支使。这一制度调动了店员的积极性，大家齐心协力使万全堂的生意红红火火。几百年来他们的经营范围是丸散膏丹、汤剂饮片，其药材地道，质量优良。并将山西药龟龄集、牛黄清心等带进北京。在京城享有很高声誉。

解放后，万全堂恪守“遵古炮炙、选药精良”宗旨，延袭几百年来形成的独特经营方式。1956年公私合营后，万全堂以零售为主，保留了部分来方加工业务。由于地理位置优越，经营品种齐全，又是久负盛名的老字号，所以生意十分红火。