仍以千字文为函目，自杜字至缨字，得三十二函，一百八十卷。称《万历续道藏》， 是为《正统道藏》的续集。正、续《道藏》合计五百一十二函，五千四百八十五卷，十二万一千五百八十九页，皆刊于内府，而板藏于京师灵佑宫，入清代以后移于大光明殿。 《正统道藏》和《万历续道藏》自万历合印后，习惯上或简称《道藏》。明刘若愚 《明朝宫史》云：“道经一藏，五百十二函。”《明史·艺文志》道家类著录：“《道藏目录》四卷。

《万历续道藏》首收《太上中道妙法莲华经》，末收焦竑所撰《庄子翼》，共补收道书五十六种，不再分类。绝大部分为元明道书，其中以明代新出道书居多。但也有一些早出的经籍，如《上清元始变化宝真上经》一卷、《太微帝君二十四神回元经》一卷、 《北斗九皇隐讳经》一卷、《太上洞真回玄章》一卷、《上清金章十二篇》一卷等，当 归洞真部；《洞玄灵宝玉京山步虚经》一卷（此书异名《升玄步虚章》《无上秘要》引作《洞玄玉京山经》），《太上洞玄济众经》一卷，当入洞玄部；《太上老君开天经》 一卷、《太上老君虚无自然本起经》一卷，当入太玄部。还收入《易林》十卷（旧题焦赣撰）、《谭子化书》六卷（紫极宫碑本）。晚出之作也很有参考价值。例如《高上玉 皇本行经注》，为明五峰山全真道周玄真注，附有不少序（其中多扶乩之笔），倡言三教同尊道，反映了当时的三教关系。《皇明恩命世录》和《汉天师世家》是研究正一道历史的重要资料；《紫皇炼度玄科》系神宵派道书； 《先天斗母奏告玄科》为清微派作品。余如《元始天尊说东岳化身济生度死拔罪解冤保命玄范诰咒妙经》《太上元阳上帝元始天尊说火车王灵官真经》《元始天尊说药王救八十一难真经》《碧霞元君护国庇民普济保生妙经》《太上大圣朗灵上将护国妙经》 《太上老君说城隍感应消灾集福妙经》《太上洞玄灵宝五显观华光本行妙经》《逍遥墟经》《徐仙翰藻》《赞灵集》《徐仙真录》《搜神记》《许真君玉匣记》依托许逊 《玄帝感应灵签》（前附“玄天上帝百字圣号”）《吕祖志》等，颇能反映元明时代民间道教信仰之盛况。其中《搜神记》虽编于元代，但引有《宋国朝会要》《宋真宗实录》 和宋真宗亲制《灵遇记》等，对诸神仙封号大多标明时间，颇有资料价值。