2012年，领衔的团队入选国家科技部创新团队。

2012年7月至2017年7月，任九三学社北京市第十三届委员会委员；2012年12月至2017年12月，任九三学社第十三届中央委员会委员。

2013年1月至2018年1月，任北京市第十二届政协常委；2013年2月至2018年1月，任第十二届全国政协委员。

2014年7月14日，中国农业科学院2014年第五期“农科讲坛（中国农业科技报告会）”举行，中国农科院作物科学研究所所长万建民教授应邀作了题为“水稻籼粳交杂优势利用的分子育种研究成果”的报告。

2015年8月，任中国农业科学院副院长。

2017年11月8日，中国农业科学院副院长万建民会见了来访的陶氏杜邦公司农业事业部全球研发负责人尼尔·盖特森（Neal Gutterson）一行。

2017年11月9日，中国农业科学院副院长万建民会见了由美国田纳西大学农业分校校长蒂姆·克罗斯（Tim Cross）率领的代表团，双方就继续深化在设施农业领域的科技合作事宜进行了沟通，并就加强在农业科技及教育领域的合作交换了意见。

2017年11月10-19日，中国农业科学院副院长万建民应邀率团出访奥地利、荷兰和西班牙，对国际原子能机构（IAEA）、荷兰瓦赫宁根大学、西班牙国家农业与食品技术研究院和巴塞罗那大学进行了访问。

2017年12月7日，任九三学社第十四届中央委员会委员。

2018年3月14日，任第十三届全国政协常委。

2021年6月7日，中国农业科学院副院长万建民应邀赴吉林长春与省长韩俊、省政协主席江泽林、副省长韩福春及其他同志围绕吉林省种业发展进行座谈并作报告。

2023年3月，第十四届全国政协农业和农村委员会委员。6月，当选九三学社第十五届中央委员会农林专门委员会主任。

现任浙江大学农业生命环境学部主任

第十四届全国政协委员、常委。

万建民长期从事水稻优异基因挖掘和分子育种研究，在中国国内较早提出和初步实践了作物分子设计育种。在水稻籼粳交杂种优势利用基础研究、品质优异基因挖掘、抗病虫新基因挖掘和优质高产多抗粳稻新品种选育等方面取得重要进展。

1993年至2015年12月，万建民带领团队相继发现了9个籼粳交雌配子和8个雄配子不育位点，分别占中国国内外已报道的62.5%和43.75%，并在相应位点发现广亲和基因；聚合不同位点的广亲和基因，创制广亲和不育系和恢复系，组配的籼粳交新组合结实率稳定在85%以上，有效解决了籼粳交配子体败育难题。

万建民还指导团队利用分子标记和辅助选择的方法，通过两种技术路线，聚合S5-n、S7-n、S17-n等不同位点的广亲和基因和光钝感基因Dth8，创制广适强优恢复系W107，由其组配的协优107于2006年在云南永胜县创1287公斤的世界水稻亩产最高纪录。

万建民带领团队摸索出了条纹叶枯病抗性鉴定方法，建立了规模化抗病鉴定技术体系，对10977份种质资源进行了抗性鉴定，筛选出高抗种质212份；并从高抗种质中挖掘抗条纹叶枯病基因QTL 24个，占中国国内外已报道的71%；精细定位主效抗病基因Stv-bi；创建抗条纹叶枯病高产优质水稻分子标记聚合育种技术体系，创制抗条纹叶枯病优质新种质16份。选育出适应不同生态区的早中晚熟系列抗条纹叶枯病高产优质新品种10个，并得到大面积的推广应用；该成果在短时间内，解决了南方粳稻区受条纹叶枯病流行危害的难题，促进了水稻生产的发展。

此外，万建民带领团队通过筛选高抗材料，定位了12个抗褐飞虱基因/QTL；精细定位了广谱高抗基因Bph27，克隆的广谱高抗基因Bph3为编码三个植物凝集素类受体激酶的基因簇，对褐飞虱的抗性具有累加作用，该研究成果2015年发表在Nature Biotech.，同期评论文章给予了高度评价；此外，他们还将Bph3和Bph27导入籼稻品种9311和粳稻品种宁粳3号，创制出优质抗虫新品系，并转让应用于水稻育种。

据2020年6月中国农业科学院官网显示，万建民先后获国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖1项。

据2020年6月南京农业大学农学院官网显示，万建民先后主持国家863、国家自然科学基金等多项重大课题。

据2020年6月南京农业大学农学院官网显示，万建民克隆水稻重要新基因36个，培育新品种13个，获新品种权22项、发明专利36项。

截至2015年12月，万建民主持中国作物学会年会等中国国内会议23次，牵头组织作物分子育种等国际会议11次，应邀做大会学术报告32次。

据2020年6月南京农业大学农学院官网显示，万建民在Science、Nature、Nature Biotechnology、Nature Comminucation、Developmental Cell、PNAS、Plant Cell等SCI刊物发表论文200余篇，出版专著3部。

1.Xiaowen Yu*, Zhigang Zhao*, Xiaoming Zheng, Jiawu Zhou, Weiyi Kong, Peiran Wang, Wenting Bai, Hai Zheng, Huan Zhang, Jing Li, Jiafan Liu, Qiming Wang, Long Zhang, Kai Liu, Yang Yu, Xiuping Guo, Jiulin Wang, Qibing Lin, Fuqing Wu, Yulong Ren, Shanshan Zhu, Xin Zhang, Zhijun Cheng, Cailin Lei, Shijia Liu, Xi Liu, Yunlu Tian, Ling Jiang, Song Ge, Chuanyin Wu†, Dayun Tao†, Haiyang Wang†, Jianmin Wan. A selfish genetic element confers non-Mendelian inheritance in rice. Science, 2018: 360(6393): 1130-1132

2.Zhou F, Lin QB, Zhu LH, Ren YL, Zhou KN, Shabek N, Wu FQ, Mao HB, Dong W, Gan L, Ma WW, Gao H, Chen J, Yang C, Wang D, Tan JJ, Zhang X, Guo XP, Wang JL, Jiang L, Liu X, Chen WQ, Chu JF, Yan CY, Ueno K, Ito S, Asami T, Cheng ZJ, Wang J, Lei CL, Zhai HQ, Wu CY, Wang HY, Zheng N, Wan JM. D14-SCFD3-dependent degradation of D53 regulates strigolactone signalling. Nature 2013, 504(7480): 406-410

3.Yuqiang Liu*, Han Wu*, Hong Chen, Yanling Liu, Jun He, Haiyan Kang, Zhiguang Sun, Gen Pan, Qi Wang, Jinlong Hu, Feng Zhou, Kunneng Zhou, Xiaoming Zheng, Yulong Ren, Liangming Chen, Yihua Wang, Zhigang Zhao, Qibing Lin, Fuqing Wu, Xin Zhang, Xiuping Guo, Xianian Cheng, Ling Jiang, Chuanyin Wu, Haiyang Wang, Jianmin Wan. A gene cluster encoding lectin receptor kinases confers broad-spectrum and durable insect resistance in rice. Nature Biotechnology. 2015, 33: 301-307

4.Qibing Lin, Fuqing Wu, Peike Sheng, Zhe Zhang, Xin Zhang, Xiuping Guo, Jiulin Wang, Zhijun Cheng, Jie Wang, Haiyang Wang, Jianmin Wan. The SnRK2-APC/CTE regulatory module mediates the antagonistic action of gibberellic acid and abscisic pathways. NATURE COMMUNICATIONS | 2015, 6:7981 | DOI: 10.1038/ncomms8981

5.Qi Wang, Yuqiang Liu, Jun He, Xiaoming Zheng, Jinlong Hu, Yanling Liu, Huimin Dai, Yingxin Zhang,Baoxiang Wang, Weixun Wu, He Gao, Yunhui Zhang, Xiaorong Tao, Huafeng Deng, Dingyang Yuan, Ling Jiang, Xin Zhang, Xiuping Guo, Xianian Cheng, Chuanyin Wu, Haiyang Wang, Longping Yuan, Jianmin Wan. STV11 encodes a sulphotransferase and confers durable resistance to rice stripe virus. NATURE COMMUNICATIONS, 2014, 5:4768, DOI: 10.1038/ ncomms5768

6.Lin Q, Wang D, Dong H, Gu S, Cheng Z, Gong J, Qin R, Jiang L, Li G, Wang JL, Wu F, Guo X, Zhang X, Lei C, Wang H, Wan J. Rice APC/C-TE controls tillering by mediating the degradation of MONOCULM 1. NATURE COMMUNICATIONS 2012, 3, 20 DOI: 10.1038/ncomms1716

7.Zhigang Zhao, Yunhui Zhang, Xi Liu, Xin Zhang, Shichang Liu, Xiaowen Yu, Yulong Ren, Xiaomin Zheng, Kunneng Zhou, Ling Jiang, Xiuping Guo, Ying Gai, Chuanyin Wu, Huqu Zhai, Haiyang Wang, Jianmin Wan. A role for a dioxygenase in auxin metabolism and reproductive development in rice. Developmental Cell 2013, 27(1):113-122

8.He Gao, Mingna Jin, Xiao-Ming Zheng, Jun Chen, Dingyang Yuan, Yeyun Xin, Maoqing Wang, Dongyi Huang, Zhe Zhang, Kunneng Zhou, Peike Sheng, Jin Ma, Weiwei Ma, Huafeng Deng, Ling Jiang,Shijia Liu, Haiyang Wang, Chuanyin Wu, Longping Yuan, Jianmin Wan.. Days to heading 7, a major quantitative locus determining photoperiod sensitivity and regional adaptation in rice. PNAS,2014, 111(46):16337-16342

9.Weixun Wu, Xiao-Ming Zheng, Guangwen Lu, Zhengzheng Zhong. He Gao, Liping Chen, Chuanyin Wu, Hong-Jun Wang, Qi Wang, Kunneng Zhou, Jiu-Lin Wang, Fuqing Wu, Xin Zhang, Xiuping Guo, Zhijun Cheng, Cailin Lei, Qibing Lin, Ling Jiang, Haiyang Wang, Song Ge, Jian-Min Wan. The association of functional nucleotide polymorphisms at DTH2 with the northward expansion of rice cultivation in Asia. PNAS, 2013, 110 (8): 2775-2780

10.YueqinHeng, ChuanyinWu, Yu Long, Sheng Luo, Jin Ma, Jun Chen, Jiafan Liu, HuanZhang, Yulong Ren, Min Wang, Junjie Tan, Shanshan Zhu, Jiulin Wang, Cailin Lei, Xin Zhang, Xiuping Guo, Haiyang Wang, Zhijun Cheng, and Jianmin Wan. OsALMT7 maintains panicle size and grain yield in rice by mediating malate transport. The Plant Cell, 2018. 30: 889–906

11.Yihua Wang, Feng Liu, Yulong Ren, Yunlong Wang, Xi Liu, Wuhua Long, Di Wang, Jianping Zhu, Xiaopin Zhu, Ruonan Jing, Mingming Wu, Yuanyuan Hao, Ling Jiang, Chunming Wang, Haiyang Wang, Yiqun Bao, Jianmin Wana, GOLGI TRANSPORT 1B regulates protein export from the endoplasmic reticulum in rice endosperm cells. The Plant Cell, 2016, 28: 2850–2865.

12.Shengyang Wu, Yurong Xie, Junjie Zhang Yulong Ren, Xin Zhang, Jiulin Wang, Xiuping Guo, Fuqing Wu, Peike Sheng, Juan Wang, ChuanyinWu, Haiyang Wang, Shanjin Huang, Jianmin Wan. VLN2 regulates plant architecture by affecting microfilament dynamics and polar auxin transport in rice. The Plant Cell, 2015, 27: 2829–2845

13.Yulong Ren, Yihua Wang, Feng Liu, Kunneng Zhou, Yu Ding, Feng Zhou, Ying Wang, Kai Liu, Lu Gan, Weiwei Ma, Xiaohua Han, Xin Zhang, Xiuping Guo, Fuqing Wu, Zhijun Cheng, Jiulin Wang, Cailin Lei, Qibing Lin, Ling Jiang, Chuanyin Wu, Yiqun Bao, Haiyang Wang, Jianmin Wan. GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION3 encodes a regulator of post-Golgi vesicular traffic essential for vacuolar protein sorting in rice endosperm. The Plant Cell ,2014, 26(1): 410-425

14.Liguo Zhang, Zhijun Cheng, Ruizhen Qin, Yang Qiu, Jiulin Wang, Dan Wang, Xin Zhang, Xiuping Guo, Ling Jiang, Chuanyin Wu, Haiyang Wang, Xiaofeng Cao, Jianmin Wan. Identification and Characterization of an Epi-allele of OsFIE1 Reveals a Regulatory Linkage between two Epigenetic Marks in Rice. The Plant Cell, 2012, 24: 4407-4421

15.Shirong Zhou,Yang Wang, Wanchang Li, Zhigang Zhao, Yong Wang, Suhai Gu , Qibing Lin , Dan Wang, Ling Jiang, Ning Su, Xin Zhang, Linglong Liu, Zhijun Cheng, Cailin Lei ,Jiulin Wang, Xiuping Guo, Fuqing Wu, Haiyang Wang, Hiroshi Ikehashi, Jianmin Wan. Pollen Semi-Sterility1 Encodes a Kinesin-1 like protein required for male meiosis, anther dehiscence and fertility in rice. The Plant Cell, 2011, 23: 111-129

16.Wu CY, Trieu A, Radhakrishnan P, Kwok SF, Harris S, Zhang K, Wang JL, Wan JM, Zhai HQ, Takatsuto S, Matsumoto S, Fujioka S, Feldmann KA, Pennella RI. Brassinosteroids regulate grain filling in rice. The Plant Cell, 2008, 20: 2130–2145

17.Yang Xu, Jie Yang, Yihua Wang, Jiachang Wang, Yang Yu, Yu Long, Yunlong Wang, Huan Zhang, Yulong Ren, Jun Chen, Ying Wang, Xin Zhang, Xiuping Guo, Fuqing Wu, Shanshan Zhu, Qibing Lin, Ling Jiang, Chuanyin Wu, Haiyang Wang, Jianmin Wan. OsCNGC13 promotes seed-setting rate by facilitating pollen tube growth in stylar tissues. PLoS Genet, 2017, 13(7): e1006906.

18.He Gao, Xiao-Ming Zheng, Guilin Fei, Jun Chen, Mingna Jin, Yulong Ren, Weixun Wu, Kunneng Zhou, Peike Sheng, Feng Zhou, Ling Jiang, Jie Wang, Xin Zhang, Xiuping Guo, Jiu-Lin Wang, Zhijun Cheng, Chuanyin Wu, Haiyang Wang, Jian-Min Wan. Ehd4 Encodes a Novel and Oryza-Genus-Specific Regulator of Photoperiodic Flowering in Rice. PLoS Genetics, 2013,9(2): e1003281

19.Jiafan Liu†, Jun Chen†, Xiaoming Zheng, Fuqing Wu, Qibing Lin, Yueqin Heng, Peng Tian, ZhiJun Cheng, Xiaowen Yu, Kunneng Zhou, Xin Zhang, Xiuping Guo, Jiulin Wang, Haiyang Wang* and Jianmin Wan*. GW5 acts in the brassinosteroid signaling pathway to regulate grain width and weight in rice. NATURE PLANTS, 2017, 3, 17043 | DOI: 10.1038/nplants.2017.43

20.Wuhua Long, Yunlong Wang, Susong Zhu, Wen Jing, Yihua Wang, Yulong Ren, Yunlu Tian, Shijia Liu, Xi Liu, Liangming Chen, Di Wang, Mingsheng Zhong, Yuanyan Zhang, Tingting Hu, Jianping Zhu, Yuanyuan Hao, Xiaopin Zhu, Wenwei Zhang, Chunming Wang, Wenhua Zhang, Jianmin Wan. FLOURY SHRUNKEN ENDOSPERM1 connects phospholipid metabolism and amyloplast development in rice. Plant Physiology, 2018, 177: 698-712.

作为南京农业大学首位“长江学者奖励计划”特聘教授，万建民一直都有一个认识，那就是：一个人的力量，相对于整个国家的水稻分子遗传育种事业而言是十分微小的，而造就一批批、一代代的优秀人才，才是事业永续发展的根本。

万建民在科研中推崇操行、学问和素质，也以此要求学生。他说，操行就是要有献身和协作精神，在工作中一定要“全力以赴、实事求是”。他还非常注重培养学生的科研创新意识、勤于思考和单独开展科学研究的能力。他提出“说、写、组织能力、循序渐进”四要素，要求博士生参与课题申请书的撰写，从课题酝酿、撰写、打印和呈交，整个过程都要清楚熟悉；组织能力和循序渐进就是要求研究生参与导师的各项课题，从小事做起，增强自身的组织能力和交往能力，为独立开展科研工作打下基础。

1999年5月，回到南京农业大学的万建民，承担起作物育种学、高级遗传学、作物遗传改良原理与方法和作物学进展等本科生及硕士、博士生课程的教学工作。此后，万建民担任了中国农科院作科所所长，但仍然承担着作物遗传育种学的教学任务，经常在学术报告中，向学生讲授中国国内外作物遗传育种的基础知识和研究进展，讲解水稻重要性状形成的分子机制，水稻育种原理、方法以及实验室主要开展的研究工作。

截至2015年12月，万建民培养博士46名，3名获全国优秀博士学位论文提名奖；此外他指导研究生大规模地鉴定和筛选中国国内外种质资源以及自行创造的大量突变体材料，从60000多份材料中，筛选到淀粉突变体2000余份，各种类型的蛋白突变体60多份，开展水稻外观、食味、营养等品质优异基因挖掘和分子育种研究，分选17个品质相关基因，阐明了控制谷蛋白合成、分选、运输及积累的分子机理；构建了品质改良分子育种技术体系，培育优质粳稻新品种。

2018年，万建民所领衔的团队“水稻遗传育种创新团队”获评2018年江苏省首届十佳研究生导师团队。

截至2020年6月，万建民兼任中国作物学会常务副理事长、中国农业生物技术学会理事长、国家转基因生物新品种培育科技重大专项技术总师、国家发改委生物技术产业咨询委员会副秘书长、国家重点研发计划专家组组长等社会职务。中国作物学会理事长、中国农学会副会长，农业农村部科技创新战略咨询委员会委员，岳麓山实验室学术委员会主任。

2023年11月15日，中国农学会第十二届理事会拟任负责人人选公示，拟任万建民为中国农学会第十二届理事会副会长。

2016年3月26日，中国农业科学院副院长万建民表示，转基因生物种业已成为新的全球经济增长点，深刻影响着世界农业的发展格局。

2016年5月，中国工程院院士万建民说：“重大专项按照产品研发与产业化的完整链条，在转基因新品种培育、基因克隆与转基因操作技术、生物安全技术、中试及产业化、条件能力建设等五大领域进行任务部署。”

2016年5月9日，万建民表示：“我国与国外的差距，不是技术研究，也不是产品研发，而是缺乏从事生物技术产业的顶级企业参与，生物技术发展的市场前景没有激发起企业的兴趣。”

万建民指出：“目前，我国转基因重大专项中有25％的经费用于研究生物安全，这个比例在所有的重大研发计划中是最高的。”

2016年9月5日，万建民院士说，总体而言，在转基因技术体系方面（包括技术和育种），中国上处于世界第二的水平，落后于美国，但高于日本、德国和英国等国家。

2020年1月，中国工程院院士万建民表示，“今天的农作物已不再是‘天然’品种，而是经过千百年人工选育获得的品种。”万建民说，杂交育种和转基因两种技术都是利用基因重组原理实现了基因的转移与交流，从而满足高产、优质等需要。

2021年3月4日，万建民院士表示：“这些年我国粮食绝对够吃，但粮食安全的弦任何时候都不能放松。”

2021年3月5日，中国农业科学院副院长万建民表示：“新的农作物种质资源库今年就能建好，建成后保存能力达到150万份，位居世界第一。”万建民表示，“十四五”期间，我国将继续推进第三次全国农作物种质资源普查与收集行动。

万建民推动了作物科学和生物技术领域学术交流。主持农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程和作物分子育种国家工程实验室的运行，强化学科建设，积极引进和培养人才，优化资源配置，使之成为中国作物科学研究的重要基地，取得了一批重大成果。万建民参与“十五”至“十三五”国家农作物育种发展战略和项目规划，为中国生物育种研究和产业发展，以及保障中国粮食安全、农民增收和农业可持续发展，都作出了重要贡献。（九三学社北京市委员会评）

万建民大学时选择了作物遗传育种专业，是希望能给父老乡亲提供最好的粮食品种，助其获得丰收。后来的奋斗中，万建民一直沿着最初理想的轨迹前行。（《中国科学报》评）