石室亦称万福禅室，后人不断扩建，亦称惭愧寺。明天顺八年历住法师住持本寺时，始名万福寺。其徒至性法师于天启九年继任住持，大弘顿悟法门，名重一时。

民国元年（一九一二年），阴那山更名英雅山，意为“英豪振奋，雅气昌明。

近代著名祖师为福来法师。师性聪颖，博览群书，有“才子”之誉，十五岁出家，承曹洞法脉，法名宗接，法席特盛，远近信众皆尊之为“福来”，意谓师所到处，即福来也。

民国三十二年（一九三三年）创办岭东佛学院，又与邹鲁、余汉谋、罗卓英、吴奇伟、李汉魂、范汉杰等诸居士创办潮州大埔山金山小学、汕头大埔山金山中学。

抗日战争期间，尤其是潮汕沦陷时，组织僧伽救护志愿团，救护抗日伤病员。师一生建树甚多，建设开元寺，组织各邑佛教协会，办居士林及莲社，在万福寺扩建福馀精舍、普同塔院等。

一九五一年圆寂，四众弟子塑像纪念，与以前的祖师像并而为六∶一为初祖达摩，二为六祖惠能，三为本寺开山祖惭愧，四为明代历住法师，五为明代至性法师，六为福来法师。

“文化大革命”中，万福寺受到严重冲击，惟宋代木刻的惭愧祖师像保存下来，馀皆化为灰烬。

改革开放以来，一九八○年惟添法师住持万福寺，与惟灯法师等多方努力，依靠各级政府部门，联络海内外善男信女，恢复和扩建万福寺。一九八二年之后印度尼西亚侨胞廖茂昌居士、郭郎星居士，新加坡侨胞曾庆锡居士分别捐款扩建佛殿、重塑佛殿三世佛像；一九八七年，香港田家炳居士捐款兴建览翠、仁山、智水风景台。一九九一年，惟添法师发动海内外各界人士集资二十一万多元修建英雅镇府至万福寺公路；一九九二年，市政府拨款三十万元扩建万福路；惟添法师又筹款十万元修建客堂，筹款十三万元重修大殿天面工程；县政府批准将原属万福寺的二百四十多亩山林、土地划归万福寺，恢复农禅并重的祖风；惟添法师与省市交通部门筹款三十万兴锤英（雅）雁（洋）公路。

一九九三年，旅星侨胞萧开健居士捐款六万八千元改建福馀精舍；惟添法师募捐十万元修建万福寺罗汉堂、斋堂及配套设施。一九九四年，马来西亚侨胞杨鸿耀、陈戊茂居士捐款修建福禄堂；一九九五年泰国侨胞田锁荣居士捐款十五万八千元兴建山门；一九九六年，泰国大埔会馆会长张庆寺、副会长刘嘉其及二十多位乡贤捐款十馀万兴建风景亭、天王殿。

一九九七年，新加坡、马来西亚、台湾、泰国等法师、居士与吴易伦、邹进良等大德共捐一百七十万元兴建万福寺兜率内院、观音殿、鼓楼等；观音殿动工时，吴倡化、邹进良等善信捐款十六万元。一九九八万福寺举行兜率内院、观音殿落成剪彩和佛像开光法会，法会结束后，吴倡伦、林源、邹进良三位居士发愿一九九九年再捐一百万修建大雄宝殿，周通盛居士发愿捐款五十万元建观音阁；九月三日市委谢强华书记视察万福寺，不久市委、市政府、交通局和大埔县政府、交通局以及镇政府与万福寺自筹，合计一百五十万元，将镇政府与万福寺的六公里简易公路改造成水泥硬底化三级公路。一九九九年一月，潮州开元寺方丈弘澈法师发心铸造近二吨大青铜钟运抵万福寺。

本寺一九九八年四月十一日（农历三月十五日）举行的兜率内院、观音殿落成剪彩及佛像开光法会，是万福寺开山至今最庄重的一次法会。

万福寺，现任方丈惟添法师，四十九岁，广东五华县人，一九五八年出家，师从宏彬法师，兼任广东省佛教协会理事、梅州市佛教协会副会长、大埔县佛教协会会长、县政府委员、县人大代表。

万福寺，现任监院簿慧法师，三十五岁，广东梅州市梅县区人，一九九二年出家，师从惟添法师，毕业于云门佛学院，兼任大埔县佛教协会理事。

大埔县阴那山万福寺大景区建设项目，总投资16.8亿元，首期规划范围为7平方公里,打造全国一流宗教文化旅游胜地,以万福寺景区为龙头，全力打造周边31里小留村、中村、坑尾村等六个连片美丽乡村。

寺址∶广东省大埔县英雅镇。