1980—1990年,沃尔斯(Woese)等利用分子遗传学方法,并深入到基因组层次,提出了三原界六界系统,即

古细菌原界(Archaebacteria),包括产甲烷细菌,极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌;

真细菌原界(Eubacteria)，线粒体，叶绿体蓝细菌，G+细菌，螺旋体，绿色光合细菌;

真核生物原界(Eucaryotes),真菌界,植物界和动物界，原生生物界。