元长又为建立接替因核心人物逃脱而丧失政治机能的高国政权的堺公方（堺大树）作出了贡献。同年11月19日，元长又得到近江的六角定赖和越前的朝仓宗滴的支援，将高国军从桂川周边的泉乘寺击退。元长为六郎新的畿内支配体制的确立尽了大力。

退隐、复出

大永8年（1528年）7月，元长被任命为山城守护代。次年因与新同僚柳本贤治不和，回到自己的领地阿波。趁着元长的离去，着落于浦上村宗处的细川高国开始了反击。

被派遣向播磨迎击的柳本贤治于享禄3年（1530年）6月猝死，村宗高国联合军进军摄津。元长缺席的堺公方派，形势日趋严峻，终于在药师寺国盛一样的投降者的出现下，陷入了绝境。

享禄4年（1531年）2月，元长在主公六郎的恳求下复出。此后战争逐渐陷入胶着化状态。高国军警戒的放松和赤松政祐的背叛，引发了“大物崩”，高国逃回大物城但因密告被元长俘虏，切腹自尽；村宗也被命令自杀。

君臣的对立

堺公方派打成了消灭仇敌高国的目标，但围绕这之后的方针产生了不和谐声音。现任将军义晴没有实权，扶立义维为新将军似乎是理所应当的，但是支持将军义晴的观点却占了上风。

放弃好不容易建立起来的堺公方差不多算是六郎的决断，但元长和畠山义尧（六郎的义兄弟）一起坚决反对。他们的意见没有被采纳，却导致六郎和元长的君臣关系产生了巨大的裂痕。六郎的一些属下期盼得到有前途的地位，瞄准了主君的宠臣木泽长政，祈求元长的下台。加之元长一族的从叔三好政长（宗三）等人恨元长专权，积极活动诋毁元长。君臣之间的裂痕进一步加深了。

另外，元长自己也失策了。享禄5年（1532年）1月22日元长率领阿波军讨灭拥有京都三条城笼的柳本甚次郎（曾经对立的贤治的孩子），使六郎大为愤怒。元长见六郎怒不可遏，遂削发出家为僧，号海云。阿波守护细川持隆（六郎的表弟）修复六郎、元长君臣关系的努力也没有成功，主从关系进一步恶化。

不久，木泽长政的存在使元长的立场变坏了。长政的下克上行为警戒了畠山义尧（长政的主君），促使义尧和元长合谋。义尧因上意讨伐元长加以支援。同年长政的居城饭盛山城被包围了。

讨灭高国后仅2个月，长政试图拥护六郎，发出了撤兵请求。第一次包围军撤退了。但是，长政的野心使得畠山义尧深为不安。次年（1532年）5月，饭盛山城重新被包围，元长迟到，但也加入了包围军。这时候主君六郎尽管得到长政的拥护态度，也不在乎饭盛山城的包围态势了。所以，长政的命运似乎是要尽了。

元长的最后时刻

讨灭木泽长政只是时间的问题了，享禄5年6月15日（1532年7月17日）形势大变，包围军陷入了窘境。数万一向一揆军突然出现，从背后袭击包围军。包围军瞬间被打散。元长总算逃到了堺的显本寺（法华宗）。一向一揆军追击之手不松开的观念，使得6月17日畠山义尧自尽。

历来的一向宗和法华宗的宗教对立利用。对这个时候的一揆军来说，与驱散饭盛山城的包围军的事情相比，一向宗完成了复仇目的。即一向宗敌对法华宗庇护者元长灭亡了。畠山义尧可以说是牵连者。

6月20日显本寺被包围的时候一向一揆军更加膨胀（有说全体10万）。放走义维的努力。主公被大家遗弃，而且本来很稳的胜仗一转为大失败，遭到蔑视的元长走向自杀的尽头。年仅32岁。他自杀的样子，是自己的腹部拇指的养只不结束，从腹部取出的脏物被扔到了天花板上，其状壮绝。

元长遗憾地死去了。他的儿子长庆、义贤、安宅冬康、十河一存都是名将。在他的儿子们的时代，三好氏得到了大的飞跃。20多年后，长庆修建南宗寺为元长祈求冥福。