三明市真菌科研所以真菌开发、应用研究为主要任务，从事真菌的资料调查、分类、遗传、生理生化、育种驯化、新药研制、深度加工等的研究。

主要活动包括：野生真菌资源调查、开发和菌种分离驯化；优良菌株的选育及高产栽培技术的实验与推广；药用真菌的开发和新药的研制；真菌病虫害防治技术研究与应用推广；保健食品的开发研制和真菌产品学度加工；真菌技术情报资料的收藏、利用；《真菌试验》《应用菌物学》的编辑出版。该所主要科研成果和推广、转让及咨询服务项目有：武夷山、梅花山及全国主要区域的菌类资源调查；灰树花等野生真菌分离和银丝草菇、珍珠菇杯覃人工驯化栽培技术研究；金针菇、香菇、银耳、黑（毛）木耳、草菇等优良菌株选育及高产栽培技术；食用菌综合开发；人才培训；茯苓多糖的研制和维儿康、香菇松等保健食品的开发；天麻密环菌片、银蜜片、冠脉乐等真菌药物和150多种近千个品种的真菌优良菌种的供应；科技资料检索和翻译等。