随着中国制造业的逐渐发展，2000年后，由于中国政府对“三来一补”企业的政策始终没有发生变化，没能引导企业的利益结构发生变化，因此“三来一补”的企业结构显现出越来越多的问题，逐渐不适应中国加入WTO后的发展。例如：1.较多“三来一补”企业对中国政府“出口退税补贴”依赖较大而不注重外销利润的获取，如耐克鞋、阿迪达斯鞋的出口价格只有40~50美元，而外商卖到国外市场后销售价达到90～120美元，巨额利润悉数由外商获得；2.不少“三来一补”企业中的中方股东逐步将经营管理权放手交到外方股东手中，缺乏创建自主品牌和“本地化”“国产化”的动力；3.企业在雇用员工方面违背中国劳动政策低价雇用员工，较多企业甚至不能提供基本的劳动保护，使得大量内陆到珠江三角洲打工的年轻人身体得上“职业病”甚至遭受终身的损伤；4.对环境的破坏严重；5.“三来一补”企业将产品超低价销售给外商引发外国政府征收巨额惩罚性关税。