三栋屋村由陈氏人士所建，原本居住于福建省汀州府宁化县，后来有一支搬到去广东省新安县罗湖罗芳村。到了第十三代，当中的村民陈任盛搬到荃湾居住，曾于大窝口填海开地种田，并兴建一座草屋。其长子陈健常其后看中牛牯墩西部一地，发现风水极佳，便在该处立村，称为三栋屋村。于1981年列为法定古迹，1987年重修成三栋屋博物馆后，正式开放予市民参观。

三栋屋原是香港最古老的围村之一，至今已有200多年的历史。大约在18世纪中叶，清朝乾隆五十一年，由客家陈姓在广东的支系建立。1987年，三栋屋村遗址经当时的区域市政局修缮后，改为三栋屋博物馆对外开放参观。

三栋屋村于1786年建立，本来只有三列房舍，故名。陈氏后人后来先后在三栋屋村的两旁及后面加建房子，遂逐渐成为今貌。