家康下令将威廉押送大坂。然而他并没有杀威廉。不久，威廉就受到了家康的亲自接见。当威廉应家康的要求叙述他们跨越两大洋的航行经历时，家康非常惊讶，还反复问威廉是不是真的。显然家康没有想象过这种生活。当他了解到威廉通晓造船，也懂点数学后，对威廉变得友善起来，饶有兴趣地询问其许多关于外国的问题。几天后，家康主动问威廉想不想回博爱号上和同伴会合。这意味着释放，威廉当然愿意了。

5月12日，五大老之首的德川家康接见他们。亚当斯向家康解释航海的目的、说明荷兰和英国等新教国与葡萄牙、西班牙等旧教国间的纷争，化解了误会。徳川家康命令船员将Liefde号从丰后驶往江户，但由于严重毁损及腐朽，在半途便沉没了。

从牢房里出来，威廉发现博爱号早些时候已经停泊在堺港。回到船上，同伴们都已经得到恢复，大家都很高兴。但是博爱号已经没有钱也没有补给了，威廉于是向家康寻求帮助。家康答应会归还博爱号上被抢走的东西，并要他们先把船开到德川家的根据地江户。到达江户后，威廉他们本来还想得到经商批准，卖掉船上剩余的一点儿货物，然后攒钱回家的。可是从家康那边没有传来回音。

因为就在这个时候，家康正忙于更重要的事情。他正处在人生的转折点，也是日本历史的转折点。丰臣家内部的矛盾此时到了千钧一发的地步。丰臣秀吉生前的大红人、担任奉行的石田三成正试图联合其他几个大老与家康作对。而三成本人也是早已和一群丰臣家的谱代们积怨至深。1600年10月，烽烟升起在美浓关原。全日本的大名们围绕着三成和家康两人分成了两个阵营，双方都打着保护幼主秀赖的旗号，互相指责对方是反贼。最终家康领导东军击败三成组织的西军，三成兵败被斩。已经无人可敌的德川氏从此确立了全日本的统治权，后来于1603年开设幕府。日本进入了江户时代。而丰臣秀吉的继承人丰臣秀赖反而失去了权力，只剩下大坂城一带的小块领地。当然，威廉是没机会亲眼见证这一重大历史事件的。

博爱号的人仍在江户焦急地等待着。人们希望有一艘荷兰船或者英国船出现，但这个可能性微乎其微。当时在日本的欧洲人只有伊比利亚人。虽然德川家仍然定期给船上的人救济，但是没有任何来自家康的消息。一些绝望到极点的水手们甚至要强行出航，发动了叛乱。终于有一天，得不到妥善维修的博爱号彻底崩溃了。也不知家康是有意还是无意，这个时候他才回来关注船员们。他给每个人都发了一笔钱，要他们自谋生路。但对威廉这个和他打过几次交道的人，他给予了特别的关照。

1605年大部分原来的船员都在平户大名的协助下离开日本。

人在江户的亚当斯申请回国，但是直到1613年都没得到批准。家康对于亚当斯的西方知识很感兴趣，并要求他担任外交及贸易顾问。这个时期，亚当斯也教授家康的幕僚几何学、数学及航海等知识。1602年亚当斯与家康御用商人马込勘解由的女儿——阿雪（お雪）结婚，育有一子Joseph及一女Susanna。

1604年徳川家康要求亚当斯建造一艘西洋式帆船。亚当斯一开始犹豫不决，因为他只有在造船厂打过工，没有当过工程师，但最后还是接下这个任务。亚当斯在伊豆国伊东设置了日本第一个西式的造船船坞，在原De Liefde号二副耶扬子（Jan Joosten） 及其他船员的帮助下，建造了80吨的帆船。高兴的家康指示建造另一艘大型可进行远航的船舶，于是亚当斯在1607年完成了120吨的船舶San Buena Ventura号。后来这艘船在1609年西班牙盖伦帆船San Francisco号遇到台风漂流到房总半岛的御宿海岸的时候，出借给西班牙人让他们能返回新西班牙。

1608年亚当斯以徳川家康的名义向菲律宾总督Rodrigo de Vivero y Velasco接触，家康希望能与新西班牙建立直接贸易关系。双方交换了友好文书，建立了日本与新西班牙的正式外交关系。

对这些功绩感到满意的家康，封亚当斯为武士，赐于佩刀，给与相模国三浦郡逸见村（今横须贺市东北部）250石的领地，以及一间位于江户日本桥的宅邸，并赐名“三浦按针”，成为日本第一位白人武士。名字的“按针”代表职业引航的意思，姓氏的“三浦”则来自封邑的三浦半岛。

亚当斯得到徳川家康的信任，日语也逐渐进步，没有几年，亚当斯便取代了原先担任徳川家康外交顾问的耶稣会传教士João Rodrigues。亚当斯的得宠使得耶稣会与方济会的教士们感到恐慌。一开始他们尝试把亚当斯改变信仰成为天主教徒，但是没有成功。

徳川家康一方面希望从与外国人的贸易中得到利益，但另一方面也对基督教势力的扩张感到疑虑。徳川家康在亚当斯的影响以及大批基督徒发起的社会骚动下，在1614年将耶稣会驱逐出日本。

1611年亚当斯得到了不列颠东印度公司在印度尼西亚的万丹建立据点的消息，于是寄了一封信给英国人，希望得知他在英格兰的家庭与朋友的消息，并邀请他们来日本贸易。

1613年，英国船长John Saris率Clove号抵达平户，带来英国国王詹姆斯一世的亲笔信和礼物，并且希望建立不列颠东印度公司的贸易据点。亚当斯带着Saris在骏府城拜访了已退休的将军家康，再到江户谒见现任将军德川秀忠。秀忠给了Saris一套日式盔甲，要求转送给英国国王詹姆斯一世，这套盔甲被保存在伦敦塔。回程时，他们又再度拜访了家康，这次家康给予英国人贸易许可的朱印状。一行人在1613年10月9日抵达平户。趁这个场合，亚当斯曾经询问并得到德川家康的同意得以返回他的祖国。不过，最后他婉拒了Saris带他回英格兰的邀请。虽然想念在英格兰的妻小，但是在日本有封地、有地位，要是回国便一无所有了。

亚当斯接受了在新成立的平户商馆的工作，成为不列颠东印度公司的雇员。亚当斯其实反对将贸易站设于平户，平户是一个小地方，而且离大阪、江户等主要市场遥远。他向Saris建议在他领地附近的浦贺（今横须贺市东部），扼江户湾的出口，是比较好的选择，但是没有被接受，重视与中国贸易的英国人还是选择在平户开设商馆。200多年后的黑船来航美国海军从浦贺登陆，日后横须贺逐渐发展成为日本最大军港，证明亚当斯的确有他独到的眼光。

在英国商馆运作的十年间（1613—1623年），除了1613年来航的Clove号外，只有其他三艘船直接从伦敦抵达日本，而且带来的商品对日本市场没什么价值（宽幅绒、菜刀、镜子、印度棉花等）。能维持商馆运作的是日本与东南亚之间的朱印船贸易。亚当斯持有将军授予的朱印状，并在公司参与朱印船贸易的过程中扮演关键的角色。亚当斯在1616至1618年组织了几次到暹罗及交趾的贸易，成果好坏参半。东南亚的苏木卖回日本的价钱可达到200%的利润。这些到东南亚的贸易帮助英国商馆多苟延残喘了一阵子，平户英国商馆在1623年由于财务问题关闭。

1615年，亚当斯访问琉球那霸的时候，带回番薯回到平户，并由平户英国商馆长理查·考克斯（Richard Cocks）最早在日本本土成功栽培了番薯。

正如丁香号初到平户时按针所说的，英国人带来的货物真的在平户不好卖。商馆的货物有衣物、印度棉花和象牙，这些东西在当地或者是不受欢迎，或者是有替代品，或者是数量不少。于是商馆人员们被分别派往大坂、京都和江户等其他大城市调查行情。而精通航海的按针则前往东南亚。1614年11月，按针开一艘日式帆船前往暹罗（今泰国），不巧半路遇到风暴，被迫停留在琉球。因为水手们在当地酗酒闹事，一行人被赶回了日本。

1614年末，德川家康终于对始终不肯臣服的丰臣家不耐烦了，挑起了目的在于消灭丰臣家的战争。德川家为此还向荷兰人和英国人购买了许多铁炮和大筒。很多皈依了天主教的武士，如后藤又兵卫、明石全登等人站在丰臣方对抗幕府。大坂城上赫然飘扬着一面面十字架图案的军旗，这些教徒们把这场战争当成了光荣殉教的机会。正是这样一群不要命的人，使得大坂之战力量差距甚大却非常惨烈。最终历经“冬之役”和次年的“夏之役”，丰臣氏灭亡，德川氏正式统一了日本。

英国商馆的生意仍然不好。1615年初又有英国船从爪哇来，可他们带来的也是蜡烛之类不好卖的货。商馆里有人甚至干着中饱私囊的事情。这使得商馆员工们之间的关系越来越坏。这一年按针再次前往暹罗。1616年，德川家康去世。此时的按针正在从暹罗归来的路上，他在家康死去还不到一周时回到日本。家康的去世令英国人感到不安，因为家康曾经是他们在日本的靠山，却不知秀忠是否亦如此。而受家康恩惠最大的按针更是感慨良多。

1616年4月家康病殁，继任的德川秀忠和德川家光对于外国人与基督徒更加不信任、对外政策逐渐转趋保守。1620年5月26日亚当斯在平户死去，享年55，埋葬于平户商馆附近的公共墓园，是平户市的崎方公园。另外根据亚当斯的遗言，在可以望见江户城的逸见山顶修筑了按针冢。

之后亚当斯的领地被儿子Joseph继承，Joseph也继承三浦按针的头衔。Joseph后来和父亲一样从事朱印船贸易，但在1635年日本进入锁国时代后，便消失在历史记录中。

1620年5月16日，56岁的威廉·亚当斯病逝于平户。在他病重期间，和按针有过来往的欧洲人都纷纷来看望他。他也将自己用过的地球仪、航海图和佩剑等物品送给了他的朋友们。在他的遗书中，他仍然没有忘记分给在英国的女儿一笔遗产。最终没能回英国看看女儿，这成了他终生的遗憾。虽然是一名日本的武士，他却始终对自己的祖国英国保持着忠诚。在他平户的家里，悬挂着一面他亲手制作的英国国旗。可是，从一个英国的平民变成日本的贵族，他对于有救命之恩和知遇之恩的德川家康也怀着感激之情。他曾经说过，死后要将他葬在靠近江户的地方，这样他的灵魂可以永远保卫德川家。所以今天日本有两个“按针冢”，一个在平户，一个在伊东，都是同时立着按针和他日本妻子阿雪的墓碑。约瑟夫继承了按针的领地。按针去世后的第一个圣诞节，考克斯和其他几个英国人来到逸见村看望阿雪和约瑟夫。当考克斯等人把按针留下的佩刀交给约瑟夫时，他抱着刀哭了起来。但是很遗憾，我找不到亚当斯后人的事迹。

按针死后，幕府加快了锁国的进程。第三代将军德川家光做得比前面两个将军还要彻底。1623年，英国商馆被驱逐了。按针当年建造西式帆船，幕府却不准制造大型船只了。至于传教士们，更被威胁不得踏足日本，否则将被处死。只有荷兰人没被全部赶走，但他们也只能停留在长崎外海的出岛上。从此日本闭关锁国长达两个多世纪。当年和按针一起乘博爱号漂泊到日本的耶扬子，就在英国商馆撤走的这一年，他在从东南亚回日本的途中船触礁遇难。理查德·考克斯病死在回国途中。当年丁香号留在日本建立英国商馆的七个人只有一人回到了英国。

但是，三浦按针并没有被人们遗忘。当幕府还统治着日本的时候，在江户，当年三浦公馆门前的那条街道被命名为按针街。而每年在伊东，人们都会举行“按针祭”，以纪念这个传奇人物。在英国，他更是被誉为日英两国的桥梁，向英国打开日本窗户的人。

三浦按针的墓位于神奈川县横须贺市西逸见町的“冢山公园”里。1923年3月7日被指定为日本的历史遗迹。

光荣特库摩发售的电子游戏《仁王》的主角即为威廉·亚当斯。游戏以威廉在日本探险和为幕府效力的经历为原型，融合日本的神话传说，讲述了来自西洋的日本武士威廉斩妖驱魔的故事。