尧舜禹伐三苗战争的起因主要见于《尚书·吕刑》的记载，其中提到，“苗民弗用灵，制以刑，惟作五虐之刑曰法。杀戮无辜……民兴胥渐，泯泯棼棼，罔中于信，以覆诅盟。虐威庶戮，方告无辜于上。上帝监民，罔有馨香德，刑发闻惟腥。皇帝哀矜庶戮之不辜，报虐以威，遏绝苗民，无世在下”。文中列举“三苗之君”的罪状是不敬神灵而作五刑残害百姓，道德沦丧，背信弃义，反复诅盟。无辜受戮的百姓求告上帝，上帝因闻不到祭祀的馨香，只有滥用刑罚的一片血腥而震怒，所以尧哀怜人民的苦难，用武力遏绝“三苗之君”的暴虐，并使他永无后嗣。这虽然标榜伐三苗是替天行罚，却曲折地反映了苗蛮集团发生的深刻社会变革，如社会分化的抽剧，社会矛盾前尖锐化，传统的价值观念、道德规范、习惯法已被抛弃，原始宗教也发生了变化。这些记载和考古发现所揭示的三苗社会文明因素的成长已走到黄河流域前头的现象可相印证。同时也透露出在南北部族集团的交往中，三苗屡屡破坏和解盟约，在交战中，北方屡屡处于被动，早已感到了三苗的威胁。所以三苗社会矛盾尖锐化，成为尧舜禹伐三苗一举将其削弱的契机。