《马阮之奸》篇记载的是马士英勾结阮大铖把持朝政，结党营私、致使政纲紊乱，政治败坏的事情。篇中详细记载了明将左良玉起兵从武昌南下。痛斥其祸国之罪，列数其“罪不容于死”的七大罪状”“利灾擅权，事事与先帝为难”；“卖官鬻爵，殆无虚日”，“已为首辅，犹复掌枢”，又“引其腹心阮大铖为添注尚书……各操众兵，以为呼应”，“陛下选立中宫，典礼攸关。士英居为奇货，先择其尤者以充下陈”，“私买歌女，寄养阮大铖家，希图进选，计乱中宫”；“进优童艳女，损伤（陛下）盛德，每对人言，恶则归群”；“睚眦杀人……深埋陷阱，将生平不快意之人，一网打尽”，“遍布私人，凡陛下一言一动，无不窥视”。左良玉的起兵，打的是“清君侧”的旗号，“称奉太子密诏”，驰檄远近，声讨马士英祸国殃民之种种罪状。

而与此同时，清兵也向弘光抗清政权发起了进攻，弘光朝如此腹背受敌，再加上内部的腐败不堪，到了岌岌可危的地步。为了挽救弘光政权，许多文武官员主张应尽弃前嫌，团结一致，共同对外，而马士英却继续内争，派大量兵力在黄得功率领下击败了左家军。紧接着，在扬州之战中，史可法阵亡，清兵得到了长江边上当南北要冲的军事重镇扬州。五月五日，清兵进至扬子江，九日，清兵渡江。十日，弘光帝逃跑，连皇太后都不知道。十一日，马士英也带上皇太后，出走浙江，奔至绍兴。王思任写信给马士英，信中痛斥其祸国殃民之罪行，第二年八月，马士英终被清军所杀。

卷二《王师平南浙》、《王师平闽》、《金王收江右》、《李成栋平粤东》诸篇记载的是清军先后攻战江苏、浙江、福建、广西等地的始末，其中涉及了江阴屠城、嘉定屠城、松江屠城等，但仅一笔略过，而对于清军在攻克城池中的作战情况，则语多详细，且颇多赞颂美饰之语。《鲁蕃据浙东》记载的是1645年底继弘光帝逃亡，弘兴政权覆灭后，鲁王朱以海监国，定都绍兴，在浙江聚集各路义师坚持抗清，最终归于失败的经过。《益藩扰湖东》记载的是益王朱由本及傅鼎铨、揭重熙等在江西建昌一带坚持抗击清军的事迹。

卷三《杨刘万殉赣》记载了清将杨廷麟、刘同升、万元吉三人在江西一战中受到抗清义军的坚决抵抗而兵败身亡的经过；《金王之乱》记载的是曾为清朝立下赫赫战功的明朝将领金声桓、王得仁因功高赏薄且受到清廷监视，而在一六四七年正月在江西南昌举兵起事，传檄告全省，江西复归明朝一事。《王师南征》民载的是孔有德、耿仲明、尚可喜三位将领率领清军南下湖南进而攻下广西的战斗情况。《何腾蛟殉焚》、《瞿式耜殉粤》记载的是永忠朝大将何腾蛟在湘潭抵抗清军战败而亡以及瞿式耜在桂林保卫战中以身殉国的情况。

《孙李构隙》、《孙李奔北》记载的是永历王朝内部大臣争斗的事情。书中写孙可望擅权专政，企图篡夺王位，永明王则以另一位大臣李定国后援，牵制孙可望。因为孙可望，李定国二人均为大西政权军队余部，两人因为皆欲执行“扶明”政策而投奔永历王朝。后来孙、李二人为国事而发生冲突，在李定国迁永明王入云南后，孙可望开始进攻云南，其部将白文选投奔李定国，使孙可望在交水之战中大败，后又偷袭云南省城一战中实力被大举消灭，只好降清。孙可望降清后，尽把大西政权余部底细告诉清军。永历十二年（即顺治十五年）底多尼、越布泰、吴三桂、洪承畴等分三路攻打云南省城，十二月十五日，李定国扈从永明王西逃，经楚雄、大理、永昌等地后逃入缅甸国。

卷四《永明入缅》、《檄缅取王》记述李定国、白文选护送永明王（即永历帝，编者）进入缅甸后，清军穷追不舍。不久，吴三桂传檄缅甸：“令执由榔以献”。缅甸王在永历十五年（公元1661年）七月，制造了有名的咒水事件。十二月初三，缅甸人将永明王及其王妃一起送入清兵营中。同月，吴三桂等带着永历帝班师回国。《蜀乱》记载的是张献忠在四川的大西政权以及李自成大顺政权余部在四川继续坚持抗清斗争的事迹。《郑成功之乱》记载的是郑成功台湾抗清政权建立覆亡的始末。在永历抗清政权以大西军余部为支柱而存在于云贵及流亡到缅甸的同时，东南地区还有以郑成功为领导的抗清武装在继续坚持斗争，郑成功先是拒绝招降并以谈判为手段拖延时间、聚集兵力粮饷，接着又在江东桥、闽南等战役中大败清军，坚守东南沿海一带。

公元1661年二月，郑成功率领水师向台湾进发，经过水陆激战成功地从荷兰殖民者中收复台湾，进而设立了比较健全的政权机构，改赤嵌地方为东都明京，设一府二县。公元1662年，年仅三十九岁的郑成功病重而亡。其子郑经继位，公元1681年，郑经去世，三天后其次子郑克塽在岳父冯锡范支持下在争夺王位继承权的斗争中取胜，继位延平王。年仅十二岁。清廷抓住台湾政权当时“文武解体，主幼国虚”的可乘之机，于公元1683年六月在施琅的率领下，由铜山出发正式开始攻打台湾。八月十五日，郑克塽降清，十月六日，郑克塽登舟离台，十二月至北京，被封为汉军公。另外，该篇中也插入了对清初“三藩之乱”的记载。公元1673年（即康熙十二年），吴三桂、耿精忠、尚之信举兵反清，耿精忠派人去台湾请郑经出师相助，后两人反目，耿精忠最后重又剃发降清。

《三藩纪事本末》记述颇为详尽系统，对南明三朝几种政治势力之间的军事，政治交锋交待得井然有条，是一部不可多得的南明史书，具有较高的史料价值。与其他为清朝所禁的有关明末历史的史书不同的是，作者杨陆荣是完全站在清朝统治者的立场上写成这部史书的。作者在述史过程中，完全以清王朝为正朔，以顺治、康熙等纪年；视南明诸朝为僭号，将弘光帝、降武帝、永历帝等都以“王”呼之，并将他们看作是割据作乱的藩王，同时，对于明末的抗清斗争，一律称为“乱”（如《蜀乱》）。载张献忠，李自成余部抗清事；《郑成功之乱》载郑成功抗清之事，且在行文中对他们的抗清行为大加指责，贬抑之辞触目皆是。与此相反，对清朝统治者作者却颇多颂谀之词，称清军为“王师”，称清朝为“天朝”。

在卷首自序中，作者写道：“有明诸藩，诚思复仇之大德，痛余氛之未除，凭藉威灵，共剪残孽。迨乎罪人斯得，藉土来归，庶几上顺天心，下从民愿，庶德量力，计无逾此。”“向也以全盛之天下授之群盗，今也以残破之疆土衡抗天朝，天既厌明德，尚思铤而走险，岂惟违乎仁，悖乎义之尔载！抑亦不智甚矣。”反映出他迂腐的历史观。虽然如此，但该书依然没逃脱被禁毁的命运。因为《三藩纪事本末》既为史书，就必然会记载历史事实，也势必会反映出一些真实的情况。比如，书中所记的江阴屠城、嘉定屠城、松江屠城等史事，虽然杨陆荣为清统治者讳，仅一笔带过，但也毕竟是在历史上留下了清军暴行的种种罪证，这自然是为清朝统治者所忌讳的。

另外，作者虽然对清统治者多加粉饰，但在记录历史事件中也不可避免涉及到大批殉难的抗清义士的感人事迹，比如何腾蛟，瞿式耜等人。在这一意义上，我们也可以说《三藩纪事本末》是一部有重要史料价值的史书。

关于本书的史料来源，作者在《凡例》中称：“是编虽杂采《劫灭》、《浮海》、《甲子》、《江人事》、《江滩》、《世是》、《遗闻》、《编年》、《遂志》等书，然一以王大司农奉旨分编之史传（指王鸿绪的《明史稿》）为正，故与野史所载，微有同”。而在实际上，该书疏漏较多，有许多记载都是根据耳目传闻，且未经一一核实，所以书中多有不真实可信、与事实有出入之处。比如，书中说艾南英系自缢殉节而死，而《明史·文苑传》中则记载其系因病而亡。书中说鲁王浙东政权覆灭后流之海上投奔郑成功，郑成功却将其投入海中溺死。而根据许多史书的记载，鲁王朱以海投奔郑成功后，郑成功虽然未将其奉为正统，但仍然以宗藩之礼待之，优厚有加，直至郑成功去世，他依然受到郑成功之子郑经的礼遇。而且，同享郑氏礼遇的明朝宗室有近二十家之多，绝无郑成功溺死鲁王之事。

《三藩纪事本末》成书于康熙五十六年，现存有康熙五十八年本、借月山房汇抄本、明季野史本和丛书集成本。

卷一

三藩僭号

四镇

两案

马阮之奸

卷二

王师平南浙

王师平闽

金王收江西

李成栋平粤东

鲁藩据浙东

益藩据湖东

卷三

杨刘万殉赣

金王之乱

王师南征

何腾蛟殉楚

瞿式耜殉粤

孙李构隙

孙李奔北

卷四

永明入缅

檄缅取王

蜀乱

郑成功之乱

杂乱