1946年10月，因解放战争开始，马鸿逵对三边地区的干扰，三边公学由定边搬到吴旗县金佛坪。当时只有中学部的学生一百余人，地干部的学生全部出校工作了，这时三边公学的校长是刘若曾，副校长王刚，教导主任先后王志强、王云。1947年1月，三公又由金佛坪搬到安边城内。到1947年3月，因党中央撤出延安、马鸿逵侵占三边，三公又由安边县城搬出到安边南部山区、靖边、吴旗交界一带活动。这时学生和教师全部参加战勤工作。一部分教师到军分区医院作护理工作，有的到电台作机要工作，有的到各县参加战勤工作。学校只留少数后勤工作人员和家属。直到1948年初，又搬到吴旗金佛坪住下。这时，三边公学改名为三边干部学校。校长记不清是哪位兼任，副校长苏晓蒙、教导主任冯浪，后王伯宜、折永庆，设班次很多，有区委书记区长一级领导干部班、有一般干部班、有回族干部班、蒙族干部班、公安干部班、青年干部班、妇女干部班、中学班，约二百人。领导干部班班主任折永庆，回族班主任王茜，一般干部班主任张文厚、蒙族班负责人郭全德，公安班负责人刘君器(即刘德才)，青年班负责人何汀轩，妇女班主任海涛、桑柯，中学班主任记不清是谁了。到1949年8月间，三边干部学校由金佛坪搬到定边。这时主要是准备进军宁夏，把三边各县的大部分干部调到干校，学习新解放区各项政策，准备解放并接收宁夏的工作。1949年9月下旬，干校的学生陆续由定边动身到宁夏各县接收工作去了，中学班移交定边县管理。干校校部于9月26日离开定边搬至宁夏。至此，三边公学、三边干校即告结束。