1436年，明朝正统皇帝下令完善北京城池，除将九门城楼和四角角楼修建齐全外，还将护城河加深，两岸砌筑砖石护坡。为了施工方便，需筑坝将护城河截断，但又担心雨季会积水成灾，因此在正阳门外东南侧的低洼地带开挖了一条减水河，以利泄水。那时北京南城尚未修建，正阳门外就是郊区。这条减水河向南再向东，一直流往通州。

明末古籍《帝京景物略》记述，明代后期，三里河已经干涸为陆地，但低洼处仍有积水。万历皇帝的外祖父武清侯李伟，将积水引入附近的私家花园，建成了以水景著称的名园，园中可以泛舟。

正因为东城区的三里河是古河道，所以附近有不少与河流相关的地名保留至今，如龙须沟、南桥湾、薛家湾、水道子、河泊厂等。如今的三里河路段已成为两广路宽阔街道中的一段，只有沿用了500余年的古老地名，仍提示着这里原来有一条河流。