其步骤是：

(1)估计联立方程所有方程的简化式，应用最小平方法求出内生变量的估计值;

(2)把上述内生变量估计值代入结构方程右边的内生变量，应用最小平方法求出结构参数估计值，然后算出各个方程的误差项及误差项的方差和协方差;

(3) 以误差项的方差和协方差，用广义最小平方法估计结构方程参数。

应用三阶段最小平方法时应注意：

(1) 它适用于过渡识别模型;

(2)每个方程的随机项是非序列相关;

(3)它比二阶段最小平方法更有效，但计算过程也较复杂。当能确定随机项不是严重地相互依赖，一般则采用二阶段最小平方法。