然而可怕的是，调查过程中，喜欢高城秋五的女孩们接连成为连续杀人案件的牺牲品。最后，上月和菜（上月由良的双胞胎妹妹）也神秘失踪。查明和菜是被“千里教”绑走后，秋五带着好友苍木冬史硬闯“千里教”总部寻找上月和菜。在干掉“千里教”的负责人赤尾生马后，秋五的原上司——警长有岛一磨竟然作为“千里教”的幕后BOSS登场。经过一番斗智斗勇后，秋五暗地里成功叫来警察，有岛开枪自杀。至于由良，所有人都说她早已被杀并埋在后山，尸体也找到了。秋五黯然神伤。

秋五救下了眼睛受伤的“上月和菜”并带回上月家疗养。至此所有事件似乎已真相大白，然而正所谓“山穷水尽疑无路，柳暗花明又一村”，这一切都是由良的阴谋。

一切的水落石出是在高城秋五的妹妹高城七七（全游戏真正的名侦探）到来之时。事情的真相是这样的：

当初作为研究所高层的有岛一磨回国后，发现自己的老婆被“千里教”原教主欺骗。愤怒之下他干掉了原教主，接手了“千里教”。他找到过去的部下赤尾生马负责具体事务；同时为了扩大教徒数量，他拐走了上月由良来当名义上的教主，为的是利用她的读心术。

然而，后来由良反而利用爱上自己的赤尾生马，实施了一系列杀人事件。第一个死的是名叫雹的女人。有岛因觉得由良已无利用价值，就把跟由良长得很像的雹骗入“千里教”代替她当傀儡教主，同时命令赤尾杀掉由良。但实际情况却是雹被杀掉了还被埋在后山，这点有岛并不知道。再之后，修女深水熏在传教士祠草时子的引荐下加入了“千里教”，却被赤尾生马控制。本就心灵扭曲的她被赤尾教唆后，残忍杀害了一名无辜的女学生。上野连续猎奇杀人事件正式开始。

赤尾生马由于对由良扭曲的爱，已经彻底陷入了癫狂。在由良的唆使下，他怂恿深水熏杀掉了凛，然后自己杀掉了乙羽和绫崎楼子，最后绑架了上月和菜。而知道内情的祠草时子也被由良亲手灭口。此时有岛已发觉赤尾的精神出现问题，情况越来越无法控制，于是他横下心来准备了灭口所有知情人的计划，途中却被高城秋五横插一手。在秋五和有岛进行最终对决的时候，由良实行了蓄谋已久的计划：她先是换上了和菜的衣服，然后命令手下把被药物迷昏的和菜拉到城外郊区活埋，最后用小刀刺伤了自己那双特征明显的双眼，企图冒充和菜。被秋五救下后的她谎称已双目失明从而拒绝取下绷带，碰到秋五询问她过去的事时还可以装作因受精神创伤而失去了记忆。这样她就能完美实现偷天换日。

这一计划本堪称完美，但终因高城七七的缘故而破产。七七先是救下了和菜免于被活埋；然后来到由良以前的房间里发现了她以前的日记，通过上面整齐的字迹证实了由良不是盲人；最后带着和菜和秋五等人来到和菜的房间里揭穿了由良的真实身份。

见到阴谋败露，走投无路的由良持刀劫持了和菜并威胁要杀死她，因为她认为是自己的双胞胎妹妹抢走了秋五。秋五因和菜的生命受到威胁而被迫向由良开枪，救下了和菜。受了重伤的由良陷入昏迷状态，直至在续作《和之匣》再度苏醒。

（True End 剧情）

PS2版继承了PC版的大部分剧情，但也有较大改动。具体如下：

上月由良的戏份大幅增加，不再像PC版那样除了回忆和大结局外几乎没有出场机会。

由良与秋五的初次相识也变成了在她非常小的时候。

另外，PC版中两人那充满痛苦的分离（差点被殉情）也变成了喜闻乐见的“许下以后必定再见的约定”的温馨别离。

PS2版对秋五与由良的相识、相爱到分离，以及由良后来接受军方残酷试验等事的全过程进行了详细的描写，不仅使由良的形象和人物经历更为丰满，也能让玩家对两人的深厚感情有更深体会，从而使后面由良（在看到秋五跟其他女人好上了时）的黑化不再那么突兀。

不过最大的亮点还是在游戏最后由良劫持和菜时。这里比PC版多出了一个选择：男主选择“开枪”或“不开枪”。两个选项都可导向与PC版完全不同的结局：

如果选择“不开枪”，秋五将不会扣动扳机，但由良最终也未能下刀，而是决定听从和菜的劝说，和过去决裂，决心开始做新的自己（要在监狱里度过余生了……）。游戏最后在和菜在灿烂的阳光下对秋五微笑以及由良在黑暗的牢狱里悲叹“最终，还是没人能赢得了和菜啊。”的鲜明对比中落下帷幕。

但是，如果选择“开枪”，秋五在即将扣动扳机时却想起了过去与由良的甜蜜回忆，导致他出现瞬间的犹豫。由良抓住这一机会对和菜痛下了杀手。看着倒在血泊中的妹妹，由良低语：“对……这下，我终于能成为‘和菜’了。”游戏随后在由良崩坏的狂笑声中唐突结束。

雪椿线：两年后，和菜从美国深造后回来，恰逢由良悄悄苏醒。醒来后的由良因秋五注意力再次转到和菜身上而杀意再起，于深夜杀掉医生和护士后逃出医院，又溜进和菜参加公演的剧院，伪装成演员，在舞台上举刀欲杀和菜，却被早已识破的苍木冬史开枪击中心脏。此时男主面临两个选择：如果犹豫，由良会拼尽最后一丝气力成功杀掉和菜，但在弥留之际却发现秋五抱起的不是自己而是和菜，最后在无限遗憾中死去；如果秋五立即冲上舞台，和菜将留得性命，而秋五会抱起由良并表白说自己的真爱是由良，最后由良在秋五怀中含笑而逝。

白诘草线：此线中和菜直接变成没回来过。由良悄悄苏醒后只有秋五发现了，两人互表爱意。秋五最终接受了由良的一切，决定和由良一起背负过去的罪孽，抛弃世俗，远走高飞。另外结尾还提到由良的读心能力不知为何已失去作用。本线里由良不再是那个残酷无情的原教主，而是含情脉脉、温柔无比的大和抚子形象（或许这才是真正的她吧）。这一结局是所有结局中由良唯一的Good End，算是了却广大由良粉的夙愿。

学园篇：在《和之匣》的学院篇中，由良与和菜变成了名门女校的同班同学，还与绫崎楼子等人成为了朋友。但由良平时几乎从不来上课。在此番外篇里两人至少能做到正常对话了，但由良仍会抓住一切机会给妹妹穿小鞋。话虽如此，从嘴上不饶人的由良却会帮不擅做料理的和菜顶替去上料理课，以及姐妹二人居然能做到同时向高城秋五求爱这两件事来看，她们的关系已经有了很大程度的改善。当然我们也该明白，这学院篇本身就是恶搞的架空世界，与主线剧情并无联系，大家就把它当作是《恋狱月狂病》的一个“大家都幸福快乐”的平行世界吧。这一番外篇的出现应该是为了满足玩家们对于“这对姐妹为什么就是不能和平共处呢”的怨念的。

麻将小游戏：（这个更是彻头彻尾的恶搞，大家看了笑笑就好。）某日，高城秋五收到了署名为K的奇怪挑战信，他被迫接连与K安排的七名少女进行麻将对决。全部获胜后K将会现身，原来就是上月由良（姓名首字母为K）。由良表示要跟秋五在一起，秋五却嫌这嫌那不肯答应。由良愤而与秋五展开最后的麻将对决，结果秋五还是赢了。然后秋五居然提出了让由良同意让和菜也加入他的后宫行列，这点就算是由良也难以答应。最后秋五丢下苦苦哀求的由良扬长而去。（秋五终于彻底渣了……）

在“恋狱三部曲”的最后一部——《壳之少女》中，确认上月由良已经逝去。由此可知《壳之少女》接的是《和之匣》的雪椿线剧情。