2004年3月，医史博物馆、中药标本陈列馆、上海中医药大学校史陈列馆三馆合并筹建新的上海中医药博物馆。

2005年3月，上海中医药博物馆正式开馆。

上海中医药博物馆位于上海市浦东新区蔡伦路1200号（上海中医药大学内），博物馆和附属的百草园以及杏林苑共占地约11500平方米，其中博物馆建筑面积6314平方米，展览面积4050平方米，馆外有10000平方米的“百草园”，种有600多种药用植物。博物馆为3层单体建筑，呈半圆半方造型，一楼为医史综合馆，二楼为养生康复、针灸推拿、中医文化、中药方剂和中医科教5个专题馆，三楼为校史陈列馆和中药标本陈列馆及中药科普活动室。

上海中医药博物馆基本陈列由医史综合馆、养生康复馆、针灸推拿馆、中医文化馆、中药方剂馆、中医科教馆、校史陈列馆、中药标本陈列馆八个部组成。陈列设计创意和特色是弘扬中医药文化、普及中医药科学知识、展示中医药历史，坚持“六个结合”，即传统与现代结合、内涵与形式结合、借鉴与创新结合、中医与文化结合、中国古代哲学与中医学结合、中医学理论与临床成就结合，突出海派风格，把中医基础理论与学说和古代医学教育与医事活动“艺术化、虚拟化”，介绍中医药学，反映孕育中医药学的土壤——中国古代哲学思想，展示中医药学继承、发展、创新的历史和实现中医药现代化的过程。

医史综合馆由“中医药的起源《远古—公元前21世纪》、“早期的中医药（夏—春秋战国）”、“中医学基础理论的确立（秦—三国）”、“中医药学的全面发展（西晋一五代）”、“中医药学的突出成就与医家的创新（宋—元）”和“中医学理论的发展和温病学说的完善（明—清）”6个部分组成，其中展项有“中医药千年回响”铜浮雕、“精气神”浮雕、阴阳五行雕塑、历代医家及医事活动雕塑，唐·太医署场景等，集中展示中医药学的悠久历史、各历史时期中医药学突出的创造发明和著名医药学家。

养生康复馆展示《内功图说》和《导引图》等医药文物和拓片，从精神调摄、起居有常、饮食合理、健身运动、用药有道等不同侧面反映中医学注重预防和病后调理的观点和方法。

针灸推拿馆展出新石器时代的医疗用具砭石、《甲乙经》、《针灸大成》、《推拿广意》等历代医籍，以及各种针灸推拿器械等，揭示针灸推拿的发展历程和成就。

中医文化馆展示明代炼丹图轴、历代医家的处方手迹等，反映了古代医家的文化底蕴和他们对中医药学的审视、探究和发扬。

中药方剂馆陈列清代各式盛药器皿和质地各异的制药工具、灵芝赋玉雕、《证类本草》和《医方集解》等历代药书，展示中药、方剂的发展概况和成就。

中医科教馆通过多媒体人体针灸模型、按摩点穴智能人、MM——3中医脉象仪和辨证论治触摸屏等展示、互动设备，将古老的中医学和现代高科技相结合，普及和解读中医学知识，并为观众特别是青少年提供动手操练中医诊断和治疗技巧的机会，在操作中感性地了解中医学。

中药标本陈列馆陈列各类中药标本、中成药和中药饮片1300多件，有麝香、野山人参、冬虫夏草等名贵珍稀标本、原药材标本、传统精制中药饮片、各种剂型的中成药、0TC中药及中药保健品，以及中药炮制加工器械，清晰地介绍中药形态、功效，传播中药科学知识。

校史陈列馆由“杏林绿叶，五十春秋（学校概述）”、“创业岁月，辛勤耕耘（ 1956.9~1966.5）”、“非常时期，风雨历程（ 1966.5~1976.10）”、“走进春天，改革发展（1976.10~2003.7）”和“弘扬中医，与时俱进（2003.7）”5个部分组成，共展出图片、实物700多件，简要介绍了上海中医药大学自1956年创建以来的发展历程与前进方向。

截至2019年末，上海中医药博物馆藏品数为14590件/套。其中，收藏从新石器时代至近现代的中医药文物15000多件，古今医籍6000多册，医药报刊3000多册/种。中药标本陈列馆收藏中药标本和中成药3000多件，校史陈列馆收藏校史实物和图片2316件。藏品主要来源为捐赠、采购、调拨、采集制作。藏品类别主要为植物药标本、动物药标本、菌类药标本、矿物药标本、中成药和中药饮片。

上海中医药博物馆“镇馆之宝”是摆放在二楼展厅1744年铸造的针灸铜人。据文字记载，乾隆皇帝为了嘉奖编纂综合医学丛书--《医宗金鉴》的编著人员，定制了一批针灸铜人，国内仅存此一件带锦盒的完整器。这具针灸铜人是传世针灸铜人之中难得一见的老妇人的体态，高约46厘米，面容慈祥，体表刻有580个穴位，锦盒上印有皇帝玉玺，题跋上用汉满文注明了铜人颁发给《医宗金鉴》的誊写官福海。抗日战争时期，福海家道中落，其九世孙将此针灸铜人卖给了北平的古玩店，我馆首任馆长，医史学家王吉民征集文物时在古玩店发现了这件铜人，但是无力购买。后求助于当时上海的名中医丁济民，丁济民是民国江南医界宗师丁甘仁之孙，丁济民听闻此事，即前往北平，到了那家出售针灸铜人的古玩店，发现铜人未售出，马上掏钱买下，并在兵荒马乱的抗战时期，花了几乎与购物同等的价钱把铜人运到上海，然后再捐赠给王吉民的中华医学会医史博物馆。

秦代五角形下水道管；汉代马王堆出土的花椒、茅香、桂皮；晋代王羲之族妹王丹虎墓中出土的丹丸；晋代越窑青瓷“四耳药壶”；泉州湾宋代沉船中的降香、沉香；宋代八卦星月纹铜串铃；宋代瓷研钵；南宋“内府”黑釉瓷药坛；明刻本《铜人输穴针灸图经》；明万历年间刻本《赤凤髓》；明代獬豸铜熏；明代葫芦形黑釉特大药坛；明代“高县医学记”铜印章：明代孙思邈婆金铜像；明代《铜人明堂之图》（清康熙四年[1665]林起龙重刊图系统版本）；清代御医陈莲舫书案；清代十二生肖药瓶；清末《世补斋医书》书板全套；中医名家傅青主、何鸿舫、恽铁樵和曹沧洲等书法、绘画作品；民国红木出诊药箱；丁甘仁、张骧云、陈筱宝、石筱山、夏应堂和王仲奇等近代上海著名医家的医案真迹；现代著名画家程十发《濒湖问药图》。

上海中医药博物馆积极面向社区和观众，开办“中医养生保健科普知识”、“冬令保健与养生”、“常见传染病与中医防治”、“中药鉴别”、“常用中草药简介”和“食疗与健康”等科普讲座。

上海中医药博物馆编辑出版《中国医学通史·文物图谱卷》《中华医学文物图集》等专著和图录。参加的国家级科研项目有：国家文物局文物保护科学和技术研究课题——“指南针计划”专项重点项目“古代医疗技术及诊治保健器具发明创造项目可行性研究·中医四诊现代化的研究”；中国中医科学院医史文献研究所领衔、上海中医药大学医史博物馆为第二负责单位的“国家重点医药卫生文物收集、调研和保护”项目。

上海中医药博物馆主办、合办或承办多次面向社区的展览活动，包括：2006年10月—11月，参加上海市科普教育基地联合会、崇明县教育局等主办的“科技伴我成长”崇明科普大联展活动，在崇明县青少年活动中心展出“上海中医药博物馆简介”、“名贵中药材鉴别”、“传染病防治”等流动展版。2007年3月，参加由上海11家高校参与的上海科技馆主办的“校园情·科技风·民族魂———2007上海高校民族文化博物馆联展”活动。2007年5月，参加浦东新区科技节主题活动。2007年12月至2008年4月，主办“轮椅上的天使——陈海新实物图片展”。

上海中医药博物馆是国家AAA级旅游景区，全国、上海市、浦东新区科普教育基地，上海市科普旅游示范基地、上海高校民族文化博物馆、浦东新区爱国主义教育基地、全国中医药文化宣传教育基地、上海市外国留学生中国文化体验基地。

2022年3月，被命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。

上海中医药博物馆位于上海市浦东新区蔡伦路1200号（上海中医药大学内）。

9:00~16:00（周一闭馆）。

参观券每人每张为15元，团体（10人以上，提前2~3天预约）每人每张为12元/10元。免票和优惠的情况为：1、离休干部、现役军人、残疾人、本市70周岁（含70周岁）以上老人凭相关证件免费参观；2、成年人可以免费携带一名未成年人参观：3、青少年团体票价7折优惠，其它团体8折优惠。

乘坐上海张江站-地铁2号线、张江有轨电车1路蔡伦路金科路、张江有轨电车1路/609/609蔡伦路华佗路，到蔡伦路金科路站（上海中医药大学南大门）下车步行前往。