上海交通大学药学学科于上世纪50年代初创建，1984年获得药理学博士学位授予权，2010年获得药学一级学科博士学位授予权。药学是上海交通大学“211”和“985”工程的重点建设学科，药学一级学科下设有药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等6个二级学科研究方向。学院有博士生导师约20人，每年招收博士生约15人，并招收与上海医药工业研究院联合培养博士生。

药学院实施本科导师制。本科新生入学后均配备学术导师，本科生从大一开始就进入课题组参加学院URL 计划，参与教授、研究生科研团队，感受科研氛围、激发科研兴趣、锻炼科研思维。本科生参与的国家大学生创新实验项目、上海市大学生创新活动计划、学校本科生创新项目和PRP项目加深了本科生对学术的理解，提高了发现问题、分析问题、解决问题以及科研创新的能力。

药学院为志趣各异、充满激情的学生搭建了一个个展现魅力、交流学习的平台，为校园文化增添了缤纷亮丽的色彩，如“求知路野外认知实践活动”、“为聋哑孩子撑起一片天空”、“Pharm Storm”、“English weekly”、“翡翠丝带——肝病知识科普学社”、“关注留守儿童”、“药研之家”、“药学人节”、“经理校园行”、“环保志愿者在行动”、“风之彩·云之南”。药学院学生通过这些活动不但丰富了课外生活，拓宽了视野，而且社会责任感和综合素质不断得到全面提高。“风之彩·云之南”奉献西部暑期社会实践活动多次受到中宣部、中央文明办、教育部、共青团中央、全国学联和团市委的表彰。

药学院承担了国家重大科学研究计划、“973计划”、国家“重大新药创制”重大专项、“863计划”等众多国家及省部级重大重点项目、国内外横向合作项目。近六年来，授权发明专利百余项，发表SCI论文500 余篇，其中在Science，Nature Review Drug Discovery，Journal of Proteome Research，Cancer Research 等国际顶级期刊发表了数十篇有较大影响的学术论文。

药学院拥有“细胞工程及抗体药物”教育部工程研究中心、药学交叉（pharm X）中心（筹）、民族医药研究中心、靶点发现和新药筛选中心、生物大分子递药系统研究中心等管理机构。拥有国家中医药管理局三级实验室、国家“重大新药创制”技术平台、“临床评价研究技术平台-临床药物动力学和药物代谢组”建设点、上海市高校生物技术和抗体药物重点实验室、上海市手性药物分子工程重点实验室、上海市大分子生物药物公共技术服务平台等重要平台。

上海交通大学药学院公共技术实验室由七个实验室组成：公共仪器实验室、动物实验室、细胞实验室、同位素实验室、药物制剂工程实验室、中药提取工程实验室和药物合成实验室。面积约1000平方米。公共技术实验室成立于2005年，主要由“985工程”投资建成。至2007年，总投资近1200万人民币，拥有大型贵重精密仪器设备20余台。典型的测试仪器有液质联用仪、毛细管电色谱仪、分析及制备高效液相色谱仪、蛋白纯化仪、流式细胞仪、超速离心机、荧光显微镜、光学显微镜、核酸蛋白分析仪、基因测序仪等多种类型的测试仪器。

药学院国际化办学特色鲜明，“特色课程、精品专业”的办学模式已经形成，与美国加州大学洛杉矶分校（UCLA）、美国北卡罗来纳大学、法国巴黎第五大学等多所国际大学已经建立了紧密的合作关系，与国际知名的辉瑞、罗氏、Anacor、健赞（Genzyme）、格兰素史克等多个跨国制药企业建立了合作研究关系。学院开展了澳门大学双学位项目、法国INRA 交流项目、瑞士Nestle 实习项目等学生国际交流合作项目。

历届学生就业率均为100%。50% 以上的学生在国内外继续深造，其余学生就业于国内外知名医药机构，如诺华制药有限公司（上海）、葛兰素史克公司（中国）、勃林格英格翰药业公司（上海）、强生制药有限公司（中国）、通用( 上海) 医疗器材有限公司、上药集团、国药集团、宝洁公司（上海）、强生( 上海) 医疗器材有限公司、联合利华（中国）有限公司、美国霍尼韦尔公司（上海）、普华永道国际会计公司（上海）、艾美仕市场调研咨询（上海）有限公司等。