第一届理事会推选理事35人，候补理事10人；监事5人，候补监事5人。各清真寺推选的代表为当然理事。设常务理事会，先后担任常务理事的有马心田、金幼云、宗棣棠、杨叔平、杨稼山、王治平、李鹄成、马受百、刘凤高、李云生、答容川、石象玲、许晓初、常子春等。理事会下设总务、财务、保管、墓椁、福利等股。该会主要工作是：整顿健全伊斯兰教组织，统一管理福佑路清真寺、小桃园清真寺、清真第一别墅、第二别墅、高墩路清真女学、西仓桥清真女学，兼管浦东清真寺。抗战胜利以后，重点放在清真寺的恢复工作，收回、恢复开放高墩路女学，重修清真第二别墅，整顿清真墓地，创办崇本小学等。

1959年，上海回教堂理事会撤销，工作移交给上海市清真寺管理委员会。