2019年7月，科技部、教育部、中科院、自然科学基金委联合制定了《关于加强数学科学研究工作方案》，提出在国家重点研发计划中设立“数学与交叉科学”重点专项，支持高校和科研院所建设基础数学中心，支持地方政府依托高校、科研院所和企业建设应用数学中心。

2020年2月26日，《科技部办公厅关于支持首批国家应用数学中心建设的函》（国科办函基〔2020〕19号）公布首批13个国家应用数学中心名单。上海国家应用数学中心作为首批建设的国家应用数学中心之一，将依托复旦大学和上海交通大学，联合上海乃至长三角地区相关高校和代表性企业进行组建。