研究所设有：都市农业研究中心（暨农业经济研究室），《上海农业学报》、《食用菌》、《上海农业科技》、《上海蔬菜》编辑室，图书馆，电子阅览室，查新检索、科技信息服务部等机构。

研究所主要从事都市型现代农业理论体系研究、宏观与微观农业技术经济研究、新农村发展规划研究、区域农业经济研究、市场物流信息研究、科技兴农发展战略研究、农业科技发展政策研究等。为各层面领导、各级政府和“三农”建设做了大量的决策咨询工作，曾获得国家科技进步二等奖、市科技进步二、三等奖多项，出版专著16部，发表各类论文500余篇。都市农业理论研究为院优势学科，在全国率先建立，先后与日本、韩国、台湾等国家和地区建立了广泛的交流和合作研究。

研究所承办的《上海农业学报》为中国科技核心期刊，《食用菌》杂志为中文核心期刊。《上海农业学报》《食用菌》曾双双进入中国农业核心期刊，双双获得全国优秀期刊奖，双双获得全国农业期刊“金犁奖”（综合类一等奖和技术类一等奖），双双获得上海市优秀期刊一等奖。