遗传育种研究室、药用真菌研究室、检测中心以及上海丰科生物股份有限公司、上海百信食药用菌科贸有限公司、食用菌菌种实验厂等经济实体。为中国农业微生物保藏中心食用菌分中心、农业部食用菌产品质量监督检验测试中心、上海市农业遗传育种重点实验室微生物分室技术依托单位。

研究所与20多个国家建立了学术交流或技术合作关系；为全国培养了万名专业技术人才，并承担了科技部和农业部国际培训任务。主持编写了《中国食用菌志》等20多部专著，发表论文600余篇。上海市农业科学院食用菌研究所以其在食用菌产业技术领域的研究、开发和设计的综合优势，为我国食用菌产业的发展起到了重要的作用。