监狱前身是上海市人民政府垦区劳动生产管理局。1972年启用上海市上海农场名称。2014年6月15日，经司法部批准，上海市四岔河监狱正式挂牌成立，其监管场所、医院、习艺基地、培训中心及警官公寓占地500余亩，行政隶属关系由上海市戒毒工作管理局划归上海市监狱管理局领导，其性质为国家刑罚执行机关。2015年10月19日，监狱正式收押首批罪犯。