1947年6月，经上海市政府批准，学校在上海复校，定名为上海市立吴淞水产专科学校，属大专建制，侯朝海任校长。吴淞水产专科学校设置渔捞科、制造科、养殖科和航海科，于1948年2月正式招生。1949年6月，上海市军事管制委员会接管学校。解放后，经华东水产管理局批准，江苏省立水产职业学校（闵行）于1949年11月并入吴淞水产专科学校。

1951年3月，中央教育部批复，上海市立吴淞水产专科学校更名为上海水产专科学校。11月，国立高级水产职业学校并入。

1952年8月，经华东教育部报中央教育部批准，学校升格更名为上海水产学院，成为中国第一所本科建制的高等水产学府。定11月1日为校庆日。舒同为上海水产学院题写校名。12月，河北省水产专科学校（部分）并入。上海水产学院成立后，学校先后从圣约翰大学、东吴大学、大同大学、厦门大学、武汉大学和有关单位调入一批知名教授。

1958年9月，支援筹建连云港水产学校（2000年并入淮海工学院）和舟山水产学院（现浙江海洋大学）。10月，学校与中国科学院合作筹建中国科学院上海水产研究所（现中国水产科学研究院东海水产研究所）。

1962年11月1日，召开建校50周年庆祝大会。

1972年，受“文化大革命”影响，学校搬迁到厦门集美办学，更名为厦门水产学院，厦门大学水产相关系调入。

1978年，全国恢复高校统考招生后的第一届新生355人入学，分别就读海洋捕捞、淡水渔业、海水养殖、水产品加工工艺、制冷工艺、渔业机械、渔业电子仪器、渔船动力机械8个本科专业。

1981年，学校开始筹备水产养殖、水产品贮藏与加工、海洋捕捞3个学科专业硕士研究生教育工作。1982年受农业部委托，召开首次水产学科研究生教育研讨会，讨论研究生招生工作。

1983年，学校开始研究生教育。1983年、1984年，学校先后获水产养殖专业硕士生招生权和硕士学位授予权。

1985年11月，经农牧渔业部批复同意，学校更名为上海水产大学。

1992年，列为农业部重点大学。

1994年，学校成立研究生部。

1994年-1997年，先后与中国科学院海洋研究所、青岛海洋大学（现中国海洋大学）、南京农业大学联合培养博士研究生。

1997年，学校与中国水产科学研究院成立联合培养研究生部。

1998年，学校被批准为博士学位授权单位，并首次取得水产养殖专业博士学位授予权。

2000年，学校由农业部划转地方，由中央与地方共建，以上海市管理为主。

2003年9月，成为一所万人规模高校。

2005年8月，与上海市农业科学院合作建立上海水产大学农业研究院（现上海海洋大学农业研究院）。

2008年3月19日，为适应国家海洋事业发展需要，教育部批准学校更名为上海海洋大学。江泽民同志为学校题写校名。5月6日，上海海洋大学揭牌仪式在军工路校区举行。同年，主体搬迁至临港新城沪城环路999号。

2010年，上海市人民政府与国家海洋局签署协议共建上海海洋大学。同年，入选国家”特色重点学科项目“建设高校。

2011年，获得2009－2010年度上海市文明单位称号。

2012年，江泽民同志为学校百年校庆题词“发扬优良传统，不断开拓创新，把上海海洋大学建设成为一流的高水平特色大学。”2014年，入选全国毕业生就业典型经验高校。

2015年6月，上海海洋大学与国家海洋局海洋减灾中心签署战略合作框架协议。

2017年8月，被认定为上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。9月，入围国家首批“双一流”建设高校名单；同月，上海海洋大学与国家海洋局第三海洋研究所签署战略合作框架协议。同年，学校跻身上海市地方高水平大学试点建设行列，获上海市课程思政教育教学改革“整体试点校”。

2018年2月，上海海洋大学与农业部长江流域渔政监督管理办公室共同签署了《长江水域生态保护战略研究合作协议》，双方协议设立长江水域生态保护战略研究中心。9月，上海海洋大学与上海国际港务（集团）股份有限公司签署战略合作协议。10月，上海海洋大学与西湖大学签署战略合作协议。同年，入选上海高水平特色大学建设计划。

2019年4月，首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。2020年7月，共青团上海市委与上海海洋大学共同成立“上海市青年志愿服务研究中心”；9月29日，成为全国高校海洋类学术期刊联盟理事单位。9月30日，加入首届“中国新农科水产联盟”，并任副理事长单位。

2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。

2022年，上海海洋大学将迎来110周年校庆。2月，入选第二轮“双一流”高校名单。8月，加入全球中文学习联盟。2023年11月27日，上海海洋大学罗非鱼遗传育种团队赴赞比亚大学举办第二期非洲“罗非鱼养殖技术”国际培训班，两校开展广泛、务实性合作。

2024年1月27日，上海海洋大学海洋生物资源与管理学院、海洋科学与生态环境学院、美育中心正式揭牌。2024年3月21日，上海海洋大学主办第七届华东地区水产动物营养与饲料科技论坛。

截至2024年3月，学校设有12个学院（部），开设44个本科专业。

截至2024年3月，学校有4个一级学科博士学位授权点、14个一级学科硕士学位授权点，1个二级学科硕士学位授权点，8个专业学位硕士学位授权点、4个博士后科研流动站。拥有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、上海高校高峰高原学科3个、上海高校一流学科3个、上海市重点学科5个、省部级重点学科9个。6个学科进入ESI国际学科排名全球前1%，水产学科在全国第四轮、第五轮学科评估中获A+评级。

截至2024年3月，学校拥有教职工1500余人，其中，教学科研人员800余人，具有高级专业技术职务500余人，拥有全职国家级各类人才38人次（其中在职享受国务院特殊津贴人员9人）、省部级各类人才227人次。

截至2024年3月，学校有国家级一流本科专业建设点8个、市级15个，国家特色专业5个，获得IFT食品专业国际认证专业1个，通过欧洲ASIIN本科工程认证专业4个，通过中国工程教育认证专业4个，通过长三角新文科教育专业认证1个。拥有国家级一流课程11门、上海市一流课程36门、国家精品课程3门、上海市精品课程、示范性课程等45门，市级课程思政示范课程7门。国家级实验教学示范中心2个，上海市实验教学示范中心3个，本科教学实习基地179个，国家级虚拟仿真实验教学项目3项，上海市级13项。有国家级教学团队1个、市级教学团队4个、示范团队4个；入选首批“全国高校黄大年式教师团队”。

截至2024年3月，学校2013年以来获国家级教学成果奖二等奖1项，上海市教学成果特等奖1项、一等奖9项、二等奖17项。学校是上海市首批课程思政教育教学改革整体试点校、首批深化创新创业教育改革示范高校、上海市依法治校示范校、首批上海市课程思政教学研究示范中心。入选上海高校课程思政重点改革领航学院、首批全国高校党建工作样板支部、首批全国高校“双带头人”教师党支部书记工作室。学校是全国首批“易班”试点单位，先后获得全国高校校园文化建设优秀成果特等奖、上海市教育改革实验奖一等奖等。学校大学生心理健康研究教育中心连续三轮被命名为“上海高校心理健康教育与咨询示范中心”，入选教育部高校心理健康教育指导典型案例。学校获“创青春”全国大学生创业大赛金奖、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一等奖等奖项。近5年来，获得世界头脑奥林匹克总决赛2次金奖，3次银奖，多次获得全国艺术展演金、银奖，市级各类艺术类赛事60余项。

截至2024年3月，学校积极拓展对外合作，与美国、日本、韩国、德国、葡萄牙、澳大利亚、加纳等国家（地区）的大学及联合国粮农组织（FAO）、亚洲水产学会（AFS）等国际组织有着密切交流与合作，与140多所海外高校、科研机构签订合作协议。自2011年以来，通过游学、留学、交换生等派出学生4000余人；连续两期入选中日韩 “亚洲校园”，获批国家留学基金委创新型人才国际合作培养项目等项目。

截至2024年3月，学校有30余个省部级重点实验室及平台，拥有中国第一艘远洋渔业资源调查船“淞航”号，中国唯一的CNAS、CMA、DNV GL和USCG资质认定的船舶压载水实验室，建设亚洲最大世界第三的动水槽，研制万米级着陆器成功到达10918米深渊。

截至2024年3月，学校在自然科学和人文社会科学方面取得多项突破性研究成果，以第一完成单位获国家级科技进步奖1项、省部级奖36项。2011年以来辅导台湾地区苗栗县农户养殖大闸蟹，开创两岸农业合作的范例；组建“渔业科技教授博士服务团”遍及全国开展科技服务，助力西藏、新疆、陕西、贵州等地精准扶贫，成效显著，项目入选教育部第二届、第五届省属高校精准扶贫精准脱贫典型项目。

截至2024年3月，学校有纸质图书167万余册，电子图书近112万册，数据库106个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。

《上海海洋大学学报》（原《上海水产大学学报》）是由上海市教委主管，上海海洋大学主办，以水产科学技术为主的综合性学术期刊。《上海海洋大学学报》作为文献源被《化学文献》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、日本《CBST 科学技术文献速报》《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文数据库（CSCD）》《中国生物学文摘》《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《上海海洋大学学报》被北京大学图书馆定为“中文核心期刊”、被中国科学院文献情报中心定为“中国科学引文数据库来源期刊”、被中国科学技术信息研究所定为“中国科技核心期刊”。2006年，《上海海洋大学学报》荣获教育部科学技术司颁发的“首届中国高校优秀期刊奖”，2013年获得教育部科技发展中心颁发的2012年度“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖。

《水产学报》是由中国科协主管，中国水产学会主办、上海海洋大学承办的以反映中国水产科学技术成果为主的学术类核心期刊（中国科学引文数据库CSCD核心库和中国科学技术信息研究所核心库）。《水产学报》已加入了中文期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国生物学文献数据库、清华大学（光盘版）电子刊物数据库、万方数据网络中心 。《水产学报》作为文献源被美国《化学文摘》（CA,Chemical Abstracts）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、英国《农业与生物科学研究中心文摘》（CAB Abstracts）、英国《全球健康》（Global Health）、美国《剑桥科学文摘》CSA（NS）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）、英国《动物学记录》（ZR，Zoological Record）、美国《乌利希期刊指南》（UPD，Ulrich's Periodicals Directory）《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文索引》《中国学术期刊文摘（中、英文版）》《中国生物学文摘》《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《水产学报》 为2002-2009年，2011年“百种中国杰出学术期刊”；2008年及2011年科技部“中国精品期刊”；2009年，2012年“华东地区优秀期刊”；2006年-2008年获中国科协“精品期刊工程项目（C类）”资助；2009-2011年获中国科协“精品期刊工程项目（B类）”资助；2012-2013年获中国科协“期刊学术质量提升项目”资助。2012年被评为“中国国际影响力优秀学术期刊”和RCCSE“中国权威学术期刊”。

《渔业学报（英文）》于2017年正式出版，目前已被BIOSIS Previews，Biological Abstracts，CAB International，Directory of Open Access Journals（DOAJ），EBSCOhost，ProQuest，Scopus多个国际数据库收录，此外，还被CSCD收录，是学校“双一流”建设成果的体现。

学校的标识形状为圆形，采用白底蓝字，内圆上部为橙黄色太阳图案，下部为嵌有建校时间“1912”的蓝色海洋图案，环形部分内嵌上海海洋大学中文和英文名称全称。

1912年，江苏省立水产学校正式创办，首任校长张镠对学生提出希望“五事”，即：勤勉；造成诚朴之校风；戒浮嚣；勿空谈国事；当自食其力。1914年9月1日 “勤朴忠实”四个大字正式定为校训。2004年，学校对校训内涵提出新诠释：勤：勤奋敬业，即学习勤奋，工作勤勉，反对消极怠惰。朴：质朴大方，即做人求真，多做少说，反对奢华浪费。忠：爱国荣校，即忠于祖国，热爱母校，反对薄情寡义。实：求真务实，即重视实践，讲求实效，反对弄虚作假。

学校的校歌是《海大之歌》，由佚名作词作曲。

歌词：东海之滨，吴淞江畔，浩渺烟波，水共天；港湾罗列，海岸延绵，无穷宝藏，利重渔盐。嘉陵夜雨，瀛岛晴烟，万里长江，此波迁；探究海洋，责任应同肩，切磋互勉，学术勤研。莫等闲，博浪天涯，前进努力，着先鞭，着先鞭。

上海海洋大学大学生艺术团等各类文体、科技学生社团90余个，比如理山叠水水族造景爱好者协会、上海海洋大学小海心心理协会、鹿鸣茶艺社、爱自然协会、鱼骨文化学生社团、海洋诗社等多种类型社团。

2023年1月，品读海大社被上海海洋大学评为创明星社团。该社团自创立以来积极开展校院两级迎新季讲解活动，9年来已覆盖新生三万余名，累计讲解六百余场，服务1000小时，与此同时，品读海大社还作为一个了解上海海洋大学校园文化的窗口，支持对外预约讲解且积极参与校园文创产品的制作，也会直接或间接的参与各种校园活动以丰富校园文化生活。

临港新城校区位于上海市浦东新区沪城环路999号，于2008年启用。新校区规划占地面积约1670亩，规划建设面积58.6万平方米。主要包括新建海洋信息工程大楼、水生生物科研楼、学生公寓及35kV用户站、活动辅助用房、文科大楼及第二图书馆、地下车库等设施。

军工路校区位于上海市杨浦区军工路318号，是上海海洋大学的老校区。该校区于1951年5月开始使用，1972年，学校迁往厦门集美前，军工路校区校舍总建筑面积为52650平方米，其中，教学办公用房25485平方米，生活用房(师生宿舍和食堂)24312平方米，辅助用房2853平方米。2004—2005年，因军工路道路拓宽及中环线工程建设需要，学校退让规划红线内面积0.35公顷(5.31亩)。2008年，上海海洋大学搬迁到新校区办学。

《饮水思源》雕像位于主轴大道，是为纪念创校先贤张謇、黄炎培、张镠而建设，于2012年百年校庆之际建成。

《竞》《翔》位于第三、第四教学楼中间草坪，是由中国水产科学院研究及所属东海所赠送学校的礼物。原在军工路校区图书馆前，2008年搬至临港新校区。“竞”寓意：万类霜天竞自由，鼓励海大学子自由全面发展。“翔”寓意：倡导创造力教育，让课堂成为学生飞翔的天空。