新校区建设坚持“海纳百川、百舸争流”的指导思想，充分体现国际航运文化和现代大学校园文化的特色。校园总体设计按轴线形成东西、南北向的对称性院落式布局体系，建筑内部与建筑之间创造了封闭或半封闭的空间，划分为二级学院区、公共教学区、生活区、环湖生态景观区、文化活动区、体育中心区、配套功能辅助区等不同区域，具有功能分区明确，相对独立又相互联系的特点。

上海海事大学新校区距临港新城中心滴水湖3公里，距上海市中心约70公里，面向东海，紧靠东海大桥北桥头，使其上海航运中心、洋山深水港隔海相连。校园规划建设用地面积为133.3万平方米,约合2000亩，总建筑面积约60万平方米。整个校区将分为：二级学院区、公共教学区、生活区、体育中心区、配套功能辅助区等不同区域。新校区主要建设内容为：公共教学楼群、图文信息中心、科研大楼、各个学院楼群、教师办公及行政用房、学生宿舍、体育中心、水训站和其他教学附属用房等。