1968年8月，上海海关学校被强行撤销，并入上海外贸学院。上海外贸学院自1972年4月起停办，上海海关学校与撤销的上海外贸学院一起并入上海外国语学院。

1978年4月，经对外贸易部批准复校，定名为上海海关干部学校，9月正式复校。

1979年2月，因校舍被占，海关总署决定先举办海关干部外语培训班，来自全国15个海关的100名学员参加了学习。同年秋，参加全国高等学校的统一招生，从上海地区招收高中毕业生32人，开办第一届大专生班。

1980年5月8日，经国务院批准，以上海海关学校为基础，改建为上海海关专科学校。学校设海关管理专业，面向全国招收高中毕业生，学制三年。

1993年，总署作出批复，决定上海海关专科学校迁校选址建设。学校浦东新校，位于浦东北蔡镇东南，占地面积194亩。规划建筑面积约5万平方米。

1996年4月9日，国家教委计划建设司同意上海海关专科学校改名为上海海关高等专科学校。

1997年暑假，学校正式全部搬迁至浦东新校区。

2000年10月30日，海关总署党组作出决定将中国海关管理干部学院由广州迁址上海。

2004年11月24日，世界海关组织中国亚太培训中心在上海海关高等专科学校成立，作为国际海关组织亚太培训中心，承担区域海关人员的培训任务。

2005年4月13日，中共海关总署党校在上海海关高等专科学校设立。

2007年3月19日，教育部同意在上海海关高等专科学校基础上正式设立上海海关学院。6月6日，上海海关学院正式成立。

2011年10月17日，国务院学位办将学院列为学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生试点工作建设单位。

2012年12月，国务院学位委员会正式批准学校为“服务国家特殊需求人才培养项目”—学士学位授予单位开展专业硕士学位研究生培养的试点单位。海关总署决定将中国海关管理干部学院迁入秦皇岛，使用原海关总署秦皇岛培训学校校址。

2013年4月18日，海关总署原署长牟新生受聘为上海海关学院名誉校长。

2014年11月，学校通过教育部本科教学工作合格评估。

2016年4月，上海海关学院顺利通过本科教学工作合格评估。

2018年5月，上海海关学院获得硕士授予单位授权，同时获得税务硕士和公共管理硕士两个授权点。6月，上海海关学院首批入选上海高等学校一流本科建设引领计划。同年，海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。

2019年4月16日，海关总署与上海市人民政府签署署市合作备忘录，共建上海海关学院；同月，上海海关学院首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。同年，学校获批1个国家级一流本科专业建设点和1个省级一流本科专业建设点。

2020年12月，上海海关学院加入长三角高水平行业特色大学联盟；同月，与南京海关签署合作备忘录，共同推进上海海关学院苏州分校建设。

2021年，学校设立上海海关学院临港国际校区，同时获批国际商务、翻译硕士2个专业学位授权点。

2022年，学校顺利纳入上海市博士授予单位培育建设名单以及上海市博士后流动站建设筹备单位名单。

2024年8月1日，上海海关学院和南京海关在苏州分校召开使用权和管理权移交工作会议。

截至2024年4月，学校教师总数175人，其中具有正高级专业技术职务16人，具有副高级专业技术职务47人，具有高级专业技术职务教师的比例为36％；具有博士学位教师120人，硕士学位教师45人，具有博士、硕士学位教师的比例为94%，有“双师型”教师48人。4位教师获宝钢优秀教师奖。

财政部产业经济学跨世纪学科带头人：干春晖

上海市“曙光计划”学者：干春晖

宝钢优秀教师奖获得者：朱秋沅（2018年）、黄丙志（2019年）等

据2024年6月学校官网显示，学校设有8个院（系），开设12个本科专业和公共管理硕士、税务硕士、国际商务、翻译硕士4个专业学位点，分属管理学、经济学、法学、文学、工学等学科门类。

据2024年6月学校官网显示，学校1个国家级一流本科专业建设点和1个省级一流本科专业建设点。

国家控制布点特设专业：海关管理

国家级一流本科专业建设点：海关管理

国家级特色专业建设点：法学（海关法方向）、税务（关税方向）

上海市级一流本科专业建设点：税收学

2019-2020 年，学校本科生在各类学科竞赛中获得52个国家级奖项和131个省部级奖项；在文艺、体育类竞赛中获得57个省部级奖项。

据2024年6月学校官网显示，学校有公共管理硕士、税务硕士、国际商务、翻译硕士4个专业学位点。

硕士专业学位授权点：公共管理（MPA）、税务（MT）、国际商务、翻译

据2024年6月学校官网显示，学校获准设立了上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室等市级科研机构，报关研究中心等校级科研机构。有海关管理研究所和海关法、海关风险管理、关税、海关公共关系、报关等研究中心。

2017年，上海大学和上海海关学院联合申报的《分数阶微分方程的数值方法》项目获2017年度上海市科学技术自然科学奖三等奖。

2020年，学校获批2项教育部人文社会科学研究一般项目，1项2020年度教育部人文社科基金中国特色社会主义理论体系研究专项，2项上海市第二批教育科学研究项目，1项上海市人民政府决策咨询研究重点项目，1项上海市软科学重点项目，2项2020年度上海市哲社规划一般课题，2项2020年度国家社科基金项目。

据2023年4月学校官网显示，学校公开出版学术期刊《海关与经贸研究》。

截至2024年5月，上海海关学院图书馆有中外文纸质图书79万册，中外文电子图书280万册，拥有70余个文献数据库。图书馆“海关信息资料中心”自1994年成立以来，广泛收集中国海关、各国海关及世界海关组织（WCO）大量文献资料，另有自建“海关内部论文库”、“海关史研究文献索引服务平台”、“海关资讯”、“海关图片视频库”等海关特色数据库。此外，学校图书馆广泛参与国家、地区、高校的馆际合作和资源共享，通过馆际协作拓宽共享渠道、加强文献保障。

《海关与经贸研究》前身为《上海海关学院学报》，其最早为创办于1980年7月的《海关教学》，1983年更名为《海关教学与研究》，1999年更名为《上海海关高等专科学校学报》，2007年9月更名为《上海海关学院学报》，经国家新闻出版广电总局批准，从2014年更名为《海关与经贸研究》。期刊由海关总署主管、上海海关学院主办，面中向国内外公开发行，为双月刊，每双月25日出版。

截至2020年11月，学校与22个直属海关建立“上海海关学院实习基地”，与经贸、物流、法务、税务等政府机关单位和大中型知名企事业单位合作共建27个校外实习基地，建设完成和在建示范性实习基地共11个，学校承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务，先后举办各类中级岗位培训班、局处领导干部培训班、非海关专业的大学生培训班，不定期地举办专题研讨班和海关业务骨干强化班等短期培训班，截至2019年底，累计培训约84000人次。

截至2020年11月，学校与俄罗斯圣彼得堡西北管理学院开展交换生项目，承担了非洲法语国家“海关现代化管理”、非洲海关“经认证的经营者”研修班、非洲国家海关“原产地管理”研修班、香港海关“关务研修课程”、桑尼亚海关“统计及风险分析”海外培训班、哈萨克斯坦海关官员“打击毒品类药剂走私”培训班等涉外培训项目，涉及越南、蒙古国、哈萨克斯坦、美国、荷兰、委内瑞拉、朝鲜人民民主共和国、中亚区域国家、非洲国家和联合国环境规划署、世界海关组织、世界贸易组织、上海合作组织、中国香港地区、中国澳门地区等140个国家、地区或国际组织。

学院校徽包括徽志和徽章。学院徽志主要由钥匙、书、地球经纬线和中、英文校名、建校时间等元素组成。学院徽章为教职工和学生佩戴的题有校名的长方形证章。

释义：校徽主要由钥匙、书、地球经纬线和中、英文校名、建校时间等元素组成。

钥匙象征打开国门的钥匙和打开知识大门的钥匙，同时指向东方，寓意学生要立志为祖国维护国门的神圣而努力学习；打开的书象征学校，经变形处理后，又像飞翔的海燕，寓意在知识的海洋、在国门展翅翱翔；经纬线象征地球、世界，寓意面向国际、开放办学；英文校名围成圆拱形，但并不是封闭的，既像大海上升起太阳的光芒，又象金色钥匙闪闪发光；建校时间在书本下方，象征学校从1953年起飞。

整个图案的背景为宝蓝色，象征与海关联系紧密的大海、也象征知识的海洋。

学院校旗为蓝色标准旗帜，中央印有金色学院徽志和选自周恩来字帖的校名。

致知、力行、慎独、忠诚

释义：致知，对事物的完善的理解。

力行，努力实践；竭力而行。

慎独，树立理想和抱负，不断提高自己。

忠诚，真心诚意，绝无二心。

该校区位于上海市浦东新区华夏西路5677号，占地面积521亩。设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与关务学院、海关法律系、海关外语系、公共教学部、马克思主义学院、检验检疫技术交流部等8个教学院（系、部）；设置海关管理、海关检验检疫安全、海关稽查、行政管理、税收学、经济统计学、物流管理、审计学、国际商务、法学、英语等11个本科专业，涵盖管、经、法、文等4个学科门类。

该校区位于临港大道11号，在临港大道、环湖西一路、水芸路和石松路合围区域，直面滴水湖。占地约12亩，产证面积22878平方米（含地下3840平方米），主要围绕国际办学来开展各项教学活动，承担三大功能：国际化学历教育、涉外培训、引入世界海关组织的品牌项目和研究机构。

上海海关学院明志馆暨校史陈列馆位于浦东新区华夏西路5677号上海海关学院校园西南角，是一幢独立的西班牙风格花园洋房。洋房占地面积约4000平方米，建筑面积1236平方米，高二层，假三层，平面对称，砖木混合结构。建成于1997年校址迁移浦东之时，按照1：1结构复制原校址汾阳路45号西式建筑。该建筑始建于1932年，由匈牙利著名建筑师邬达克在上海开设的洋行设计，中国大陆公司承建，从建成之日起，就作为江海关税务司的官邸。鸦片战争之后，中国关权旁落，当时担任海关要员的都是外国人。后来，丁贵堂成为入住这幢洋楼的第一位中国人。如今，明志馆被改建成上海海关学院的校史陈列馆。