上郡车站是JR西日本所属的主要铁路干线山阳本线与地方私铁线智头线的交会车站，与智头线的起点车站，因此行经山阳本线上的大部分特急列车皆有停靠本站。在山阳本线沿线各车站中，上郡车站是JR西日本神户支社所管辖的车站中最西端的边界，临站三石车站以西的各站都开始规冈山支社管辖，因此大部分由京都、大阪方向驶来的新快速与快速列车都是行至本站之后就开始折返。