上驷院由皇帝特派兼管大臣管理，无定员。另设上驷院卿二人（正三品），由内侍卫及内务府司官兼任。其内部机构，设上驷院堂及左司、右司。院堂设郎中、员外郎各一人，主事二人，委署主事一人，笔帖式八人。院堂郎中、员外郎负责拣选、补放官员，挑选随侍御马，稽察京城内外马驼牧养情况及院堂官员所用钱粮、笔墨纸张，议奏赏罚事宜。主事、委署主事及笔帖式，负责文移档案及挑选牧场马厩等处员役等事宜。左、右司各设员外郎二人，主事一人，委署主事一人，笔帖式七人。左司负责察核京城内外马厩、牧场的马驼牧养繁殖及倒毙情况，并议定赏罚。右司负责稽察马驼草料及马厩妆场官员的俸饷。上驷院堂及左右二司官员之缺，俱由内务府拣选。其中笔帖式是经考试取中后掣签补用。

此外，上驷院另设阿敦侍卫二十一人，负责随侍皇帝、骑试御马等事。又设司鞍长、司鞍、司辔、蒙古医生等职，负责马具的管理及治病等事宜。

上驷院属有京城十八马厩，其中紫禁城内三厩，东安门五厩（内一厩为驾车骡马），西安门三厩（内有驼厩一，驾车骡马厩一），南苑六厩，饔山一厩。十八厩分别设厩长、厩副、厩丁、管领下披甲人、草夫等员役。各厩所养马匹中有御马、走马、小马、内养马等名目，并除紫禁城御马、走马二厩无定额外，其余各厩均有额定。喂养马匹所需豆米，由内务府会计司咨行户部拨给。

此外，属上驷院管辖的还有盛京大凌河牧场、察哈尔达里岗崖牧场及商都达布逊诺尔牧场。初，大凌河等牧群处不设职官，每年由上驷院派侍卫及司员到该处值班临时管理。自康熙三十七年奏准，在大凌河等处设管理马群事务掌关防总管、副总管等官，并归上驷院管理。至乾隆十九年，额设大凌河牧场总管一人，由锦州副都统兼管，（后由盛京将军兼任）下设翼长、牧长、牧丁等职。养马约一万四千匹。

达里岗崖及商都达布逊诺尔牧场总管由察哈尔都统兼管。达里岗崖牧场牧养骒马三万余匹；商都达布逊诺尔牧场牧养骒马八万匹。各设牧长、牧丁管理。

上驷院为了加强对各牧场、马厩的有效管理，实行“均查制度”。按规定，京城各马厩每二年、大凌河等处马群每三年分别进行马匹的均查，并以均查后马匹倒毙、孳生的多寡，定议官员的赏罚。

上驷院马匹的来源主要是贡马，以及从边疆各马群中调拨和挑选。

贡马主要是蒙古族各部王公贵族及僧俗喇嘛所朝贡。蒙古族世居于我国北部边疆，早在清太祖统一满洲战争中，蒙古科尔沁等部曾与叶赫等九部联合进兵。失败后，自明万历二十二年(1594年)蒙古科尔沁、喀尔喀诸部始遣使与满洲往来，并以通婚、进贡等方式逐步建立起密切的联系。

到清太宗时期，清统治者又与北部喀尔喀蒙古各部定下九白之贡关系。规定喀尔喀各部每年要向清朝进贡“白驼一，白马八。”清入关后，这种关系延续下来。顺治以后喀尔喀蒙古各部王公每年贡使络绎不绝。据档案记载，嘉庆七年喀尔喀蒙古王公因得知朝廷缺马，一次即进呈八千匹良马。在平定新疆厄鲁特及青海和硕特的叛乱后，清与这两部也先后建立了朝贡及茶马贸易，又增加了马匹的来源。

此外，主管漠北与漠南蒙古宗教事务的哲布尊丹巴呼图克图及章嘉活佛，为了表示对清朝政府的敬意，每年也向清廷进贡马匹。

上驷院马匹除进贡和茶马交易等来源外，还从蒙古乌梁海部马群调拨。

乾隆十九年九月，清廷将乌梁海地方牧养的马1001匹，拨往商都达布逊诺尔立群。两年后，清廷又下令

由乌梁海拨给商都牧场孳生骒马三群，以补充上驷院所需马匹之不足。此外，乾隆年间还在伊犁设立了三大国家牧场，并从这些牧场中挑选上乘马匹送到大凌河等牧场，以备选送至京城马圈供御用。

清朝政府通过对马匝的牧养、调拨及交换，加强了与蒙古等边疆各民族的交往，不仅开辟了马匹的来源，边疆各民族也得到了生活必需的砖茶、布匹等日用品，促进了内地与边疆地区的经济、文化交流j更重要的是密切了中央政权同蒙古等上层贵族的联系，从而对稳定边疆、防御外来侵略，保证中央政权的巩固，起到了一定的积极作用。

上驷院虽然只是个管理马骡的机构，而衙署却设于东华门内太和殿左翼门外，临近箭亭、御茶膳房、南三所等处所。这些地方都是皇帝及其子弟经常出入的要地。

进左翼门是太和门，向前即是景运门，已进内廷。出三座门又是东华门，东华门是紫禁城的东大门，是臣工

每天早朝骑马进宫的大门。从上驷院衙署所处的地理位置上看，既便于皇帝用马，也为大臣们朝觐及上驷院员役进官提供了方便。

内务府及其所属七司三院，除上驷院外，其他衙署大都设在紫禁城外，由此也可见，清统治者将上驷院置于重要位置。

再者，上驷院官员品秩高、地位崇，例定为正三品衙门，官阶与通政使司、大理寺、太常寺等衙门同。虽由总管内务府大臣兼管，但可自行奏事。所属牧场总管，亦均由各旗驻防将军、都统、副都统兼任。上驷院官员的俸禄、养廉、公费、盘费等待遇及住房等都与一般中央机关相同，按规定由户工部办理。也可显示出统治者对它的重视。

上驷院之所以受到如此崇厚的待遇，在于他的职掌性质的重要性：

1.符合统治者阶级所需要

众所周知，清朝是以满洲贵族为主体的封建王朝。满族是擅长骑射的民族，他们视骑射为“满洲本业”，清统治者以恃强悍的八旗骑兵统一东北，继而入主中原。而清王朝的建立，即是以八旗兵制为统治中坚的；八旗中的骁骑是它打仗和镇守的主要军事力量。所以马匹与他们戚戚相关，甚而成为他们的生命线。大宗皇帝在告诫八旗子弟时曾说过“若废骑射，宽衣大袖，待他人割肉而后食”是忘本亡国的根由。

2.马匹是主要的交通工具

清王朝统治时期，其主要的交通工具是骡马、驼，不仅八旗兵要靠马匹驰骋战场，“皇上出警入跸，内庭备用什物，……装载冠袍带履”，无不需要马匹完成骑乘和运载任务。因此，清朝统治者深刻认识到马匹的重要作用，并极重视对马匹的圈养和管理。由此，我们不难看出，上驷院的设立，是清朝统治者自身需求的必然产物。

3.代表一定政治理念

众所周知，清代是我国君主专制政治发展到极峰的时期，皇帝的行止往往带有一定的政治倾向，甚至可以反映出国家的某种政策的实施。而上驷院的职能，则与皇帝的举止紧密相关。所以在它的服务中，表露出一定的政治色彩，也可以从一个侧面，反映着统治者的行踪：

【例一】尊孔读经是清朝统治者大力倡导的。因为他们需要“君臣节义”一类的封建礼教，以维护自己的统治。乾隆为了表现他对孔子的尊崇，曾多次到曲阜“谒圣”。每次东巡，上驷院都要为他准备马匹及所需什物，并派出官员跟役数百人跟随。

【例二】康熙在热河设立围场，经常带领蒙古王公行猎。以维系与蒙古上层间的关系及处理边务，已成定制，称之“木兰秋猕”。每年率领大批军队，并指令蒙古王公和各少数民族陪周行猎。在这项重大的政治活动中，上驷院每年均派员役随从皇帝前往。木栏行围除训练八旗兵骑射武艺外，在联络少数民族关系方面起了重要作用。乾隆曾赞扬木栏围场的作用时得意地说“我朝家法，中外一体，世为臣仆，皇祖辟此避暑山庄，每岁巡幸，俾蒙古未出痘生身者，皆得觐见宴赏、赐赉，恩亦深而情亦联，实良法美意，超越千古云”。

【例三】祭祀是封建帝王的重要活动。清朝统治者每年都要到祖上陵寝及天坛、地坛、先农坛等处举行盛大的祭祖、祭天地、祈谷等活动。每次祭祀都有众多的王公大臣随往陪祭。上驷院作为供马机关，亦要在祭祀之先备好所需交通、仪仗专用马匹等。

4.皇室祭祀和出行等用途

据乾隆四十二年上驷院《交班档》记载：正月十四日，掌仪司咨文上驷院，皇上祭祈谷坛用仪仗马。正月二十九日，皇上祭神用敬神马。这一年正月二十三日，乾隆皇帝母后薨逝，二十五日行常祭礼，二十七日行奉移礼致祭。二十九日敬移皇太后梓富于九经三事殿安奉。二月二十九日行大祭祀。掌仪司均移咨上驷沉预备马匹及仪仗。

又如移送帝后梓官，是封建帝国的一项重大礼仪活动。咸丰十一年七月，奕泞死在热河避暑山庄。正值第二次鸦片战争刚刚结束，其陵墓尚未修成。因此，咸丰皇帝的梓官移送仪式，直到光绪元年九月十八日才告完成。据上驷院《梓官人名册》统计，这次上驷院派出员外郎以下大小员役达400余人。由此可以推断出此次仪式规模之浩大。

此外，皇帝升殿，往阅武楼阅兵，内庭后妃往驻畅春园、圆明园等处，太监随驾进宫，公主、阿哥婚娶赏马等所需马匹，俱由上驷院备用。凡此种种，上驷院档案中有许多详细记载。

上驷院所管理的马匹，还大量用作赏赐满汉王公大臣及外国来朝使臣等。

例如，据记载乾隆四十二年正月，札部移咨上驷院，赏给朝鲜国进贡王等马匹。嘉庆十六年九月，曾令将伊犁将军所贡马匹，赏给仪亲王等。二十年又令将贡马赏禧恩、苏尔慎等。

5.用于补充军队马匹的不足

嘉庆年间爆发了川陕楚白莲教大起义，为镇压这次规模巨大的农民起义，清廷调用大批上驷院所属各牧场的马匹，致使牧场马匹几乎用光。嘉庆七年喀尔喀蒙古各部王公会议，“清官兵剿捕白莲教逆贼大事告成，需增补马匹，各旗分别进呈一千匹马，以备上用”。此次喀尔喀蒙古各旗共进呈八千匹马。尽管如此，上驷院马匹仍不敷使用。

据载：嘉庆二十一年二月，皇上恭谒陵寝，上驷院因骡马不敷使用，需调用兵部马匹及呈请雇觅。可觅清廷调用上驷院马匹军用的数量是很可观的。清廷调用上驷院马匹的情况，在档案中还有很多记载，如咸丰六年，上驷院派员解往河南军营马匹。同治十年正月，上驷院曾拨大凌河牧场马匹解送神机营等等，比比皆是。

综上所述，上驷院以备宫廷用马之职，紧密地与皇帝的行止相关联。其职掌所及已渗入到一些重要的政务活动中。其马匹的提供军需，以及在联络蒙古王公间的感情、促进与边疆各民族间的交往等方面的作用，进而充分表现出上驷院在清政府的政务活动中，其自身的存在价值所在。

由于上驷院所处的重要地位，清廷亦很重视其日常活动中所形成文书的管理与收存。现代尚存的上驷院档案，尚有七万余件（册）。现存于中国第一历史档案馆，属《内务府全宗》上驷院类。最早的档案是康熙十一年，最晚的到宣统七年（民国五年，1916）。包括满汉两种文字，分簿册、折件两种形式，约100多种名目。其内容主要是清代上驷院机构的人事、财政，与其他机构的往来文书，所用马匹物品数目的登记以及牧养马匹的情况等。这项档案已经过初步整理，基本上做到有归可循、有目可查。