1868年废止江户幕府后，隶属于新设立的京都府；1879年京都府实施郡区町村编制法时，京都府下设置上京区和下京区，其中下京区的范围为原本爱宕郡的坂回、六波罗回、建仁寺回、灵山回、大黑町、三条绳手寺屋敷、都市町、东桥诘町、五条河原田、五轩町、三条大桥东十五轩町、二町目、三町目、知恩院门前、五条下寺町、福田寺町、平居町、上生洲町、四条河原、五条河原、下京畑和葛野郡的三条新畑、来迎堂回。

1889年日本实施市制，上京区和下京区合设为京都市，但上京区和下京区的行政区划仍被保留。

1929年，下京区四条通以北地区与上京区丸太町通以南的区域被分出新设立为中京区，鸭川以东则画出新设立为东山区。1955年，京都车站及东海道本线以南区域再被划出，新设立南区。